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NEURONシミュレータ

1 :研究男:02/08/13 04:09
http://neuron.duke.edu/
↑このサイトにあるシミュレータソフト
使ってる人いる???
なんか微妙に不具合あったりするんだけど
解かる人いたら
ちょこちょこって
ご意見して。

2 :研究男:02/08/13 07:44
もう、わかりました。
いい加減、僕もブチ切れましたよ。

このスレを立てて皆さんに迷惑をかけてしまったことは本当に反省していて、
解決したらすぐに削除依頼をだして2ちゃんねるも辞めようと思っていました。

今まで散々、馬鹿にされても「自分のミスのせいだ」と、我慢してきました。
ですが、僕ももういい加減ムカついてきました。

宣言します。

「この問題が解決するまで何度でもage続けますし、1000超えても同じスレを立てます」

いいですか、もう僕は動じません。
誰に何と言われようとも、この問題が解決するまで、たとえ何ヶ月かかろうとも、
何年かかろうとも、このスレをage続けます。
1000超えても同じスレを立てます。

マジで、マジでもうブチ切れましたので、よろしくお願いします。


3 :名無しさん@1周年:02/08/13 08:22
不定期あげ!

4 :夏ですね。:02/08/13 10:29
          ./ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ∧_∧   /  >>1 さんには、注意書(ちゅういが)きの意味(いみ)が
 ( ´∀`) <    難(むずか)しすぎたようですね。漢字(かんじ)にふりがな
 (    )   \  をつけて、もっと分(わ)かりやすく教(おし)えてあげるよ♪
 | | |.     \_________________________
 (__)_)

☆簡単(かんたん)な質問(しつもん)は @質問箱(しつもんばこ) を利用(りよう)
  してみましょう。
☆スレッドを立(た)てるときは、同(おな)じ内容(ないよう)のスレッドがないか
  調(しら)べましょう。

          ./ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ∧_∧   /  上(うえ)の文(ぶん)を、>>1さんでも分(わ)かるように
 ( ´∀`) <    書(か)き直(なお)すと、こうなるよ。
 (    )\ \
 | | |.     \_________________________
 (__)_)

※似(に)たようなスレッドは立(た)てたらダメですよ。
  そういったスレッド立(た)てても、すぐに消(け)されてしまうよ。

          ./ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ∧_∧   /  >>1さん、分(わ)かりましたか?
 ( ´∀`) <    こんどスレッドを立(た)てるときは、きちんと検索(けんさく)
 (    )   \  してからにしようね♪
 | | |.     \_________________________
 (__)_)

>>1さんのお母様へ
ネット上では、子供だからといって規則を破った書き込みをすることはまかりとおりません。
お子様がまだ小さい場合、必ず同伴でインターネットを楽しんで下さい。

5 :名無しさん@1周年:02/08/13 13:32
>>2
一応つっこんでみる

  切れるの早っ!!

6 :研究男:02/08/13 18:10
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            |  ゝノ
           __|_______|_   ■■■■■■■■
           |iiiiiiiiiiiiiiiii|  ■■■■■■■■■ナニヤッテンダヨ!バカモノガァ!
           |iiiiiiiiiiiiiiiii| ■■■■√ === │
           |iiiiiiiiiiiiiiiii|■■■■√ ~ ミ ノノノ 彡 |
           |iiiiiiiiiiiiiiii|■■■√   ∀    ∀ \
           |iiiiiiiiiiiiiiii|■■■  ∵   (●  ●) ∴│  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
           |iiiiiiiiiiiiiiii|■■■    丿■■■(  │< 常にageとけって
           |iiiiiiiiiiiiiiii|■■■     ■ д ■  |   |  言ったじゃないかぁ!
           |iiiiiiiiiiiiiiii|■■■■   ■■ ■■ ■  \_________
           |iiiiiiiiiiiiiiiiii■■■■■■■■■■■■__
           \iiiiiiiiiiiiiii■■■■■■■■■■■■iiヽ
             \iiiiiiiiiiiii■■■■■■■■■■■iiiiiii|
              |iiiiiiiiiiiiiiiii■■■■■■■■■■iiiiiiiii|

7 :名無しさん@1周年:02/08/14 21:02
>>1
ここ住人少ないからねえ。
キレられてもそれわかる人がいないんじゃあレスしようがありませんよ。
ほかのスレの状況ちゃんと見てる?
誰もあんたにイジワルしようとしてるんじゃないのよ。

と一応、念には念を入れてマジレスしてみる。

8 :8:02/08/25 06:16
なんでもいいよ。

9 :情報!!:02/08/25 08:26
http://ninkirank.misty.ne.jp/08/out.cgi?id=askb

10 :10:02/08/25 19:07
>>9
なんの情報だ?

11 :10:02/08/28 20:30
http://kusoasahi.tripod.co.jp/

12 :名無しさん@1周年:02/09/10 03:46
http://members.aol.com/dejunchan/907/jun907006.png


13 :山崎渉:03/01/11 05:29
(^^)

14 :山崎渉:03/03/13 13:34
(^^)

15 :山崎渉:03/04/17 09:25
(^^)

16 :山崎渉:03/04/20 03:58
   ∧_∧
  (  ^^ )< ぬるぽ(^^)

17 :名無しさん@3周年:03/05/10 18:40
なにこれ

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21 :山崎渉:03/05/21 23:39
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22 :山崎渉:03/05/28 14:24
     ∧_∧
ピュ.ー (  ^^ ) <これからも僕を応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄〕
  = ◎――◎                      山崎渉

23 :動画直リン:03/05/28 14:24
http://homepage.mac.com/hitomi18/

24 :山崎 渉:03/07/12 12:39

 __∧_∧_
 |(  ^^ )| <寝るぽ(^^)
 |\⌒⌒⌒\
 \ |⌒⌒⌒~|         山崎渉
   ~ ̄ ̄ ̄ ̄

25 :山崎 渉:03/07/15 12:45

 __∧_∧_
 |(  ^^ )| <寝るぽ(^^)
 |\⌒⌒⌒\
 \ |⌒⌒⌒~|         山崎渉
   ~ ̄ ̄ ̄ ̄

26 :山崎 渉:03/08/02 02:32
   ∧_∧
  (  ^^ )< ぬるぽ(^^)

27 :ぼるじょあ ◆yBEncckFOU :03/08/02 03:07
     ∧_∧  ∧_∧
ピュ.ー (  ・3・) (  ^^ ) <これからも僕たちを応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄ ̄∪ ̄ ̄〕
  = ◎――――――◎                      山崎渉&ぼるじょあ

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30 :山崎 渉:03/08/15 17:57
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   (_)(_)                      山崎パン

31 :名無しさん@3周年:03/08/26 06:40
だれかNEURONやってる香具師いねーのかよ馬鹿!

32 :名無しさん@3周年:03/08/26 07:57
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33 :名無しさん@3周年:03/08/28 01:38
なんかいえよ こら

34 :名無しさん@3周年:03/08/28 02:44
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35 :名無しさん@3周年:03/08/28 06:12
売るセーバか

36 :名無しさん@3周年:03/08/29 01:00
スクリーンセーバー

37 :名無しさん@3周年:03/10/10 20:09
懐かしいよ子のすれ

38 : ◆jomN2Kqdb6 :03/10/10 20:10
鳥っぷつけよう

39 : ◆NEXT./tIuc :03/11/05 02:46
ほほー

40 : ◆NEXT./tIuc :03/11/06 04:01
ほほー

41 : ◆NEXT./tIuc :03/11/08 02:15
ほひー

42 : ◆NEXT./tIuc :03/11/10 02:19
お風呂に入るとするかな。

43 : ◆NEXT./tIuc :03/11/12 23:16
000

44 : ◆NEXT./tIuc :03/11/14 02:29
調子わりーよなー
眼痛いし

45 : ◆NEXT./tIuc :03/11/14 23:58
今日も眼いてーよ

46 : ◆NEXT./tIuc :03/11/18 02:33
もぅちょいで50だ

47 : ◆NEXT./tIuc :03/11/20 00:36
47

48 : ◆NEXT./tIuc :03/11/22 15:45
48

49 :名無しさん@3周年:03/11/24 03:29
死にたくない

50 :慶子:03/11/24 17:08
ttp://keiko.fam.cx/

51 :名無しさん@3周年:03/11/25 00:39
utino kennkyuusitunni,tukatteruhitoiruyo

52 :名無しさん@3周年:03/11/25 03:52
どこの研究しつだよ おみゃー?

53 :名無しさん@3周年:03/11/25 03:55
スレ立てて一年以上経ってから知ってる人が現れるとは

54 :名無しさん@3周年:03/11/25 06:41
ごめんなさい!

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55 :名無しさん@3周年:03/11/26 02:33
へー。

56 :名無しさん@3周年:03/11/26 11:56
>>52
それは内緒ばい。俺自身はgenesis派。といっても、まだ使えません。

57 :名無しさん@3周年:03/12/08 02:58
言えよ。

58 :名無しさん@3周年:03/12/15 01:01
genesisって宵の?

59 :名無しさん@3周年:03/12/15 21:48
GENESISと書けよ

60 :名無しさん@3周年:03/12/26 20:45
king crimson の方が宵。

61 :名無しさん@3周年:04/01/10 03:30
しらねーよ そんなの

62 :名無しさん@3周年:04/01/30 01:31
MCellが面白そう

63 :名無しさん@3周年:04/08/25 02:46
このスレ見てから二年経ってやっとNEURON使えるようになったが、
どこまで理解したら、使えたことになるのか疑問。
周りに詳しい香具師いないので一般的なレベルがわからぬ。
当方、VectorPlayを改造して遊ぶレベル。


64 :名無しさん:04/08/25 13:05
ふむ

65 :名無しさん:04/08/26 14:17
ボルツマンマシンとかってどうなんでしょう?

66 :名無しさん@3周年:04/08/26 15:57
>>65
netconでできるんでないの?
ttp://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/help/neuron/neuron/classes/netcon.html#NetCon

意味違かったらスマソ


67 :63:04/09/07 08:36
誰も興味なしか。
2年ぐらいは待ってるから、誰かオイラを釣ってくださいね。

68 :名無しさん@3周年:04/09/15 16:40:35
なんで「GENESIS シミュレータ」でググったらこの2chスレが
ひっかかるんだ・・ orz

>>63
どんな使い方してるん?

69 :63:04/09/15 17:13:11
>>68
研究内容ですか?
詳しくは言いませんが、Ca濃度見たりとかしています。
それについて疑問なのですが、濃度周りにおいてNMDOLのVALENCEとか使ってるモデル見たことないですが、
濃度扱うにはNEURON不利とか言われるのでしょうか?
NEURONシミュレータで検索してこんな糞スレトップだし日本で詳しいヒトは居ない…かな?

70 :63:04/09/18 16:10:56
>>69
http://www.cnl.salk.edu/~arthur/MyFirstNEURON.html
のnrnzip解くと入ってました。
「negative valence not accepted」って書いてあるけど、
バージョン5.6では問題ないと思います。

71 :名無しさん@3周年:04/09/20 02:27:50
Ca濃度いじってなにがしたいんだ?
研究うまくいってないんすか?

72 :63:04/09/20 13:32:48
>Ca濃度いじってなにがしたいんだ?
聞いてるのか煽ってるのか微妙だもよん
NEURONネタ以外では釣られないのだもよん

73 :名無しさん@3周年:04/10/01 13:56:24
google: NEURON シミュレータ の検索結果のうち 日本語のページ 約 198 件
http://wwwsoc.nii.ac.jp/psj/jpsj/06307/063070209.pdf
http://www.sk.q.t.u-tokyo.ac.jp/pub/urakubo/NEURON/
http://www.sk.q.t.u-tokyo.ac.jp/pub/urakubo/NEURON/PatDemo/

ぐらしか見当たらないなー
日本でNEURONユーザーの会があるという噂も聞くのだが…


74 :名無しさん@3周年:04/10/11 01:44:29
NEURON俺の先輩使ってたなー
でも深みに嵌ってた・・・。

75 :63:04/10/11 16:25:43
>>74
先輩ですか…結局は使ってる香具師出てこないんですね。
NEURON使ってる論文は多いのに

で、74よ、その先輩はどのような深みにはまっていたのかご存知ですか?


76 :63:04/10/14 18:25:13
ちょいと>>1よ。聞いてくれよ。スレとあんま関係ないけどさ。
このあいだ、シミュレータについての講習会開いたんです。シミュレータの。
そしたらグループの違うモデリング専門の人とかいて、デカイ顔してるんです。
で、よく話し聞くと、シミュレータ使うぐらいならC言語で書いた方が楽だ、とか言ってるんです。
もうね、アホかと。馬鹿かと。
お前な、シミュレータって言葉に釣られて今まで参加したことのないこっちの輪講に来てるんじゃねーよ、ボケが。
シミュレータだよ、シミュレータ。
なんか普段参加しない指導教官とかもいるし。研究室一丸となって輪講か。おめでてーな。
よーしこれからはシミュレータで確認してから実験しちゃうぞー、マニュアルの作成よろしく、とか言ってるの。もう聞いてらんない。
お前らな、シミュレータごときサイト行って自分で覚えろと。
シミュレーションってのはな、もっと殺伐としてるべきなんだよ。
パラメータの違った奴といつ喧嘩が始まってもおかしくない、
刺すか刺されるか、そんな雰囲気がいいんじゃねーか。クレクレ君は、すっこんでろ。
で、やっと説明終わったと思ったら、隣の奴が、GENESISはどうなの、とか言ってるんです。
そこでまたぶち切れですよ。
あのな、GENESISなんてきょうび流行んねーんだよ。ボケが。
得意げな顔して何が、GENESISは、だ。
お前は本当にGENESISを知る気があるのかと問いたい。問い詰めたい。小1時間問い詰めたい。
お前、GENESISって言いたいだけちゃうんかと。
シミュレータ通の俺から言わせてもらえば今、シミュレータ通の間での最新流行はやっぱり、
NEURON、これだね。
NEURON,HOC,NMDOL。これが通の使い方。
NEURONってのは膜電位演算に特化している。そん代わりイオン濃度関連が弱め。これ。
で、それにHOC(High Order Calculator)とNMODL(Model Description Language)。これ最強。
しかしこれを使うと次からNEURON自体のバグに悩まされるという危険も伴う、諸刃の剣。
素人にはお薦め出来ない。
まあお前みたいな奴は、C言語でRunge-Kuttaでも書いてなさいってこった。


77 :74 :04/10/16 15:01:44
>>76
とりあえず、目的が明確じゃなかったからみたいな。
いつも結果でねぇーと 
うわごとのようにほざいてましたよ。

まぁ 
かくいう私も、一応引継ぎでNEURONについて教えを乞いましたけどね。
ただ・・・
いやなんでもない。

78 :63:04/10/16 16:00:15
>>74
>ただ・・・
それはNEURONに対して問題があるわけではなく本人の研究計画の問題だと。
言っているのですか?

NEURONのココガヘンダヨという思うとこあったらネタフリして下さいね。
おながいします。

79 :63:04/10/23 00:16:46
Dendritica
http://www.dendrites.org/software.html

流石にこのソース読む気にならないのですが何か?

80 :74:04/10/24 04:39:07
ほー
デンドライトは樹状突起のことだよね?

81 :63:04/10/24 07:03:06
>>80
dendrites⇒dendriteの複数形
それじゃあsomataは?

  | ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄|
  |次でぼけて!!!! |
  |_________|
     ∧∧ ||
    ( ゚д゚) ||
    / づ Φ


82 :63:04/10/27 07:44:26
>>80同様ボケてくれると思ったのですが…
74、君には失望したよ

気を取り直して、NEURONのyaleのftpサイト
ftp://ftp.neuron.yale.edu
昔のバージョンあったりといろいろ転がってますね。

時にバージョン5.6から日本語path通らなくなっているような気がしますが僕だけですか?(winXP,sp2)
また5.6では新しいツールも追加されていますよ、最新版の確認は忘れずに。

83 :63:04/10/30 03:08:02
キャッシュ消えるまで晒し
http://64.233.161.104/search?q=cache:YwPM_hQT6DEJ:jbbs.shitaraba.com/study/18/storage/1023091535.html+NEURON+duke&hl=ja&lr=lang_ja


84 :63:04/10/30 05:37:18
懐かしい、昔のブックマーク開いてたら出てきたよ。
http://web.archive.org/web/20020626201623/http://www.kyu-dent.ac.jp/depart/physiology/ono/neu-use.html

NEURONは廃れてきてるんですかねぇ。
これからだと思ってるのですが…


85 :名無しさん@3周年:04/10/31 01:11:20
このスレまだあんのか!
懐かしい苦悩の日々!
思い出すぜ!
あの頃はまだこのスレ2chに登録されてなかったっけな〜

86 :1(=85)です:04/10/31 01:12:02
ぁ、俺このスレ立てた者です!

87 :1(=85)です:04/10/31 01:13:11
今じゃ 
リーマンやっております
ヨロシコ!

88 :63:04/10/31 03:21:35
1キタ━━━━━━(゚∀゚)━━━━━━ !!!!
会えて嬉しいよ〜

早速で悪いのですがNEURONについての感想下さい。
今も使っているのかどうかも含めてよろしくお願いします。


89 :1(=85)です:04/10/31 22:35:57
NEURONの感想かぁ、
とりあえず、初めはGUIの部分だけいじっていたんだけど
いろんなチャネルを付け足す必要がでてきてからは
.hocファイルと.modファイル?確かこの2つのファイルを
ひたすら弄繰り回した気がします。

他のシミュレータもいろいろいじったりしてたけれども
これは使いやすくはあったね。
ただ、予期せぬ動きとかしてたことも多々あったんで
ブラックボックス的にシミュレートしてたこともあった。

ちなみに、今じゃあ
まったくもって使っていません。

90 :名無しさん@3周年:04/11/01 01:27:09
佐倉広夢きゅんのおちんちん 園田由貴きゅんのおちんちん
泰麒きゅんのおちんちん 綿貫瑠宇きゅんのおちんちん
イカルきゅんのおちんちん 柊真生きゅんのおちんちん

まあそれはそうと・・・・・・チンコとおちんちんは別物
まず少年のパンチュが・・・・いっぱーーーい、いっぱーーーい
ケンチャナヨ、チョパーリ、チャンコロコロコロコローリコローリ
かかかかかかかかか、火病だーー!!!!!!!!!!!!
アメリアのデカ乳 パーラのデカ乳 
なんか書くことなくなったからもういいや、もういいや・・・・。
細木数子・・・・・・・・・・・・・・・・。
タッタターーータララララタッタタララララーーーーーーーーー♪
るるるるる〜〜〜〜るるるるるるるる〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜♪
どりかむだってよどりかむははははははがらがららがしびいいいい

91 :63:04/11/01 08:28:29
>>89
感想ありがとうございました。

>とりあえず、初めはGUIの部分だけいじっていたんだけど…
そうですよね、GUI付属ツールののCell BuilderやらChannel Builderなど使いにくくて仕方ありません。

>.hocファイルと.modファイル?確かこの2つのファイルをひたすら弄繰り回した気がします。
僕も同じような感じです、最近では
http://senselab.med.yale.edu/senselab/ModelDB/default.asp
が充実してきてるようでchannel検索してmodファイル落として使っています。
昔は>>84のリンクより八木研http://www-yagi.ces.kyutech.ac.jp/NEURON/(リンク切れ)にてmodファイルが落とせたのことですが、
(今は消息がつかめませんので)そのあたりご存知のことがあればお話を聞かせてください。

>他のシミュレータもいろいろいじったりしてたけれどもこれは使いやすくはあったね。
実のところ私、他のシミュレータ動かしたことはあるもののどこまでが限界なのかは把握するほどに使い込んでいませんので
比較するのは難しいのですが、(シミュレータを理解するまでが一番面倒くさい作業ですよね?)
NEURONはマニュアルの完備が良くない等一般に言わているようですが、僕はそうは感じていません。
十分そろっていると思っていますし、取っ付きやすさではかなりポイント高いと思ってます。

92 :63:04/11/01 08:30:02
>>91の続き
>ただ、予期せぬ動きとかしてたことも多々あったんで…
ここが問題ですよね。
ネタとして>>76には書きましたが、ある程度使ってきて"バグと言われるものはそれほど無い"と思っています。
大方「予期せぬ動き」はコーディングにおける問題であると僕は思っています。
(つまり、長く使っているとどういう書き方で不具合がでるかが分かり、無難な書き方が見えてくるということ)
まぁ、これをバグというのかもしれませんが…
僕が思う最大のバグは
(1)hocにおいて、init()を1度書いた場合と2度書いた場合で解が変化する場合があること
>>79のdendriticaでもinit(),fcurrent()等の関数が2度書きされている場所があります)
(2)modにおいて、VERBATIM return0; ENDVERBATIM(C言語コード埋め込み)が必要な場合があること
(defaultの関数vclamp.modで使ってんじゃねーよボケが)
の2つです。
僕自身気づいていないものもあると思いますので、他に何か腑に落ちないバグらしいものがありましたら情報待ってます。

周りにNEURONについて話のできる人がいないもので、溜まっているものを吐いてしまいました。
1さんだけでなくともNEURON使いの人が居りましたならご教授頂きたいと思ってます、よろ〜。


93 :名無しさん@3周年:04/11/03 15:10:06
ちなみに>>2>>5は私です
今ではリーマンやってます

94 :63:04/11/03 17:48:36
レスが続かないですね。
そして、僕もリーマンやってます、と。

95 :63:04/11/05 16:22:30
エディターの性能の差がコーディング効率の決定的差であることを(ry
http://www.anc.ed.ac.uk/~dcs/nmlnapster-repository/neuron/

96 :63:04/11/06 01:18:38
2ヶ月ほど経って得られた情報が何一つないのですが…
まぁ>>83のようなクレクレ君が来てない分気分は良いので
ポチポチ情報落としながら気長に待ちますか

97 :63:04/11/07 19:43:44
intelコンパイラーでNEURON使ってるとか言ってみるテスト

98 :63:04/11/12 05:34:33
そして誰も来なくなった罠

99 :63:04/11/13 09:51:59
これから始める人は、以下の順でマニュアル読むのをお勧めします、と。
(1)http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/tutorial/index.html
(2)http://www.anc.ed.ac.uk/school/neuron
(3)http://www.neuron.yale.edu/neuron/papers/nc2000/nmodl.htm

100 :64:04/11/19 02:03:53
A:やっぱりGENESISでしょ、並列演算もできるんだし。
B:NEURONだってできるよ。
A: ( ゜Д゜)ポカーン

さあ君もPVMでパラレルシミュレーションやらないか?
http://www.csm.ornl.gov/pvm/pvm_home.html

101 :63:04/11/22 00:13:07
シミュレーションは一日一時間
それ以上は時間の無駄だなこりゃ

102 :カオスさん@3周年:04/11/22 01:42:57
カオスニューロマンセー!!!!
津田一朗天才!!!!
日本から世界へ独創的な研究を発信しよう!!!!

103 :甘利さん@3周年:04/11/22 01:50:44
誤差逆伝播法はラメルハートではなく甘利俊一せんせーが世界で最初に発見されました。
日本人の研究者は欧米人のサルマネばかりでなく日本人研究者の独創性にも
敬意をはらわんとあかんよ

104 :63:04/11/23 08:13:33
ニューラルネットはあっちいけ。
>>102-103
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/sim/1015733653/


105 :63:04/11/25 20:09:06
modlunit
NMDOL上での文法and単位換算のチェックプログラム

これパスできない公開ソース大杉
例えば>>73のソースでも通りませんね。
それだけで"ソースに信用無し"と思われないように注意しましょう。

106 :63:04/11/27 03:26:06
>>105
訂正
>例えば>>73のソースでも通りませんね。
例えば>>73のソースの中にも通らないものがありますね。


107 :63:04/11/28 01:52:33
UNIX版のnrngui…シェルスクリプトなんですね。



108 :63:04/12/02 00:43:39
>>107
gui外してterminalで使おうと思って。
結局nrnguiを
#exec $program "$NEURONHOME/lib/hoc/nrngui.hoc" "$@" -
exec $program "$NEURONHOME/lib/hoc/noload.hoc" "$@" -
に修正でいまのところ問題なしです。
正規の方法を見つけられなかったのですが、ご存知の方いましたらレス下さい。

109 :63:04/12/03 03:12:40
ちょうどNEURONのML、やろうと思ってること話題になり始めたし…
MLの登録はここ↓からな
http://www.neuron.yale.edu/neuron/nrnusers.html

110 :63:04/12/11 01:23:56
MLネタ
"Sholl distance"
http://www.mssm.edu/cnic/pdfs/scorcioni04.pdf
googleで検索してこれtopですた(w


111 :63:04/12/21 18:01:48
NEURON関係ないですが誰も来ないのでお暇カキコ
ttp://www004.upp.so-net.ne.jp/iamjun/memo/memo920.htm
これの最後の部分に感動
うちの教官助けてくれないからな、いや助けて欲しいわけではなく助言が欲しい。
理論が正しいか正しくないかの判断もしてくれないのですから、
僕の嫌われようもなかなかのものですね(藁

112 :63:05/01/03 08:36:09
vector_x.record(&y)
vector_y.record(&t)

cvode.record(&y,vector_y,vector_t)
って等価だと思うのですが結果異なるんですけど…
しかもcvode使ってるのにvector.recordの方が正しいぽいし

vector.record
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/help/neuron/general/classes/vector/vect.html#record
cvode.record
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/help/neuron/neuron/classes/cvode.html#record

113 :63:05/01/03 08:38:33
(訂正)
vector_y.record(&y)
vector_t.record(&t)

cvode.record(&y,vector_y,vector_t)


114 :63:05/01/03 09:07:52
>>112>>113
挙句、気のせいだったとか言ってみるテスト。
あけましておめでとう。


115 :63:05/01/11 09:16:02
NMDOL function: at_time()

電流指定していないソースだと無視されます。
使わなくても
ELECTRODE_CURRENT i
と書いとけって訳ですか?

116 :63:05/01/11 10:30:17
file.printf("str")

strは最大140文字ぐらい…
エラー出すにしても意味分からんぞオイ

117 :63:05/01/13 02:47:12
netconのバグだろこれ。

create soma
access soma
L=10
diam=10
insert pas
e_pas=-60
v_init=-60

objref stim,nc,nil

stim=new SEClamp(0.5)
stim.rs=1.0
stim.dur1=0.01
stim.amp1=40
stim.dur2=0.01
stim.amp2=-60
stim.dur3=0.01
stim.amp3=40

nc=new NetCon(&v(0.5),nil)
nc.threshold=0
nc.record("print t")

cvode.active(1)
cvode.condition_order(2)
tstop=100

run()

118 :どうも(=1):05/01/14 01:15:13
久しぶりに板を見ると
未だに書き込みが続いているようで
ガムバレ!

63よ、卒業はいつだい?

119 :63:05/01/14 17:15:20
>>118
お久です。
とりあえず1000目指してがんばりますね(笑
卒業は来年です。(ということは1日3回書き込み…無理ぽ
というか指導教官と仲悪いしやる気しね。

1さんのお仕事はシミュレーション関連ですか?
ぼちぼち就職考えんとならないので何かお話聞かせて下さい。

120 :どうも(=1):05/01/15 03:45:16
仕事はシミュレーション関係とはちと違うかな
ホントは研究職につきたかったんだが、
うまくいかなくてな。

就職はいろいろ回った割りに、ITエンジニアで落ちついたよ
なんでか、こんなんになってるよ。

まぁ俺のようにならないようにがんがってくれ。
またそのうち見にくるかもしれん。

じゃ(´・ω・`)ノ

121 :63:05/01/19 18:50:11
>>120
ITエンジニア、十分うらやましいです。
こちとら中途半端な理工学系だから専門知識もありゃしない。
ベーシックサイエンスに逃げ道無しってか?
とはいえ、もろ実学臭いのは嫌だったし…(ノд`)トホホ


122 :63:05/01/21 10:03:55
glaph: shape plot
NEURONのコンパートメントは円筒形という設定なのに
Show diamしたとき四角柱にしか見えない罠

123 :63:05/01/21 13:30:35
>>122
×四角柱○直方体w

124 :63:05/01/24 11:57:26
MLネタ
>I'm desperately trying to figure out the correct parameter setting in NEURON (略
>Hopefully someone can help me.
MLのレベル低杉、Tedも大変ですねw


125 :63:05/01/24 12:12:30
モデリングなんてもうやりたくねーよワーン
そろそろ本業に戻りたいのですが…って言ってもNoなんだよなこれ。

126 :63:05/01/25 18:55:11
Documentationに新マニュアル
NEURON Tutoral from the Obidos 2004 course
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/docs.html

スライドなので説明足りなく初心者には不向きのマニュアル(ソース付き

127 :63:05/02/05 16:06:56
今日は仲良くできました◎

128 :63:05/02/08 07:59:29
MLネタ
>>except looking at the "real time" box in the RunControl menu...
つーかboxに表示されるなら変数があるって思うだろ普通
変数"realtime"がboxに表示される値になります

129 :ぼるじょあ ◆yBEncckFOU :05/02/20 09:42:12
                                         
     ∧_∧  ∧_∧                             
ピュ.ー (  ・3・) (  ^^ ) <これからも僕たちを応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄ ̄∪ ̄ ̄〕                             
  = ◎――――――◎                      山崎渉&ぼるじょあ
                                          

130 :63:05/02/21 14:08:00
「ある程度NEURON使えるようになったYO」
って話になったら、
「じゃあ次はGENESISだな」
と言われてしまいました。

NEURON,GENESISその次はサテライトですかな…就職に役立たないYO

131 :山.崎 渉:05/02/22 19:20:42
...これからも僕を応援して下さいね(^^)。   
  
━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅(^^)]━―━―━―━―━―━―━―━―━―
         
     ∧_∧
ピュ.ー (  ^^ ) <これからも僕を応援して下さいね(^^)。                         
  =〔~∪ ̄ ̄〕                                            
  = ◎――◎                      山崎渉                       
                                
 __∧_∧_                                                 
 |(  ^^ )| <寝るぽ(^^)      
 |\⌒⌒⌒\                                
 \ |⌒⌒⌒~|         山崎渉             
   ~ ̄ ̄ ̄ ̄                            
                            
   ∧_∧                                       
  (  ^^ )< ぬるぽ(^^)      
                                                       
    (⌒V⌒)                    
   │ ^ ^ │<これからも僕を応援して下さいね(^^)。   
  ⊂|    |つ                                
   (_)(_)                      山崎パン 
                                         
     ∧_∧  ∧_∧
ピュ.ー (  ・3・) (  ^^ ) <これからも僕たちを応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄ ̄∪ ̄ ̄〕                          
  = ◎――――――◎                      山崎渉&ぼるじょあ

132 :63:05/02/26 17:47:02
盛り上がってまいりました。

133 :63:05/02/28 12:33:24
hoc function: define_shape()
pt3d使った後にこれしないでdiam変えたりすると
かなり意味不明なバグでます(全コンパートメントのdiamが500に設定されてしまいました)
注意しましょう

134 :63:05/03/20 05:12:05
GENESISのユーザーグループBABEL
登録しないとアクセスさせないってどういうことだよ
登録した香具師いたら内部のアーカイブ情報キボン

135 :名無し:05/03/20 17:29:54
>>134
メール一つですぐ登録できますから登録しましょうよ.
NEURONのSenselabで手に入るような,
チャネルや形態モデルのGENESISスクリプトが手に入りますよ.

63さんは苦労なさってるみたいですが,
たしかに周りに同じシミュレーターを使っている人がいないと大変ですよね.
私もバグに悩まされた時期があって,
ボスにはNEURONのソースコードを全部読めと言われました.
へたれなんで,全部は読みませんでしたけど.
必要に応じてソースコードを読む気合がないと,
シミュレーターを使って研究はできませんね.
63さんは,就職のことを心配されてるみたいですが,
NEURON,GENESISのソースコードを読めば,
多少はc/c++の力がついて,就職に役立つのではないでしょうか.
考え無しにシミュレーターで結果だけだしても,
研究としての意味もないし,就職に役立つ力もつきませんよね.
シミュレーターはブラックボックスにして,
解析を頑張るという方法もありかもしれませんが...

そういえば,3/28,29,30に玉川であるNC研では,
シミュレーターのセッションがありますよ.
興味があれば,聞きに行かれてはいかがですか?
http://www.ieice.org/iss/nc/jpn/program0503.txt

ま,とにかく自分の頭を使って頑張ってください.
長文失礼しました.

136 :63:2005/03/21(月) 07:48:56
>>135
助言ありがとうございました。

>メール一つですぐ登録できますから登録しましょうよ.
時間あるとき登録してみます。

>私もバグに悩まされた時期があって
バグ告知でスレ盛り上がればと思っていますので、できれば状況解説頂ければと思います。

>ボスにはNEURONのソースコードを全部読めと言われました.
オープンソースだからと言ってパッケージのソース嫁とは無茶です

>NEURON,GENESISのソースコードを読めば,
>多少はc/c++の力がついて,就職に役立つのではないでしょうか.
NEURONなら、
HOCのTemplateでおぶじぇくと指向とやらがなんとなく理解できました
MODはセミコロンなしでcソースと変わらないですね。
GENESISはまだ勉強したてですが、(function endより)c系というよりfortranよりですか。

>そういえば,3/28,29,30に玉川であるNC研では,シミュレーターのセッションがありますよ.
見に行く予定です。NEURONもといシミュレータ使っているグループがこんなにいるとは・・・
このスレROMってる人も多少いるのかな?


137 :63:2005/03/22(火) 16:36:01
>>135
>(function endより)c系というよりfortranよりですか。
(ポインタの概念がないことより)Fortran77よりですか。
どうでもいいですけど

138 :63:皇紀2665/04/01(金) 14:29:39
今日は寿命が縮まるほど怖かった
付いていけないです

139 :63:2005/04/14(木) 03:57:27
NEURONとGENESISにおけるコンパートメント接続のお話し

NEURON:
conntct soma(1),dend(0)

GENESIS:
addmsg /cell/dend RAXIAL Ra previous_state
addmsg /cell/soma AXIAL previous_state

GENESISはNEURONに比べると書式がめんどくさい…けども、
同様に膜電位以外(濃度関連)の記述もできるのでNEURONのconnectよりも汎用性大。
というところが、NEURONは膜電位に強く(簡単で)濃度に弱いということみたいですな。
はたまたNEURONはコンパートメントがセグメントに分かれてもいるし、
diffusion表現するのは厳しい(無理?)感じがします。
コンパートメント間(not セグメント)ならparent_connectionでpointerの受け渡しも簡単に書けそうな感じもしますが…

とか言ってみるテスト、経験者いたらレスキボン

140 :63:2005/04/16(土) 01:32:59
hocコマンド:em
簡易emacs
プログラム自体あるのは知ってたけど、コマンドとして使えるとは知らなかった

141 :63:2005/04/16(土) 04:04:12
>>139
NEURONにおけるdiffusionについて

parent_XXX系の関数よりSectionRefクラスの方が推奨されてるっぽい。
適当にpointerをca_left,ca_rightで受けられようにSUFFIX cadでmodを作って、
objref sref
forall{
sref=new SectionRef()
if(sref.nchild!=0){
setpointer ca_left_cad(0.5),sref.child[0].cai(0.5)
}else{
setpointer ca_left_cad(0.5),sref.sec.cai(0.5)
}
if(sref.has_parent==1){
setpointer ca_right_cad(0.5),sref.parent.cai(0.5)
}else{
setpointer ca_right_cad(0.5),sref.sec.cai(0.5)
}
}
シングルセグメントかつ分岐なしならこれでOK。
分岐が入るとその分だけポインタ増えるし…設計間違いますたなこれは。
濃度ではなく変化成分のみを渡せばその問題解決できそうだけども…NEURONでやるのが間違ってるのでしょうか?
濃度関連といえばE-Cellが強いんでしたっけ?
乗り換える気はないですがシミュレータのreview情報キボン

142 :63:2005/04/16(土) 05:04:15
サテライト(SATELLITE)って良く調べてなかったのですが、
ttp://take.st.nagaoka-ct.ac.jp/satellite/
ミラーしか残ってないし、開発終了してるのですかな?
NEURON, GENESISのフォーマットにも対応(予定だったかも?)
ということが印象的だった覚えがあります。
でも普通に考えて言語の変換なんて無理っしょ。
昔使った感覚ではmatlab,scilab系統だとしか感じなかったな。

143 :63:2005/04/19(火) 05:21:16
>>142
SATELLITE
ttp://satellite.sourceforge.jp/
こっちでしたスマソ

144 :63:2005/04/20(水) 10:02:11
>>141
mod:
ポインタの配列表現はできないみたいです。
それじゃぁ、VERBATIM使ってグローバル変数ってのはどうなのかな?

145 :63:2005/04/20(水) 23:48:54
mod内のFUNCTIONはclass内でpublic宣言扱いにされhocから呼べるようだ

mod:
NEUORON { POINT_PROCESS hoge }
FUNCTION func_print(x){ func_print = x }

hoc:
create hoe
access hoe
objref pr
pr=new hoge(0.5)
pr.func_print(value)

debugに使えるとか思うけど必要ないかな(SUFFIXでも同様に呼び出し可)

146 :63:2005/04/21(木) 07:16:17
つまるところChannelDBって氏んでるんですか?
http://www.modelersworkspace.org/channeldb/README.html
dogstar.colorado.eduのMySQLサーバー稼動してないみたいですけど??
上はサンプルサーバーらしいけど、どっかでデータ公開されてないのかな。
GENESIS使いの方コメント求む

147 :63:2005/04/22(金) 02:57:40
SFNでこんなんやってたんですね。
http://64.233.187.104/search?q=cache:DkyqEavs9e8J:bbf-www.uia.ac.be/publications/pub014/TNB_pub14.shtml&hl=ja

148 :63:2005/04/22(金) 10:37:39
modのmodについて
x%y == fmod(x,y)
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/nmodl/nmodlfunc.html
知らんかったわ

149 :63:2005/04/22(金) 12:03:46
>>148確認するのに>>145使ったりする罠
結構便利

150 :63:2005/04/23(土) 06:44:25
NEURON 5.7.159 マイナーバージョンアップ
swc直接読めるようになったけどBuilder使ってないし…
なんせsesでの保存が信用できないもので(Shape Plot設定保存されない云々

151 :63:2005/04/23(土) 09:56:47
>>144
ポインタがまとめて渡せないので
forall{
 setpointerでアドレス渡す
 >>145の方法でアドレス退避させる
}
これでマルチコンパートメント、シングルセグメントは無理やり表現可能でした。
最後にマルチセグメントの問題は…setpointer変えるだけかな?
セグメント自体をコンパートメントで表現してもOKだけど。
(CellBuilder使ってコンパートメント分割でできるから関数化されてるかな?
汎用じゃないのでsetpointerで表現する方向でよろしく。

152 :63:2005/04/23(土) 10:21:15
mod: 代入値によるmodlunitの単位合わせ
FUNCTION hoge()(mA){
  LOCAL hoe
  hoe=1(mA)
  hoge=hoe
}
直接代入値に指定できるようです
知らずにUNITSOFF書きまくってた罠



153 :63:2005/04/23(土) 11:00:27
NC研に引き続き
ttp://www.brain.kyutech.ac.jp/~natume/brainscience/
でもNEURON…ブレイクのヨカン?
プログラムはCでしょとか言ってるおばかさんたちが絶滅してくれれば本望。
(gui覚えるほど暇じゃないって…gnuplot?あなたNEURON使ったことないでしょ

154 :名無しさん@3周年:2005/04/23(土) 13:21:03
>>153
うむ、それでは>>151はどう言い訳するおつもりで?

155 :63:2005/04/26(火) 00:49:51
>>154
(´・ω・`)ショボーン

156 :63:2005/04/26(火) 00:57:02
>>145
>SUFFIXでも同様に呼び出し可
呼び出せるけど、accessしてるsectionを無視しているようです。
というわけでPOINT_PROCESSのみというこで(奨励されてないのものは使うべきではない?

157 :63:2005/04/26(火) 02:22:07
hoc: diamの設定法
diam(0:1)=10:100
端点0のdiam=10、反対の端点のdiam=100に固定して、間のsegmentにおけるdiamをlinearに設定してくれる(円錐台形になる)
そういえばこういう書き方あったっけ、CellBuilderで使えないので忘れがち。

158 :63:2005/04/26(火) 07:21:47
>>151
>マルチセグメントの問題は…setpointer変えるだけかな?
\___/
/     \
こんな時SectionRefでparent,child判断してもどっちの端点に接続されているか分からない罠
topology()なら端点含めて情報吐けるけど扱いにくい…ていうかまた作り直しかorz

159 :63:2005/04/28(木) 00:09:50
結局、cvodeで落ちる罠
しばらくNEURONお休みします

160 :名無しさん@3周年:2005/07/21(木) 09:04:58
hosyu

161 :名無しさん@3周年:2005/07/21(木) 15:49:24
保守

162 :名無しさん@3周年:2005/08/02(火) 12:50:49
これ流行ってんの?
使い方ワケわかめ

163 :63:2005/08/02(火) 21:49:51
>>162
神経細胞シミュレータの中で最も流行ってて
神経細胞シミュレータの中で最簡単ですね

164 :名無しさん@3周年:2005/08/03(水) 15:04:18
>>163
http://senselab.med.yale.edu/senselab/modeldb/FindBySimulator.asp

165 :63:2005/08/04(木) 09:47:45
>>164
yaleのPI捕まえてNEURON流行ってると言いのはどうでしょう?
>>163は単に自分の感覚なので悪しからず

166 :名無しさん@3周年:2005/08/05(金) 13:28:58
>>99
これ参考にします。

167 :こちらもよろしくお願いします:2005/08/05(金) 14:58:13

【Offiicial Home Page】
Leaf http://leaf.aquaplus.co.jp/
key http://key.visualarts.gr.jp/index.htm


168 :63:2005/08/08(月) 12:24:27
>>166
>>99のにguiのマニュアルは含んでませんので、
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/help/neuron/stdrun/0stdrun.html#NEURONMainMenu
のリファレンス参照
これでもNEURONがマニュアル不備だと言われるのは何故かと。
出版物で欲しいなら
http://neuronsinaction.com/
なんてのもあるみたいですね

169 :63:2005/08/12(金) 04:38:15
ver5.6とver5.7で演算速度が格段に違う気がするのです。

170 :63:2005/08/14(日) 01:48:28
いつの間にかこんなの立ち上がってたりペタペタ
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/index.php

171 :63:2005/08/28(日) 14:58:35
NMODL: デフォルトのunits定義ファイル
unix: $NRNHOME/share/nrn/lib/nrnunits.lib
win: $NRNOME/lib/nrnunits.lib
1($)=107(japanyen)

172 :63:2005/08/29(月) 06:34:03
リバイス求む

$IV/$CPU/bin/
bbswork.sh*スクリプトnrnivの実行速度計測(パラレル用?)
hel2mos1.sh*スクリプトヘルプビューア(未実装)
hoc_e*バイナリ?
iclass*バイナリIClass、C++クラスブラウザ
idemo*バイナリIDemo、GUIのAPI(glyph)チェック用
idraw*バイナリIDraw、ドローソフト
ivoc*バイナリ?
memacs*バイナリMicroEMACS、テキストエディタ
modlunit*バイナリmodfileの文法、単位(unit)チェック
mos2nrn*バイナリnrnzipから実行するコマンド
mos2nrn2.sh*スクリプトmos2nrnから呼び出されるスクリプト
neurondemo*スクリプトNEURONのデモ
nocmodl*バイナリmodfileコンパイルの実体
nrngui*スクリプトgui付き+自作modを含めてnrniv
nrniv*バイナリnrnguiに呼び出される実体
nrniv_makefileスクリプトnrnivmodlから呼び出されるMakefile、nocmodlを実行
nrnivmodl*スクリプトmodfileをコンパイル(IV対応版)、nrniv_makefileを実行
nrnmech_makefileスクリプト?nrnmech library用Makefile
nrnocバイナリnrnivのGUI無し版
nrnoc_makefileスクリプトnrnocmodlから呼び出されるMakefile、nocmodlを実行
nrnocmodlスクリプトmodfilをコンパイル(IV非対応)、nrnoc_makefileを実行する
ocバイナリ?

173 :63:2005/08/29(月) 06:36:03
ごめん字下げまちがった

174 :名無しさん@3周年:2005/08/30(火) 16:51:31
全然わかりません

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