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バイオインフォマティクスを教えて下さい 7

1 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/22 05:32:03
いつのまにか消えていたので立ててみました。

1 名前:みなしごEST 投稿日:2001/05/05(土) 10:47
色々と教えてください。

669 名前:名無しゲノムのクローンさん メェル:sage 投稿日:03/06/23 22:38
(前略)
それなりに異質な分野なせいなのか、断続的に新しい読者が来て、そのたびに
「今まで誰も語っていないようだが(と本人は思っている)、バイオインフォ
とやらに物申す!」みたいになるのは理系専門板的には正直つらいっす。

関連スレは>>2以降

2 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/22 05:32:57
前スレ
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1060124095/l50

3 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/22 05:34:56
とりあえず質問。
海外の、bioinformaticsとかsystems biologyの有名ラボってどこがあるでしょうか?
情報きぼん。

4 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/22 10:43:32
ホシュage

5 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/23 01:11:49
バイオインフォを一から学ぶには?
バイオインフォ系のベンチャーの行方は?
今後大きく発展するのか??

などについてのご意見お願いします。





6 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/23 04:23:49
>>5
自分も初心者だから詳しくはわからんけど、
やっぱり大学行ったほうがいいと思うんだよね。
というわけで、アメリカの良いラボ等の情報教えてください。


7 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/23 23:26:04
英国だったらMRCとかSanger CentreとかCambridgeとかじゃない?

8 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/23 23:32:28
Harvardにsystem biologyのファカルティがあった。

http://sysbio.med.harvard.edu/phd/
Systems Biology Ph.D. Program at Harvard University

Program Overview

We are delighted to announce that the Harvard Ph.D. program in Systems Biology is
now accepting applications for entry in September 2005. We aim to recruit students
from a variety of different backgrounds, who will work together to forge a new
approach to biology that combines theoretical and experimental approaches. Our
focus is to explain how the higher level properties of complex systems materialize
from the interactions among their parts. Because both the field and the program are
new, this program will require unusual levels of independence and creativity from its
participants.

9 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/24 23:34:35
bioinf(ry.orgのjobsに、よくポスドク募集とかあるよ。
どこでやってるかはそういうのでも分かるんじゃない?

10 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/26 00:19:45
CASP6の上位入賞者のラボっていうので間違いないだろう

11 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/26 21:41:04
何気に昨日のセミナーはおもしろかったよ

12 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/28 14:03:15
>11
どんなの?
ひといないし、そのネタで雑談でも。

13 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/29 00:11:39
CBRCってどうなの?

14 :鬱猫:04/11/29 01:02:20
復活記念カキコ

15 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/29 01:26:58
CASP上位の若手が最新レポみたいなのをしてくれて楽しかった

16 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/29 01:40:16
>>13
今年のCASPでは登壇発表するらしいよ

17 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/29 01:42:45
CBRCすごいよね みんな若いのに

18 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/29 02:36:47
>>17
確かにCBRC若手の凄い人多いイメージあるけど、この分野みんな
若くないか?

19 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/29 03:25:21
具体的に何が凄いの?

20 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/29 23:37:44
雑談失礼。
>>10
CASP6でググった。ちゃんと広告が出てくるのに笑った。

21 :名無しゲノムのクローンさん:04/11/30 00:45:21
>>19
CASP6で入賞しただけでじゃすごくないのか?

22 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/01 08:34:38
CASP6ってまだ始まってないよね。
CASP5の上位入賞の情報きぼんぬ。
homepageに載ってないんだよね。


23 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/01 22:58:29
>>22
12月の始めだね。
過去のCASPについてはProteinsを読むのが一番早いと思うよ。

24 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/02 03:38:36
CASP6の上位入賞者は、CASP6で口頭発表の
栄誉に浴するので、プログラムみたらわかるよ。

25 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/02 22:09:25
2ちゃん有志で参加できない?

26 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/02 23:20:34
何組中何組が入賞?


27 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/02 23:30:05
>>25
CASPに?CASPはSETIやfolding@homeのように機械的に出来る部分は少ないんだよね。
人よりも良いアルゴリズムを考え、そこに生物学的な知見をのせる。
アルゴリズムやプログラムが完成しても、計算パワーはfolding@homeほど
必要ではない。入り口のアルゴリズム、出口の構造の評価、これを多数の
ターゲットに対して粘り強く行っていく。参加者は5月くらいなら秋口まで
休み無く参加をする。おそらく、かつての西川研や今回のCBRCもそうだったんじゃ
ないかと推測する。>>25は、計算機の仕事だからってボタンを出すと誰にでも出来ると
思っていない?folding@homeなどは計算機が仕事をするがシステムの開発なんて
自分たちではしていないでしょ?本来研究として意味を持つのは、アルゴリズムを
含めたシステムの開発や出口までの方法論の確立で、これらを簡単に出来ると
思うのは、ちょいと勉強をした方が良いと思うよ。>>23にも出ている過去の
Proteinsを読んで見れば?

28 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/03 00:23:46
>>26
http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2004/pr20041202_2/pr20041202_2.html

29 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/03 00:32:43
>>28
Template based modeling部門で何組中何位?


30 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/03 02:17:19
ください

31 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/03 15:16:07
Proteinsって、雑誌?それとも本?

32 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/03 23:12:45
>>31
雑誌。
http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/jhome/36176

33 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/03 23:38:54
雑誌って、そういう読み方するものなのかな?

34 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/04 10:36:13
>>33
そういうの意味がわからないけど、ProteinsのCASP特集号はちょいと独特。


35 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/04 11:03:57
でもってProteinsはProtein系4誌のなかでもっとも
IFが高い
Proteins > Prot Sci > P.Eng.Des.Sel > Prot Exp Pur

36 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/04 16:21:12
特集号があるのか
それで疑問は氷解

37 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/04 18:23:48
でもこの分野はIFあんまり関係ないしな。

38 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/04 18:31:09
分子生物学会とGIWって時期をわざと合わせてるんだよな?
あれって逆効果じゃないの? 一週間連続で職場を空けられる人ってそんなにいるの?

39 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/04 19:50:35
>>37
雇う側が適当に換算してくれるといいよね

40 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/04 20:25:44
>>38
なら一緒の場所で一週間連続でやれば、交通費も会費も広告費もうく
のに、なぜそうしない?利権ばっか考えるな!!

41 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/04 22:24:30
>>37
みんなに使ってもらえるデータベースやプログラムを作るのは
とても大事。が、現実世界の話としてはIFもとても大事。
よっぽど有名なDBやプログラムなら、話は別だと思うけど、
文科省がCOEにしろ何にしろ、業績評価をIFの足し算でやったり
するものだから凡百のDBやプログラムよりはIFの高い論文を
書ける研究者のほうが評価される。

42 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/04 22:43:58
>>40は空気読めない万年テクニシャン

43 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 00:24:34
>>42
じゃなくて学生だろ?

44 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 02:53:37
そうそう。
所詮この世界は、実体のない虚構の作られた世界。
その世界を形づくるクリスマスツリーの粉飾のために
アクセサリーを飾り付けたり、その前でお遊技の一つもできない奴は、
この世界には縁のない使えない人間。

45 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 09:27:27
>44
誤爆か?それとも>>42の言うように空気が読めないやつが
混じっているのか?

ところで、現在CASP6開催中。

46 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 12:30:11
>>44
空気はある意味読めすぎ。

47 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 13:28:52
業界を蛙には、力が必要。
「誰かなんとかしてくれないかな?自分が損をしない方向で、、」
なんてウジ虫はだれも相手にしない。


48 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 14:27:35
>>47
どのスレに書いても同じなつまらないゴミのような書き込みだな。
>>44=>>47じゃないのか?
抽象的な用語ばかりで具体的なことは何も書けずに何か偉そうな
ことを言った気になっている。学生か?お前は

49 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 15:01:12
フリーター(専門卒)だ。相手にするな。

50 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 18:18:59
誰か、開催中のCASPに関しての情報持っている人いない?

51 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 18:53:31
俺としてはこのスレの力を結集してGIWの時期を変えて欲しいね。
いっそ9月くらいに。

問題は、このスレには結集するほど人がいないことと、このスレでは基本的にみんないがみ合っているということだ。

52 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 21:04:44
仮に首尾良くいったとしても
「2ちゃんねらー」が、って言われない気がする・・・

53 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 22:51:44
>>41
「評価サレル」っていう言葉が既に空しい響きを漂わせるのはナゼか?

次ぎの人が仕事をするにあたって役にたつか?同じ仕事をしてる人を
インスパイアできるかどーかを考えれば、凡百の論文と凡百のプログラム
のどちらが大事かなんて、おのずと明らかだと思うが、、、


54 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 23:52:26
                                出前!
                                 チャーハン!
                   | ̄ ̄|   ┌──┐   デマエ!
            −=≡  |.______|  o│    │    チャーハン!
           −=≡   ( # ゚∀゚)彡 └─彡┘
          −=≡   ⊂   ノ┌.o.┐丿 
           −=≡   ( ⌒).│  彡 ノ
            −=≡  c し'. │  │  
                      └─┘ 

               ┌─┐       ∧_∧
        | ̄ ̄|  ┌┤  │      (´Д` )
        |._____.|  │┌─┤       (    )
       ( ´・ω・) ││・。・ ゚・。      | |  |
      c(,_U_U  └┴゚・・ ゚・。・。     ( (   )

55 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/06 00:01:38
>>51, >>52
マジレスすれば、お前ら柏のロンダが集まっても塵ほどの価値がない。

56 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/06 00:42:27
柏ってバイオ関係の研究所あった?

57 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/06 00:51:47
>>53
たぶん漏れが大学院を出てから"生活"や"キャリア"を考えるように
なったから自然にこんな言葉が出るようになったんだろうね。
サイエンスを考えるとき、何が大事かっていうことはみんな知ってる。
でも、大学を出てポス毒の後どうする?評価される側として
どうする?霞食べて生きていけるのか?理想と現実を見つけながら
少しでも自分の楽しい研究をやっていくか?これが大事なんだと思う。
自分の信じるサイエンスの価値に殉じるのもまた一興とも思う。
自分の人生だしね。だが、誰かから金もらって生きるんだろ?それだけは
覚えておいたほうがいいよ。

58 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/06 00:55:15
>>55
>ロンダ
柏の教員だったりして。
*田氏なんかは2channelerを公言してるし。
>51
煽り叩きは2(ryとはいうけどさ、どうにかなんないもんかね、ほんと。

59 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/06 01:07:37
>>55
マジレスすれば、学生さんは学会の時期が重なってたって困らないと思うわけだが。
その妙な過剰反応はGIWの中の人だから?

60 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/06 02:46:40
>>57
科学者なら、科学者ならばこそ、そんな世俗にまみれた
意見を恥ずかし気もなく吐露する前に、より大局にたった
意見を展開すべきではないか?そもそも、科学者のコミュニティ
というものが形成されてからどの程度の時間がたってる?しかも
この国において、、、一般の国民が国の科学政策に目をむけるように
なってからどの位の時間が経ってる?見方によればまだ目をむけられて
ないとも言える、投入される金額や今後の国際的な影響を考慮すると、、、
 それを踏まえた上で話しを戻すと、論文偏重の評価が始まったのは
いつからなんだ?すくなくとも論文で補助金の配分が事実上決まるように
なったのなんてつい最近だろ?IFなんて一昔前は陰も形も無かった。
評価の基準なんて時代時代で変わっていくもの、はやり廃りといえばそれまでか。
ただ、国策に関わる問題である以上、その基準は単なる流行で決まるものでは
なく、誰にでも明白な形でわかるような実効性を伴うものである必要があるだろう。
ま、ここまで言えば結論は明らかだ罠。

61 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/06 02:49:22
長い

62 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/06 08:23:48
>>60
空虚な一般論でサルでも書けそう。
国策の決定過程を知らない柏の助手か?W(←ぱくりw)

63 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/06 08:52:13
国策って、一億円が野口夏目の感覚な世界だろ
背伸びするなよ

64 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/06 21:49:13
>>60
そんな理想論をいわれてもね。上にも書いてあったけど、
評価される研究者は、それでは、やっていけないわけ。
IFは流行り廃りというけど、これは必ず残る。だって、
政治力にも左右されず、研究の質を計る客観的な尺度って、
これぐらいしかないのよ。アルゴリズムやDBがどうやって
評価されるの?
お上が、IFで評価するっていうんだから、そのレールに
乗りつつ、その中でうまくやりくりするってのが、現実的だろ。

65 :58:04/12/06 23:56:51
なんかやたらとageてる香具師が着いてるな・・・。
>>41 - 64
>現実的
現実的すぎて、漏れならひねくれたくなるなあ。
他の尺度・・・bioinfoでどれだけあるかと思うが、パテントとか。
DBならアクセス数とか(PubMedなんて凄そうだよな)、ライセンス数とか。

IFが消えないと言うのは同意。が、分子生物学の内輪の指標、とまで
割り切った方がイイカモ知れない。

評価ってものはたしかに非常に難しいものだが。
だからといって、IF以外で評価できないのなら、
評 価 に 使 っ た 時 間 分 の 給 料 返 せ
だな>担当者。そんな分かり切った事、評価とは言わん。

66 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/07 23:30:26
CASP:CBRC3位、北里4位。
日本勢大健闘!

67 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/08 00:08:58
DBのアクセス数や、ソフトウェアのライセンス数は簡単にいじる
ことができるのは知ってるよな?
パテントは確かに大事だけど、そして実際評価の対象になってる
けど、実際に出されているパテントは、論文の焼き直しとかで、
全然使い物にならないのばっかりだよな。「数」が大事っていうの
だから、そんなクズのパテントがいっぱい生産されてしまうのも
仕方のないことかもしれない。
あと、パテントは、評価の対象になっても、研究者の資質を
計る物差しには、少なくとも日本では、なってないわけよね。
研究者は、アカデミックなことをするのが仕事なのだから。

68 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/08 07:57:09
上手くいってるのかいってないのか?ってのが重要。
IFの評価で「何か」がうまくいくならそれでいい。
上手くいってないなら、それを変えていくってのは当たり前。

女将がIFで評価する(こんなこと一言もいってないと思うけど、、)
っていうなら、IF評価をやめるのも女将。今の問題は、IFしか売りの
ない使えない研究者が、本質と関係ないとこでIF教を蔓延させていること。
このスレみたいに。

69 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/08 08:17:37
>女将がIFで評価する(こんなこと一言もいってないと思うけど、、)
言わなくてもやってるよ

IFしか高くない椰子もいるが、IFが低い椰子がそれを見て自分を
慰めたってしょうがない。低いほうは得てして実力不足が多い。
バイオインフォに限定するならば、ほどほどのIFの雑誌があるから
IF=1以下なんかに出していたら実力不足を指摘されても仕方ない

70 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/08 10:11:32
柏ってそんな評価低いの?
たとえば、アメリカのワシントン大学や、テキサス大学と比べるとどっちが評価高いのかな?
医科研の評価は?
情報きぼん

71 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/08 10:15:42
柏の誰か、あるいは医科研の誰か、を書かないとまともな評価は返ってこないと思う。

72 :70:04/12/08 12:26:33
そうだな、例えば柏なら、これらの人々。
ttp://www.cb.k.u-tokyo.ac.jp/cb/labs.html

あと医科研なら、これらの人々かな。
ttp://www.bic.kyoto-u.ac.jp/egis/member_J.html

73 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/08 12:28:05
age

74 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/08 19:01:57
>>72
そうだね。
人材育成も期待できそうだし。
灯台内にも他に幾つかの零細バイオインフォ研究グループがあるが、
研究的にもビジネス的にも中途半端なところばかり。
データを作ってDBを管理しているだけで、傍らで分析らしいこと
をやっているところとか・・・

75 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/08 21:08:00
>>68 それで何か公平に評価できる具体例ってあるの?
IFが全てじゃないなんて誰だって分かってる。でも大学の偏差値みたいな
もので、何らかの尺度は必要だろ。

76 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/08 22:40:31
>>72
医科研ってこんなに人いたの!!知らなかった.
情報系ってこれで全部?

77 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/09 00:10:00
>>75
大学の偏差値ってネタか????
最近の Nature見てて何も感じないってなら鈍感すぎるだろ。

78 :70:04/12/09 00:36:31
あ、じゃあ柏もそんなに捨てたもんじゃないのかな?
なんか柏ってよく叩かれてるから、どうなのかなーと。
アメリカの2、3流大と比べてどうなんでしょうか?
スレの上のほうにHarvardとか書いてあるけど、さすがにレベルが違うよね。
というか、まず入学むりぽ…


79 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/09 00:56:41
NCBIのdbESTからOryza sativaだけをDB化したいんだけど
どうすればよろしいのでしょうか?

80 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/09 01:03:51
>>77
最近のNatureのHarvardキャンペーンはひどすぎ
無理矢理載せたという感じかな

81 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/09 07:08:38
零細バイオインフォ研究の嫉みでつか?

82 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/09 07:55:51
>>78
柏の問題で教官の問題が言われたことなんてないじゃない。

83 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/09 09:17:59
>>78
まだネタになるだけ柏はいいと思われ。
教員も悪くないし・・
それ以外で怪しくショボイところに気をつけた方がいいと思われ。

84 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/09 22:54:04
>>79
seqertあたりを呼び出すスクリプトの出力をひたすら一つのファイルに追記させる。
・・・ってか、なんでそんな事すんの?いろいろあるやん、
ftp://ftp.gramene.org/pub/gramene/CURRENT_RELEASE/data/blast_databases/
とか。

85 :70,78:04/12/09 23:12:36
なるほどねー。
2ちゃんやってるとどうもネガティブな意見ばっかりで不安になるけど、
叩かれるって事は活気があるってことかな。


86 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/10 00:24:05
>>85
柏が叩かれるのは教官は東大並でも学生が日大並だという点。
千葉にある日大か東京理科大の院みたいだ。

87 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/10 00:26:39
>>84
いったんマルチFASTAにしてまたそこから再度欲しいESTを
何通りかにわけて抽出したいんですよ。
でまずは種ごとにESTを分けてDB化したいなと思っています。

ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/dbEST_summary.html
ここにあるようにDB化されてたりしないのですかね??

88 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/10 00:33:00
Refseqのrna NM_; NR_; XM_; XR_ の説明ってどこかに
ないですか??教えてください

89 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/10 02:33:13
>> 88

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook.table.691

NM_ は mRNA、NR_ は RNA、XM_ は mRNA、XR_ は RNA です。
NM_ と XM_ のちがいは?っていう質問はリンク先に回答があるから禁止。

90 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/11 10:14:53
普通DBの管理だけで教授なんか雇うのかねえ?
研究室のテーマが「バイオインフォマティックス」だって。
しかも教授自身が過去にデータの分析で業績があるかと思えば、それもなし。
人を使ってデータをソフトにぶち込んで結果を出させているだけ。
そういう人材を連れてきたことを自慢げに話すマネージャー気どりの教授もいたな。

91 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/11 17:50:37
>>90
大学とか企業の研究所で情報系研究をやっていた香具師で
業績不振とか、研究に行き詰まって立場的にやばくなった
のかもな。救済的採用とか・・・
そんな程度だと研究の下請けが関の山だろうな。

周囲に似たような享受がいるが、
「バイオ系だと未開拓部分が多いから新しい結果が出し易い」
とか言っているのがいたが、なんだか嘗めているな。

92 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/11 23:06:35
stand aloneでPSI-BLASTはできるんだけど
PHI-BLASTの検索をしてくれないんだけどなぜですか?

93 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/11 23:27:17
下請けの方が、研究者よりもレベルが高いのがこの世界の特徴。
未開拓だけど、縄張り争いは激しいな。月の土地を売買してる感覚か?ww

94 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/11 23:41:55
皆さん GIW の準備はどうですか?

95 :91:04/12/12 00:21:35
>>93
ところが、下請けを脱却して独立的に新しいことをやりたいと
図々しいことを言っているから困るんだけどねw
漏れもお手伝いに徹していればいいと思うのだが、
そうせ雇い主が獲得した予算で飯を食っているんだし。
まあ食い付き野郎が多い分野みたいだね、今のところは。

96 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/12 00:36:32
評判よりも、業績をきちんと調べろ。

97 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/12 00:44:43
自分の研究業績でなくて、研究者を抱きこんで
結果を出して誤魔化しているところは駄目だ。

研究業績を出してくれる人材を連れてきたこと
を自慢するマネージメント享受も駄目だ。

産学連携とかを名目に都合のいいようなことを
言っているところも駄目だな。

灯台にもこんな零細なところがあるんだよな。
残念!

98 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/12 17:21:01
>>87
unigene使えばいいのに。

99 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/12 22:44:43
>>98
unigeとはESTをクラスタリングしたものでしたっけ??

100 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/12 22:55:56
>>99
そうです。

101 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/13 02:01:36
そうせ、下請けでも自分で科研費とれるようになったから、
これからは雇い主ってだけで威張ってる能無は負け犬ですね。www

102 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/14 06:44:36
GIW どうですか?
だれかレポート書いて!!

103 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/14 22:38:31
そうせ、いつもと同じGIWでしょ。


104 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/14 23:12:23
GIWは、第一回から行っていたが、最近は行ってないなぁ。
第一回は、むちゃくちゃおもしろかったが、、。
ICOTとの共催だったので、人工知能研究者と実験生物学の研究者
が、互いに全く通じない話をして、一方で、「顕微鏡ののぞき方」
という発表があれば、もう一方で、「生成文法の理論について」
みたいな話がある。ICOTでは、「囲碁のアルゴリズムは」とか
いうし、「いやあ、情報科学には期待しますよ」なんていう識者の
コメントもあった。
あ、一回目は1990年の12月だった。
二度目は、一回目のとき、「こりゃだめだ」と引いてしまった人
以外が参加したので、言葉は通じないが、互いに相手の研究を
知ろうとする人たちが多かった。
考えてみれば、日本でGIWが始まったのは1990年で、アメリカの
NIHを会場にして、ISMBが最初に開かれたのは、1993年。日本の
バイオインフォマティクス(もちろん、当時はゲノム情報とか
言っていたが)は、欧米に2年から3年は先行していたのだ。
ISMBも、第一回は発表とかして、その後もしばらく毎年のように
行っていたし、日食もみたし、だけど、最近はもうなんか分野が
膨れ上がってしまったので、2年に一回のCASPしかでてないや。

105 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/15 00:17:40
>>104
日本からのCASP参加者で、ICOTを知っている人ってもはや少ないような。
M下電器の方かしら?そうでなければCBRCのA山さん?

106 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/16 10:18:27
ICOTねぇ・・・第五世代コンピュータに推論マシンか。
ITゼネコンに食い物にされただけだな。


107 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/16 22:41:36
推論マシンはタダの広告塔だったような気が。
どこかで、目指していた方向性は間違ってない、という評価記事を
読んだ記憶がある。
##ひょっとしてLoopあたりか?


108 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/17 02:10:30
>>105
にしても、CASP6は、日本勢は大健闘で、入賞2チームで、
おしくも入賞を逃したチームがあったほか、まあ、そこそこ
ってところが多かった。平均的なレベルとしては日本の
チームは、かなり高いし、突出したチームもあった。
参加チーム数も米国の次に二位で、これまたすごいが、
やっぱり、日本チームの中での上位は、過去から参加して
いるチームだね。産総研チームは入賞を果たしたわけだが、
これは、センター長がCASP2から参加(といってもこのとき
は聞きにいっただけだったが)しているっていう伝統がある。

バイオインフォマティクスの中でも、タンパク質立体構造
予測はまさに古典的領域になっているが、いろいろな総合力
が必要で、そういう意味で、今回は十分な実用性もある
レベルで構造予測が可能になったということと、そのトップ
クラスに日本のチームが2チームも入ったということは、
日本のバイオインフォマティクスもかなりいいところにきて
いるということだろう。まあ、来月お祝いシンポジウムをやる
から、暇な人間は集まれ。105さんは誰だかわからないが、
来月21日のことを聞く立場にはあるだろう。

109 :105:04/12/17 08:14:59
ははははー(^^;;
まだ表に出ていない話ではないですか?>21日
CASP6のイタリア風のロゴはスキャニングではダメ?と
思った今日この頃であります。

110 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/17 21:15:10
>CASP6のイタリア風のロゴはスキャニングではダメ?
CASPのページにありまする.どこにあるかは想像つくだろう..
例のやつは21日ですね.だれかTシャツもっていないのかなぁ..


111 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/18 00:08:32
>>110
実は、Tシャツ、帰りの飛行機で着たんです。
そうして、帰ってきて洗ったら、すっかりがらがおちちゃった。
え?どこにあるの?目をさらだにして探したけどないっち。

112 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/18 00:13:57
>>109-110
21日の研は、公開の予定で、金曜日の段階で、
公開になったはずだけど、会場が狭いから、事前登録ありね。
一応、日本から出場のチームの主立ったところは、全部来る
予定。どこそのウェブページでも紹介が来週中にはアップ
される予定。
#2ちゃんで宣伝してどんくらい来るものだろう?
#入場制限しないとだめかしらん。

113 :105:04/12/18 03:16:01
>>112
今のところ、会員企業にしか紹介回っていないのでは?
会員企業優先で(座席にも優先席作ります?)、それ以外の席を
一般に開放するというイメージかと思っていました。面白い話は
多くの人と共有したいけど、お金を支払っている会員にメリットが
ないと・・・。

114 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/18 15:57:59
>>111
これはなんだろう.
なんかCASPでよかったって言っているし,例のロゴも入っていますよ.
http://www.proteinsilico.org/rokky/

Robettaの次みたいけど,Robettaってなに?
CASP素人にはよくわからない..なにが面白いのだろうか.


115 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/18 19:39:00
>>111
それ、CASP自身のサイトではなくて神戸の高田研(最近は、エリート
クラブメムバーwww入り)のサーバーでは?
サイエンティフィックには高田研などの(オリジナルはベーカーだが)
フラグメントアセンンブリ法はサイエンティフィックには面白いけど、
時流としてはCBRCや梅山研のようなものの方が現実には役に立ちそうな。

116 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/18 22:04:03
>>115
現実?
配列みてタンパク質のなにがどこまでわかるっておしゃるのやら.
この場合の現実とは目先の利益ってことになります.


117 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/18 23:27:07
構造決定も不確定性を排除しきれないのが現状なんだから
もう少し謙虚になりなよ

118 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/19 00:42:46
>>116
目先の利益っていう意味で、ようするにゲノム科学の
一貫として、ゲノム中のタンパク質配列解読のための構造予測
っていう意味では、BLASTが普及した段階で、おおむね完成した
といってよい。現状構造不明のタンパク質アミノ酸残基配列
に対して、6割くらいは十分に構造が決定できる。今回の、
CASP6では、その種のCMターゲットについては、GDT_TSが、
90を越える場合が多かったから、予測精度は1Åってところ
だろう。そうじゃないFRについてもかなりいけるようになった
というのが、CASP6で明確になった。CBRCや、梅山研の
やり方は、基本的にCMの方法だが、FRにも適応できている。
もちろん、エリートクラスになったRokky,Rokkoにしても、
CMでできるところはそれでやる、っていう方法。
じゃあ、NFはどうかっていうと、こればっかりはまだ多くの
場合、ってか、たとえ Rosetta だろうが、GDT_TSが20とか
30の場合がある。GDT_TSは、まあ50を越えないと当たった
とは云えないから、まだ、こういう「新規の構造、あるいは、
難しいFRターゲット」については、予測システムはできてい
ないということだ。

簡単にいえば、構造構築原理そのものは、よくわかっていない。
ということになる。
>>113
だからここで、紹介しているじゃん。
ってのはおいといて、シンポジウムの参加者にはメールしています。
会員にメリットがあるのは当然。だけど、今回はどっちかっつうと、
お祭りの要素がでかいっていうか。
ま、そういうわけだから、21日はオフ会になるってことで。

119 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/19 01:28:41
>>118
まったく.構造予測するのが目的かよ.目標と目的を履き違っていますね.
目標が予測でも目的はタンパク質の理解ですよ.
だから目先の利益なんですよ.PDBを完全に信じきってCMやらFRやらが解ければ
現実的に役に立ちそうなんて,普通の人は騙されても(特に企業の人は!)
先を見る目がある人はがっかりします.
そんなスナップショットでなにがわかるんだ!
機械学習がトレーニングセットに依存することよりひどい話ですよ.
PDBに依存するホモロジモデリングなんて,それで作った薬を誰が使うんだ!
なんでそうなるか理由もわからずデータがそういっているから作ったなんてひどい話では.

だからRosettaかなんだかわからんが,そんなのに金を使いましょうよ.
個別研究ではなく(タンパク質一つの構築原理)広く理解しましょうよ.


120 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/19 02:23:07
>>119
何考えてんだか。
ゲノム科学の一貫としてのタンパク質配列理解のための構造予測
と言っているだろうが。
ようするにそれが限界なのが構造予測の現状だと言っている。
実際には、FRやNFのターゲットで、GDT_TSが90を越えるような状況
になってくると、構造構築原理が理解できるようになる。
もちろん、タンパク質は一つ一つ非常に特殊だ。しかも、折り畳みの
条件もそれぞれのタンパク質で異なる。ものによっては、別のタンパク
質なりが誘導体にならないと構造を形成しないものもある。
あるいは、特殊な酵素が存在しないとcis trans の制御ができず、
最終的な形にならないものもある。また、PDBのデータが欠陥だらけ
なのは、十分承知している。それで10年以上やってきているからな。
ただし、一方で、タンパク質一つ一つに研究者が張り付いて実験やって
解剖学やっているだけでは、その一つ一つについてだけしかわから
ないから、全体として生命現象をつかむことにはならない。
まあ、所詮、生物学は理論じゃあだめで、観察と実験による博物学だ、
という思想の持ち主が多いのだが、しかし、それでも、本当の意味で、
タンパク質の機能、たとえば、構造が変化するとかで実現されている
機能とか、さらにリガンド結合時の構造の変化とか、そういうことを
理解するには、タンパク質全体でどういうふうになっているかの理解
が必要だ。
CMは、博物学的には非常に正しい方法だ。ただし、これで構造が予測
できても、折り畳み原理の構造構築原理の解明にはまだまだ距離があ
る。Rosettaがやっていることも、結局は統計ベースの構造探索であり
その統計は、PDBからとっているわけだ。統計の物理的意味となると、
これは非常に難しい。

121 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/19 10:57:28
>>119
学生の意見かな?
私はCASPコンテストに出たことないけれども、少なくともCASPコンテストの
意義というのは方法はともかくブラインドで構造決定できていない構造を
過去の知見や理論で予測するということでしょ?Rosettaに金を投じれば
フォールディングメカニズムを理解できると思うの?ホモロジーモデリング
だけでデザインした薬を誰が使うって言ってる?前提を違えた議論をしては
いけませんな(計算機によるドラッグデザインの先には実験や臨床の
フェイズがあるに決まってる)。ついでに、企業の人間を馬鹿にしてはいけない。
学生程度の見通しなんて当然のように出来ている。そもそも会ったことある?

122 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/19 13:48:45
>>121
ようは,CMやFRが現実的(115)→NFがこの先重要(116)→CMやFRは配列理解に役立つ.NFはお手上げ(118)→CMやFRは現実的でない(企業馬鹿)(119)→116と118の繰り返し(120)→中身なし(学生馬鹿)(121)

Rosetta(のようなもの)に金を投じればフォールディングメカニズムを理解できると思います.
というのは言い過ぎでしょうが,私の知っている限り,CASPでの200チームの半分以上は
様々は方法を試していると思います.その回での入賞はともあれ,意味のあることをたくさんやっています.
それをすばやく取り入れ,新しい解決方法を模索しているのがBakerです.ちなみにアブストを見る限り,BakerはRobettaやRosettaを作ってません.

いいたいのは,CMやFRで入賞したからといって今はいいかも知れません.企業の利益に還元できるでしょう(創薬,クラスター,ベンチャーなどなど).

しかし,今回のCASPのNFを見る限り(WEBからみれますよ),この先真っ暗..まさにNFというべきNFがたくさんあります.

構造決定ができないタンパク質がたくさんあるわけで,そんなのはPDBにはいってないし,構造決定にミスったPDB構造の修正もしないわけだし,
そのうち,変なタンパク質の構造決定にNFで頑張っている人の方法が必要となるわけだし,
そうなると,いままでの6割に対して有効だったCMやFRは何になる?
とりあえず,今あるものでやってみようというのがCMやFRに対する方法で(>>119 そいう意味で目先でしょ?)
>>115
サイエンティフィックより現実を重視する意見には,特にこの分野に関しては,違和感を感じる.

つまり,いいかえると,
CMやFRで入賞したってどうせCASPの意義においての入賞であって
大したものではない..
(バイオインフォマティクスにおける動的計画法みたいなもんだ.有って当然という.)

>>121
言いたいことが言える学生の意見は尊重すべきです.実験や臨床フェイズがあるのは常識でしょう.だからホモロジーモデリングだけで薬を創ってみるという発想がいかにも企業人.
膜タンパク質が実に創薬のターゲットでは.

私は企業の人間(特に時流れに群がる企業の)はあえて馬鹿にしたい.


123 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/19 16:13:22
>>122
バイオイフォはサイエンスを志向しているよりはエンジニアリングを
志向している、役に立ってナンボのものだと思うが?領域の成り立ちも
そうだよね。

124 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/19 16:50:08
>>123
勘違いです.
役に立ってナンボのものだっていうのはバイオインフォでない!
決して日本のバイオインフォは発展しない.いや,もはや見込みなし




125 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/19 18:14:57
>>123
今時,領域の成り立ちがうんぬんかんぬん..米に遅れるのも当然かなぁ.
重要なところを抑えてないと結局は遅れるんだよなぁ.科学・工学だけではなく
全てがそうなんだよなぁ.
いまホットな話題より,この先来そうなものの見分けができないのが日本の悲しいとこでしょう.


126 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/19 19:09:32
もしもタンパク質のフォールディング原理を明らかにしたいなら
それは、バイオインフォマティックスというよりは生物物理の仕事だね。
いずれにしても>>124,>>125のような物言いしか出来ないような人間では
ダメです。フォールディング原理について話をしたいなら、郷さんの
昔の仕事とかをまず見てみれば?お前はフォールディング原意の解明が
これからホットだと思っているのか?それは、生物物理から伝統的に
ホットな分野だ。そこらへんの研究は参照してる?

127 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/19 22:01:04
118だけど、
まず、目先の利益っていうのが誤解されたのかな。
短期的効果からすれば、構造未知のタンパク質でも、配列
から、その60%くらいは、構造がおおむね判定できるし、
また、CM/FRの方法がうまくいく場合は、1Åの精度で予測が
可能になる(GDT_TSが90を越える)。1Åの精度はX線結晶解析
でもとまる限界精度を超えているのだから、まあ、すべて
はそうじゃないにしても、今後構造を知りたいと思うタンパク質の
およそ20%か30%については、機能解明に必要な十分な精度が獲得
できたといえる。この程度の精度までいくと、あとは分子軌道計算
などを併用して、リガンドバインディングの詳細な計算をすること
も可能で、こういう知見は、創薬にも生かすことが可能なレベルだ
と思う。CASPが始まる前(1990年代前半)当時にここまでの
レベルが10年以内に実現されるとはとても思われていなかったの
で、CASP4以降のBLASTの本格普及と、CASP5からのサーバーによる
エントリーでの結果などが、ここまでのレベルを導いたように思う。
あと、CM的な方法(つまり配列だけを注目する)とその発展が、
FRのターゲットにも有効だというなら、これぞバイオ・インフォマ
ティクスっていうか、計算機科学の勝利だね。
>>126 のいうように、たしかに、折り畳み構造の構築原理をしる
仕事は、生物物理の範囲かもしれないが、細胞内がどろどろのスープ
の中である以上、いわゆる物理的な純粋性のある理論は無理で、
それよりは「配列がにていれば構造もにている。たぶん、にている
タンパク質はにた条件で生成され、にた機能でにた利用がなされて
いる」ということから、配列解析だけで構造まで考えるというほうが
はるかに「実用的」意味がある。で、これぞ、生物物理屋がやらない
「情報科学的」手法であり、これが十分な効果を及ぼしたということ
だろう。


128 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/19 23:01:06
>>127
まさにそのとおり!
拍手,拍手!



129 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/20 00:19:11
>>128
127だけど、、、。
ただし、>>126がいうのも事実で、タンパク質を自然界のもの
として博物学的にとらえる範囲では、CM/FRの方法での構造予測
は十分だが、実際に、タンパク質の機能改変とか、スクラッチ
から配列を設計する人工タンパク質合成なんていうところに話が
くると、現在の構造予測で培われた議論は、ほとんど使えない。
生物物理の問題でもあるし、また、ここにバイオインフォマティクス
的な要素を入れるなら、統計ベースのエネルギー解析などをしっかり
解釈しなおして、実験データと対照できるようなものにしないと
いけない。っていう意味で、FR/NFのターゲットでさんざんな状況
であった今回のCASP6は、まだまだこのレベルはそうとう大変だわな
と思わせるものであった、、というもの。
ただしもう一つ加えるなら、まじでスクラッチから人工タンパク質
作ったりするか、って問題。酵素の活性を上げるなんてときは、
案外活性部位とは無関係なところを1つかふたつ残基変えるのが
よいとか、理論的には予測不可能で、まさに進化論のみぞ知る、って
ところがある。そこは微妙。また生物がもっていない酵素を最初
から作る、とかいうのは、もしかしたら、既存の酵素のリガンド
バインディング部分をほかのと入れ替えるとかいうドメインレベル
での組み替えタンパク質を合成する程度でよいかもしれないから、
そうなれば、これは現状のCM/FR的な方法での構造設計とか
タンパク質設計が十分に使える領域でもある。
ってことで、生物物理的意味での構造構築原理の解明は、もしできたら
うれしい技術として利用されるが、できなくても、それに代替する
技術は、CM/FRの方法からとってこれるので、まあ趣味があったら
やりなさい、という程度の話かもしれない。

130 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/20 11:52:09
あいかわらず、長いレスが多いな、このスレは。
もっと簡潔に書けないのか?
それとも、どっかを縦読みしなきゃならないのか?

131 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/20 13:03:25
横読み

132 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/20 15:52:47
リガンドバインディングは膨大な分子数の溶媒を考慮する必要があるので、量子化学計算はまだちょっと実用的ではないよ。
そして生物物理屋は純粋物理以外もやってる。
まあ、力をあわせてやっていこうや兄弟。

133 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/21 02:07:31
>>132
たしかにそうなのだが、分子動力学との組み合わせなどで
だんだんとできそうな状況にはなっているからな。
まあ、今後、いろいろな方法の組み合わせで、だんだんと
計算可能な方法が現れてくることに期待しよう。

ところで、CASP6では、ドメイン予測と、ディスオーダー予測
があったわけだが、こちらは、ディスオーダー予測は、正直
初期の二次構造予測などよりはずっと当たっている。
ドメイン予測もかなりいい線いっている。
こんなことと組合わさると、タンパク質の中のぶらぶらした
領域とか、タンパク質自体の動きなどについても予測の立場
からいろいろできるかもしれない。
ま、アクチン、ミオシンによる筋肉運動などに代表される、
動くタンパク質、それもATPバインディングで動いたりする
タンパク質などの機能予測も、ほかのすでに解明されている
ものとの組み合わせで、いろいろわかるようになるだろう。
まあ、昨今NMRも、X線解析も10年前と比べるとずいぶんと
手軽になってきたようだ。ようするに、全部あわせて、
タンパク質全体の理解が深まったということで、ひとまず、
この話は終結できると思う。

134 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/21 04:06:43
>>126
だれもフォールディング原理の解明がこれからホットだはいっていない.
そんな古典の古典をいうのは本当に馬鹿にしているとしか思えない.
それに,>>133 この話はそんなんで終結できません.
がしかし,「全体的によくなってきた」というのには賛成で,
要するに,CM・FRが現実的で,バイオインフォはエンジニアリング志向で,
これから先をみようっていったら古典を持ち出し,
という方々がこの分野にいては非常に困ります,ってことです.
ICOT譲りの根性は捨ててほしいです.
GIWがISMBより先に始まって日本のゲノムプロジェクトは先駆的だとかいう,
負け犬根性は捨ててほしいです.
しかし,ICOT時代の人がいまや某センター長やら灯台なんとかやらなんだからしようがない.
決して,私はドメイン予測とかNF予測とかという個別論が言いたいわけではない.
全体(日本)の進む方向がこれでいいのかという疑問と失望なのです!

135 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/21 12:06:36
あいかわらず、長いレスが多いな、このスレは。
もっと簡潔に書けないのか?
それとも、どっかを縦読みしなきゃならないのか?

136 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/21 12:14:42
横読み

137 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/25 17:10:06
原理っていうからいかんのじゃないか?
それとそれぞれの方法論はともかく、
初発のアイデアに対するオリジナルな日本発の
仕事が少ないから閉塞感がたかまるんじゃないか?
やってもやっても、猿真似だっていうことだろ。

138 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/26 13:04:05
>>137
同感

139 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/26 17:38:41
現在の日本の構造予測に興味(面白そうだな、とか意味ねーとかでも)
ある人は、下記の講演会に行ってみるのがイイかも。
http://www.ipab.org/images/CASP6.pdf

140 :名無しゲノムのクローンさん:04/12/26 23:08:09
>>139
お〜
愛PUB


141 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/02 19:56:57
あけおめ。
今年この分野で話題になりそうなネタを書き込んでみて下さい。

142 : :05/01/03 11:46:47


143 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/03 22:29:18
今年この分野で話題になりそうなネタ
=捏造データの見分け方

それに対するマスゴミの予定調和的能無コメント
=いたちごっこはこれからも続きそうです。



144 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/03 22:59:59
捏造データをバイオインフォマティクス的に判別できるようになったら
世界から大注目だね。多くの重鎮の首がとび、教科書が大規模に書き換えられる
かもしれない。やる価値大だ。

145 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/03 23:04:51
北が提出した遺骨の鑑定について、なんでマスゴミは
専門家の意見を電波に載せようとしないのか疑問。いつも
はしつこいくらい専門家のコメントを垂れ流すのに、、、
もともとうさん臭いとマスゴミ自信判断してるからか?
生物の専門家がキチンだから逃げ回ってるのか?どっちだ?


146 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 00:19:38
関係ないスレに書き込むな。以上。

147 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 01:50:16
バイオインフォなんてゲノム計画であふれかえった配列データ
をどうまとめるかっていう極々狭い視点に立脚した要件から、
出てきた分野。そんなので、今までいろんな視点に基づいて出て
きた結果の真贋を見極められるわけがない

148 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 02:11:52
よし、では私がやろう。
まず学習データが必要になる。
真贋それぞれのサンプルデータを募集する。
特に贋作のサンプルを広く募集したい。
PIDでOK。

ゲノム配列データ、遺伝子配列データの贋作についての情報も、あれば大歓迎。

149 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 02:18:31
できれば、BPでなく教師なしの競合学習でお願いします。
勝ち誇って出したねたをつぶしてごめん。

150 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 02:25:15
まあまあ、>>148みたいな痛いのがいるから、この業界で
捏造がなくならないっていうことが判明しただけでも一歩
全身としようや

151 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 02:39:35
ニューラルネット=BPみたいな知識のみでバイオインフォを
語ろうとした人間が出没した摺れってここでつか?www

152 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 02:51:37
誰がニューラルネットワークを使うと言った?
学習データと言うとニューラルネットワークしか思いつかない?

153 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 03:02:55
まじめに議論する気のないやつは、どんな扱い受けても文句いうなよ。


154 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 03:15:49
>>152
とはいうが、バイオインフォマティクスの人って、基本的に、
学習理論っていうと、ニューラルネットしか思いつかない人
が多いように思うぞ。過去15年関わっているが。
ちなみに、私はニューラルネットは嫌いだから、やっていない
が。とにかく、理論もよくわからなくて、なんだかわかんない
ときには、ニューラルネットでどれくらいできるか試すと、
それが結構いけるときが多い。タンパク質の構造系でも、
いろいろなところで、ニューラルネットが登場する。さらに、
いったんは、HMMとかでやろうとしても、その先の学習に
ニューラルネットがからんだものが登場する。いずれ、SVMにも
ニューラルネットがからむだろうしね。

155 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 03:34:23
意味不明。ニューラルネットの限界が示されたから、他の
解析方法に目が向けられた経緯がある。

156 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 08:02:12
馬鹿丸出し。
「ニューラルネット」ってひとつしかないと思ってるだろwww
いまだ発展中で限界が見えてないのに「示された」だって。ププ

157 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 11:58:50
限界が示されようが、発展の可能性があろうが関係なく、
バイオインフォマティクスは新しい分野(まだ名前がつい
て10年くらい)だから、とりあえず応用できる部分は
多い。で、とりあえず、というときに、ニューラルネット
は理論的に「理解する必要がない」し、パラメータを調整
するとかについて、対象となる現象の深い理解も必要ない。
そこが安易であるが、それなりの結果が出るのがよいという
ことだ。
逆にいえば、どんな理論も、安直なニューラルネット以上
の性能を出さない場合は、しょーもないということ。

158 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 14:00:06
>ニューラルネットは理論的に「理解する必要がない」

そんなこと言うから馬鹿にされるんだろ。

159 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 14:39:33
事実、あんまり理解されていない。
BPが基本だが、とにかくBPの専門家からしたらとんでもない
数のニューロンとか、中間層とかつくっている。まあ過学習
だろうがなんでもいいから、やったれーみたいなところがある。
BPの伝搬のところも本来、結構面倒な理論だけど、そこを
理解せずとも、式みれば、実装可能。で、やってみると、
そこそこの結果がでる。そんで、10年前だと、新しい応用
考えれば、そこそこの論文誌に論文が出たんだよね、これが。
基本的には、生物屋全般の数学のレベルの低さが根底にある
とは思うけどさ。ま、それでもお手軽なのが、ニューラルネット。
まあ、いまじゃあさすがにこんなので論文にはなるまい。

160 :& ◆bLN4A.qAHM :05/01/04 14:41:04
あるタンパク質があります。このタンパク質とAssociation
すると知られている別のタンパク質をデーターベースから
調べたい場合には何を使っている?

161 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 16:34:30
>>160
Associationって Interaction と同義として質問しているの?


162 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 16:48:31
それがわからないから、答えようがなかった。
PDBでも、結構わかるときあるけどね。

163 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 21:29:08
interactionの場合にはgeneticalなinteractionやgenomicな
interactionも含まれるでしょ
association = "physical" interactionのことだよね?

164 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 21:34:27
>>154
それはインチキバイオインフォ屋ばかり見てきたからなのでは?
『統計科学のフロンティア9 生物配列の統計 核酸・タンパクから情報を読む 統計科学のフロンティア 9

http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4000068490/qid=1104841839/sr=1-1/ref=sr_1_10_1/249-4399447-9197130
あたりの研究者とあったことないのかいな?ここでバイオインフォ屋と言っているのは
単なるBLASTをかけている人間をバイオインフォ屋と同じに見えるぞ。
SVMを使うにしろ何にしろ、その原理をちゃんと理解していてこそバイオインフォの
研究者だろう。

165 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 21:37:56
バイオインフォの研究者には
1.原理を研究する人
2.アプリを実装する人、プログラマ
3.DBを作る人・メンテする人
4.ただのヘビーユーザ
がそれぞれのレベルで相当数入り混じってるから。
オリジナリティがない猿まね原理研究者よりも、応用センスの
すぐれたヘビーユーザのほうが(一時的にせよ)もてはやされることも
あるわけだし。

166 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 23:06:19
>>164
SVMをやるにしても統計、数学のバックグランドがないまま
他の論文を引用して何とかの一つ覚えのように使っている
グループとか多いよ。
胡散臭いバイオインフォ屋は壁にぶち当たっているのかも。

167 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 23:07:45

http://kentriri.value-net.net/29/dsi/ 最近、この子に萌え。


     まじヤバイ・・

                リリカぁ、俺とも頼む・・・



168 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 23:09:23
>>165
入り混じっているといっても、どれかに大きく偏っている場合が多い。
文献検索とかDB構築管理だけでもバイオインフォの研究とか言っているくらいだから。

169 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 23:39:23
>>166
そうだね。>>164の本は、持っているけれど、まだちゃんと読んでいない。
ま、著者から贈られたものなのだが、内容はすごく濃いので、これを
真剣に理解するとなると、大変だ。SVMは、概論しか理解できてないし、
当面私の仕事には無関係だからやっていないけれど、でもさ、簡単な
統計の話だって、実は深いのだよね。確率一つとっても、その伝搬とか
いろいろ考えると、そう簡単じゃないことばっかり。そういうのを
どれくらい理解しているのか、ってことで、自分の研究分野の関連
論文をよむと、ほとんどが最初の人の論文を引っ張ってそのまま利用。
でも、最初の人の論文がどこまで正しいか、検証すると、案外
結構やばいことも多い。結局本質つついていないことも多いしね。

で、バイオインフォのかなりの部分は、実はWEBページを作ることだ
ったりした時期があったが、最近はどうなのかな。
>>168
DB構築っていってもね、内容わかっていないとDBが簡単には
構築できないのだよね。PDBの整理と、利用のための独自DBを
作ることを、過去3回か4回やってきたけれど、なかなか深いのよ。
PDBをマトモに読めるようにするだけで、かなりのプログラミング
が必要。まあ、PDBは例外かもしれないけれどさ。
うーんと、まあ、本当は、バイオインフォって、根本的なところで、
すごい難しいことがたくさんあるように思うよ。
なんか、めいってきたぞ。

170 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/04 23:42:50
いちばん難しいのは、行程管理。
これができる人間が不足してる。


171 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/05 00:27:31
>>164-166,168-170
だから何だよ。

172 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/05 00:47:38
>>169
書籍的には
「バイオインフォマティクス」Richard Durbin, Sean R. Eddy, Anders Krogh, Greame Mitchison著(阿久津達也、浅井潔、矢田哲士 邦訳)
もイイかもね。>>165の例えは正しくなくて、ほとんど1.だけの人など
いない(日本人では思い浮かばない)。ちょい1.っぽいものの上にある2.でありたいかな。
3.も意外に難しい。オリジナルのDBを持っているからこそ出来る研究もあり、馬鹿にするものではないな。

173 :& ◆.2wPyF267Q :05/01/05 01:04:03
>>161-163 説明不足ですた。物理的に結合しているタンパク質って
いうことでおながいします。

174 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/05 01:26:09
この分野で博士持ってる人って就職できるの?


175 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/05 02:06:20
>>172
っていうか、タンパク質構造なんかだと、結局、つい最近までは、
DBから作って、いろいろ解析技術も開発し、さらにその結果で
DBの見直しをし、なんていうことを繰り返しつつ、やっていか
ないといけない。で、実際に、他の研究者が作ったツールでやれば
どうしても、オリジナルの研究をするのには、限界がでてしまう
ので、結局、かなり自分で作り込む必要が出てくる。
自分は、1でありたいと思っているし、かなりやっているつもりだが、
それだと、世界標準のパワーをもつ理論も原理もなかなかつかめない
ってことで、必死。もちろん、2,3もやっているか大変よ。

176 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/05 03:22:33
実際に分子をいじってて、必要がでてきあたからバイオインフォ
やりたいってなったときに、日本では本人が直接その仕事にタッチ
する道がない。バイオインフォはバイオインフォ屋がやるものと
決めすぎで、使えないプログラマーや口だけSEをすぐに押し付けら
れる。これではオリジナリティのある仕事がでないのは当たり前。


177 :161:05/01/05 05:14:56
>>173

PDBで調べるしかないんじゃない?
複合体の状態で取られた電顕データから3次元上の距離を求めるとか。


178 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/05 08:50:53
>>176
そんなこともないと思うよ。他分野にタッチするのは別にバイオインフォに
かかわらずそうだとは思うけれど、乗り越えられないものではないと思う。
ただ、他の研究者の知見にただ乗りしようというのは、例えば計算機だから
簡単でしょ?みたいなタッチの仕方なら出来合いのプログラマーやSEを
押し付けられても仕方ないかも。そうでないなら、うまくやっていけると
思うのだけど?

179 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/05 09:00:49
ところで文献検索はどういう立場になるの?
これを事業化することも可能なのか?
十把一絡げと思うのだが。

180 :173:05/01/05 09:05:27
まじで?
普通に PDBでSearch and Archiveを入れて、
出てきたPDBの結果でComplexのものを見つけて、
(UnitA、B、、、となっているもの)
分子量もわかるのですか?

181 :173:05/01/05 09:10:46
それと、私のプロテインの場合、
PDBでは2件しか見つかりません。構造解析で取られているもの2件。
一方で、論文には数種類のプロテインと結合することが
明らかになっているんだけど、それらはX線なんかでとかれていないので
PDBでは出てこないYo!
別のデータベースがあるに違いないと思っています。

182 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/05 09:53:27
>>179
研究ではなくて研究支援の程度だろ。
バイオに飛びつけば何か美味しい事があると思っている浅はかな情報屋がやっていることだろ。

183 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/05 15:33:08
確かに、バイオインフォはバイオインフォ屋がやるものと決めてかかっている人がいるようだな。
実例をわざわざありがとう。

184 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/05 17:30:07
>>179
よく競争が激しい分野とかいわれているけど、
違った見方をすれば誰でも参入できるということかもな。
結局自分達の使い勝手がいいものを提供したら終わり。
それ以上のものに期待ができない。
新しい分析、解析法を導くならいいが、引用でデータの
入れ換えの程度のデータマイニングで事業化は無理だろ。

185 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/05 21:45:46
一つには、バイオインフォマティクスをやるには、情報科学の
分野の一通りを知っている必要があると思う。生物物理系の人で
物理の基本とか基礎数学について一応のトレーニングをした人
は別にして、純粋生物学の実験などを中心にやってきた人の場合、
なかなかバイオインフォマティクスに手をだすときのハードルは
高いと思う。また、情報科学屋として言わせてもらえば、情報科学
の分野で、一仕事した人の多くは、自身でプログラミングもこな
せる。それができないと、オリジナルな解析法などはできないだ
ろう。で、これまた生物屋さんという人たちにとっては、若ければ
別だが、ちょっと年くった場合は不可能に近い。プログラミングは
若くないとなかなかモノに成らない。30歳くらいまでにそうとう
なことができないと、その後のオリジナル研究なんて難しいだろう。
では、情報科学屋ならできるかというと、こういう人たちが生物の
基本的なところを理解するにはやっぱり時間がかかる。すぐになにか
理論を適用すれば、研究成果がでそうにみえて、実際には細かいこと
を考慮しないとてんではずれた研究しかできない事が多い。
#私の若いときの反省でもある。
結局、一番よいのは、両者(情報屋と生物屋)が協力してやること
だと思うけれど、その場合も、両者の忍耐力が必要だ。互いに相手の
いうことが、まず、言語からして違うので難しい。
両者の間にうまく立って仕事ができるのは、計算化学などの経験が
ある、生物物理屋だと思う。それと、情報科学の中でも記号処理的
なことしかしらない場合は、構造生物学にはむかない。本当は、画像
処理の研究者などをいれるとよいが、彼らはいまひっぱりだこで、
忙しいのでバイオにはこない。

186 :174:05/01/05 23:50:59
煽りと思われちゃったかな。
マジな質問なんだけど。
ここにいるのってみんな学生?
将来とか不安ない?働いてる人景気どお?


187 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/06 01:18:17
バイオインフォマティクスに限らず、バイオ系全体が、
なかなか儲かる構造にならないってのが実状だからね。
いろいろなベンチャーもあるけれど、本気で儲かるとこ
ろってどれくらいだろう、みたいな話があるし。
学生とかそういう人にいうとすれば、ふつうの生物学科
の学生のできるやつくらい生物学を勉強し、かつ、
ふつうの情報学科の学生のできるやつくらい情報科学
を勉強し、かつ、実験法の基本をしっかり学び、そして
プログラミングもしっかりこなし、まあ、ふつうの学生の
4倍くらい努力すれば、結構ものになるんじゃないかと
思うがね。そうじゃないなら、情報のプロパーか、生物
のプロパーのほうが、職もあるし、専門家としてやって
いける可能性も高いと思うけど。

188 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/06 01:32:42
なんでバイオが儲からないのか?
答えは簡単さ。
医薬品しかアウトプットを重いつかないからさ。
医薬品がアウトプットってことは、
その収入源はめぐりめぐって健保さ。
これは総額頭打ち、これからは毎年数%減さ。
少子高齢化で、保険料収入はがた落ちさ。

医薬品以外のバイオで成功すれば、それはいけるかもしれない。
中国に進出してGMO穀物で大儲けっていうのが
一番確率が高いんじゃないかな?

189 :173:05/01/06 01:59:22
ここの住人氏ね。
偉そうな御託並べてるやつやいい加減なこと言うやつがいたけど
自分で見つけたよ、自力でな。
結局頭でっかちなことばかり言って、実践力なんてないんじゃないか。
それがバイオインフォやるやつの本質だな。氏ね。

190 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/06 02:32:44
>>173
当たってるから反論しない(苦笑)=【バイオインフォやるやつの本質】

191 :171:05/01/06 04:10:48
ここは、つぶやきの場、評論の場、本の売り込みの場。

192 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/06 09:48:24
>>188
言いかたを変えると、市場規模が小さい、ってことな。

医薬品以外のバイオ関連市場はむちゃくちゃ小さいよ。
バイオベンチャーはどこも下方修正の赤字だらけ。

ITなみに色々な産業と融合できりゃいいんだか、
なにぶん扱うのが生き物なんで消費者側の抵抗が激しい。

正月に「バイオやってます」って言うと「神の領域に手をつけるな」と
言う親戚が最低一人はいるだろ。
この状態が続くかぎりダメね。


193 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/06 10:32:07
正月に バイオやっています って言うと神の領域に手をつけるな
という親戚は一人もいません。面白い人のためになるようなことやっているんだね。
と言われるよ。

正月に 2chやっています と192が正直に親戚にいったのかどうか、
関心はその一点のみだ。

194 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/06 21:32:41
ワラタw.
この時期に妙に具体的な例えが出るのも怪しい.
というわけで >>192 詳細報告ヨロ.

195 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/06 21:47:29
なんでバイオで食えないのか?
答えは簡単さ。
公務員しかバイオで仕事はないからさ。
公務員ってことは、
その収入源はめぐりめぐって税金&年金&郵貯さ。
これは総額頭打ち、これからは毎年十数%減さ。
少子高齢化&もろもろで、保険料収入はがた落ちさ。


196 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/06 22:14:41
は?健保のどこが頭打ちだって?
馬鹿も休み休み言え。
頭打ちになってくれればそんないいことは
ないが、実際は爆発的に伸びていて
今後も伸びることが間違いないから
政府もこまっとるんじゃないか。
ちなみに、GDP当たりの医療費は現在
欧米に比べて日本は圧倒的に低いが、
そのうち先進国並みになると試算されている。


197 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/06 23:13:28
もともとバイオ業界なんて存在しなかったんだから
成長率は無限大だわな。
医薬品業界の急拡大はすさまじいから
バイオもそのおこぼれをもらってるんだよ。
ちょうどいま、高齢化で伸びている医薬ビジネスを
テレビ東京でやってるからミロ。


198 :174:05/01/06 23:20:07
うーん、意見がわれるなー。
ソースは忘れたけど、アメリカではバイオテロ対策とかで
景気がいいって書いてあったような…
あと、日本?だったかな、市場規模が350億とか…
多いのか少ないのかよくわからん。ITってどれくらいなんだろ。


199 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/06 23:38:59
市場規模350億は産業としてはめちゃめちゃ小さい。

しかし、つい15年まえにはゼロだったのだから
それと比べると大きいよねってこと。
ここ数年、バイオの創業者で文字どおりの
億万長者がわんさか出ている。
直接知ってる人だけで
IPOで数億ー10億稼いだ人が数人いるよ。
本当に稼ぐのは、市場がまだないか小さいときに
めをつける人だよ。成長してしまったらうまみはないよ。




200 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/06 23:43:06
若い人たちはしらないかもしれないが、
ちょうど15年前、ITバブル直前の、
IT業界が同じような感じだった。
そのころはソフトバンクとかライブドアとか
まだないか、新興の怪しい会社だった。
いまでは東証一部TOPIX銘柄だもんなあ。

201 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 00:19:57
ITは、即効性があって、作ったものは、ヒットすれば
すぐに売れるとか、そういうのがあるし、いろいろな
アイデアの出るところでもある。
ところが、医療は、命が関わるだけに、認可の問題も
ふくめて、かなり長期的なものが多い。
いまのところ、創薬への応用が中心的になっている、
バイオ系産業というのは、いくら、バイオインフォマティクス
などの応用で、開発が早くなっても、投資回収までには、
時間がかかるっていうのがある。もちろん、これは、GM作物
などもそうだ。人の口に入る(まあ、動物の飼料なら間接的だ
けど)ものだからなぁ。かといって、バイオのほかの産業
利用というのも、なかなか難しい。
だから、ベンチャーのような形で、創業から数年ですぐに、
市場開拓からなにから、っていう形にはどうしてもならない
わけだ。

202 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 00:27:27
>201
産業について何もわかってないなあ。

ソフトバンクが何か即効性のあるものを
作ったと思ってるのか?
ライブドアがすぐに売れる何かを
作ったと思ってるのか?
オンコセラピーサイエンスが以下ry


203 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 02:23:28
即効性のあるものができて、それが普及したところで、
上にのっかる技術なし軍団みたいなのがいてもいいじゃない。
それが、ソフトバンクとか、楽天とか、ライブドアだろ。
バイオ系は、まず、そこのベースすら、普及にすごい時間が
かかっているってことだ。

204 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 02:43:04
ノイマンやらが活躍してコンピュータの基本原理が確立してから
ITがバブルになるまでの時間、50年。いまでは一大産業に。
ITがすぐに産業になったと思ってたら大間違い。

ワトソンらが活躍して遺伝子の基本原理が確立してから
いまでちょうど50年くらい。結構たった。
時まさにバイオバブル。さて産業に根付くかな。

205 :被害者を出さないために。。。:05/01/07 02:48:51
なんでバイオで食えないのか?
答えは簡単さ。
公務員しかバイオで仕事はないからさ。
公務員ってことは、
その収入源はめぐりめぐって税金&年金&郵貯さ。
これは総額頭打ち、これからは毎年十数%減さ。
少子高齢化&もろもろで、保険料収入はがた落ちさ。

206 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 02:54:30
税金が毎年10数%減ったら、5年で三分の一、
すげーうれしいんですけど、そんなことはありません。
逆です。間違いなく増税が待っています。

少子高齢化で医療費が減ったら
すげーうれしいんですけど、そんなことはありません。
逆です。間違いなく医療費は伸びます。
子供よりも老人の方が医療費がかかるのです。

あんた、こんな社会の基本がわかってないようじゃ
バイオだろうがなんだろうが、食えませんよ。

207 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 03:01:37
>>201
あなたの内容が現在のバイオベンチャーの姿を一番的確に表現してますね。
IT企業はアパート一部屋からあまり資本金を必要とせずにはじめられるわけ。
それでヒットすれば大もうけだな。

でもバイオベンチャーってのは膨大な資本金が必要。
数10億円とかザラだよ。
IPO時もめちゃくちゃ高い価格でふっかけてくる。

にもかかわらず、当分商売になる製品が出てこない。
一発あたれば資本金くらい返せるんだろうが、実際のところ、
日本のバイオベンチャーで一発当てて資本金以上の利益を出したところは皆無だよ。

日本のバイオベンチャーは、ぜーんぶ、資金を食いつぶしてるだけ、って言うのが現状。
資本金がなくなるか、それまでに何とか一発当てられるか、っていう時間の競争が続いてる。
でも、あまりにも投資家の期待を裏切ってきたので、株式市場はバイオベンチャーに対して覚めた目でみ始めてるよ。

>>199が言ってるような億万長者の話も、資本金食いつぶして会社が倒産したら一文無しだから。
バイオベンチャーはITベンチャーと違って資本金が大きい分、たてりゃ良いってもんじゃないんだよな。
きちんと継続的に利益が出せるビジネスモデルを持ってるかどうか、が重要なんだよ。


208 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 03:06:39
201だけど、だいたい、現状で、米国のバイオベンチャーは、
20年たっても、回収できていないのが現状。ベンチャー
キャピタルにとって、最も気長にやらないといけないところ
だっていうのは、ちょっと調査すればすぐわかる。
で、実際に、米国のバイオベンチャーとかって、働いている
人の収入もとんでもなく水準が低い。日本の大企業の水準
って、売り上げを社員数で割ると1億円とか、あるいは、
少なくとも2千万円以上くらいにはならないと回らないのだが、
アメリカのバイオベンチャーなどは、1千万円(10万ドルとか)。
ってことは、働いている人のほとんどが、年収が5万ドル以下
くらいだ。たぶん、学位もっている連中もその中には含まれる
だろうが。これは、IT系のベンチャーの同様の人たちとくらべる
とたぶん、トンデモなく安い。

209 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 03:09:05
>>204
半導体サイクルとかわかっている?
まじで、10年で、プロセス加工が1/10になるのよね。
いま、50nm とかそんくらいまできている。1995 年ごろ
は、500nmよりちょっとよいくらいだったのに。
そのスピードと、バイオ系での進歩の速度はえらい違いだよ。

210 :207:05/01/07 03:28:12
俺が思うに、今年は
「大学教授が研究費欲しさに立ち上げて、投資家たちから金をだましとっていた、なんちゃってバイオベンチャーが次々と潰れる年」
のような気がしてるんですが。

要は、キャピタルが見限って資金を引っ込めたら潰れる会社ばっかりなわけよ。
そろそろ化けの皮がはげてきてボロがでて、資金引っ込められるぞ。

ちなみに来月ヘラクレスに上場予定のこのアメリカのベンチャー企業は
資金がそこをつきだして、とうとう日本にまで金集めにきた。
http://www.medicinova.com/jp/index.html

公開株数3000万枚って、日本人をなめてるとしか思えんよ。


211 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 04:09:28
 バイオ部門に配置され、その後すぐにその部門がなくなった知り合い
が、会社上層部が見切り発車で、評価もそこそこにすぐに打ち切るから
たちが悪いとぼやいていました。薬会社がドラッグデザインするのと
違って、ソフトウェアを販売するってのは需給に関する
マーケティングをちゃんとしないとだめなわけですね。
 有用そうな配列を決定するだけで特許で一儲けなんてのを
考えているような人もいたんだろうけど、仮に特許になったとしても
機能がわからんと誰が使うのよと言う話だし、結局 
ソフトウェア作るなら、分析機器と一体化して売るとか
ハードが大事になる。データベース管理やらそういうのは当然
儲からんわけだから、公の仕事ですね。
金儲けするなら、最終目的をハード(薬とか品種)に絞ったほうが
断然賢いでしょう。もっとも、それらは大企業が当然シフトしている路線
ですから戦うのも容易ではないでしょう。
 そうなるとバイオインフォベンチャーに残された道は、結局大企業の下請け
ですかね。それも、ややこしいソフトウェア開発なんてのはやめて、
既存のデータベースとソフトウェアのヘビーユージングぐらいが
いいところでしょうね。そうすれば、さらに人件費を落とせますね。
バイオがあってのインフォマティクですから、
インフォマティクを中心にやるなら文系企業相手にしてたほうがよっぽど
儲かるんじゃないのかな。

212 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 10:21:29
>207
本当にいちもんなしになるとオモットルとしたら
ちみはなんもわかっとらんなあ。


213 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 11:59:50
文献検索はビジネスになるのか?

214 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 12:30:39
すでに各所で売られてるよ。残念でした!

うちは年間2000万払ってる。
高いけど、パブメドよりはるかに
使いやすくておれは好きだな。



215 : :05/01/07 12:59:15
>>213
すでに大きな規模でやっているところがある。
それを知らないっていうことはよっぽど小さな会社にいるのだろうか。
大学にだったらあるし。

216 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 13:16:05
>>215
大学内部で文献検索をテーマに研究または研究支援
の見込みはどうよ?

217 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 14:09:41
>>216
検索のための「文献検索」の時代は終わりました.
情報抽出のための「文献検索」は非常に重要です.
例えば,ある文献に書かれているタンパク質構造と活性の関係を
自動的に判読してデータベース化することは,研究テーマだけではなく
ビジネスとしても非常に楽しいテーマだと思います.
反論はあるか?


218 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 14:34:16
>>217
どこがやっているの?
楽しいということは、学内ベンチャーとしても
動きがあるということか?

219 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 17:25:29
>209
ゲノムの解読速度とか、結晶の解けた数とか、
ムーアの法則同様に対数グラフに載るって
知らんのか?
自分のやってることだけ特別だと思いたい
気持ちはわかるが、技術革新の形式は
それほどかわるもんでもない。

220 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 17:30:03
>>218
自分で調べてください.カネ関係は慎重に.


221 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 18:39:44
>>217 は宣伝か?w
ちょっと回し者臭いが

222 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/07 20:15:59
たとえば、一つの文献に、二つのタンパク質の名前がある
場合は、その二つのタンパク質は「なんらかの関係がある」
と推定できる。これだけで、かなりおもしろい情報が抽出
できる。もちろん、文章理解などができるなら、さらによいが
これは、まだまだ難しい分野だからな。

223 :223:05/01/08 01:09:34
俺が使っているDBでは論文情報に基づいて、個別のタンパク質の
情報が書かれているんだけど、これって手作業なの?

224 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/08 02:01:48
>>219
あのね、コンピュータのムーアの法則なんていうのは、
実際の商品の部分の性能向上そのものなわけ。直接
商品の性能や価格、製造コストに関わる部分でたとえば、
10年で1000倍とかになるわけ。
バイオ系は、とくにバイオインフォマティクスなんてものは、
研究の効率化には使えるが、実際は、ウェットやらないと
いけないわけで、化学反応の速度は、10年たっても1000倍
なんてなるわけないの。だから、動物実験でも臨床実験でも、
時代が変わっても、多少の効率化ぐらいしかできない。それは、
10年で1000倍になるものではあり得ない。
バイオインフォマティクスがやれることは、ただ、本来なら、
100万回の実験をしないと突き止められないことを、100回
の実験でよいようにするとか、そういう意味での効率化でしか
ないのだよ。最終的なアウトプットの部分での高性能化は
できないの。だから、バイオ系では、いくら学問が進んだところ
で最後のほうで、とくに創薬の場合は、臨床試験などの部分や
実際の薬の製造の部分で、徹底的な高速化もできないから、
その進展が望めないのだよ。

225 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/08 04:57:59
マイニングは確率論を飛び越えるからなあ。
一発大当たりというのもありうるかもしれん。
かつて、遺伝子、免疫、電顕あたりのテクの組み合わせで
ノーベル賞級の研究が多かったが、そのうちバイオインフォが
必須になるような気はする。ただ、採掘したいものがよっぽど
面白い場合に限るけど。



226 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/08 07:58:33
この分野をやるには東大京大ではどこがいいの?

227 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/08 08:03:15
また自慰(示威)行為か?

228 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/08 12:25:31
東大は医科研かな。
京大も繋がりがある(あった?)。
しかし何らかの交流はあるだろう。
GIW2004も上記と関連するところが
殆ど発表していたと思う。
それ以外は零細なところもあるが、
業績内容は???である。
もしかするとビジネス絡みだと東大
以外の方がいいかも。

229 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/08 19:00:41
>>228
東大でこの分野の教授をNさんとするならば、それは京都のK久さんの
助手だった。ちなみにNさんの研究室の助教授は新任のKさんでこれは
Gさんの学生だった。が、彼らの所属はもはや医科研ではなく新領域なのだ。
かつて生物物理学会でG vs Kの結果できたGIWの経緯などを思い出すと
GとKの10年余の曲折を経た融合は感慨深いものである。

230 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/08 20:38:48
うん。結構意外な人事だったね

231 :電車漢:05/01/09 01:07:21
バイオインフォの昔話

語っている方々ならご存じだと思いますが(年寄りの昔話ウザイ)

nrとntは何の略ですか?

yahooで検索しても出てきません。マジレス希望。

232 :語ってないやつ:05/01/09 01:30:37
nr: non-redundant protein sequence database
nt: Not non-redundant nucleotide sequence database

nrは、GenPept, Swissprot, PIR, PDF, PDB, NCBI RefSeqの
データを使って、配列が完全に一致するものを1つの配列エントリーとして
登録したもの。

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/blastdb.txt

に説明あり。

233 :電車漢:05/01/09 01:59:51
昔話を語って何が楽しい? バイオインフォヲタのおっf会でやれ

各論の話をキボンヌ

>>232

スマソ

勉強になりマスタ

「漢」の称号をあげまう

234 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/09 10:24:07
昔話が昔話だけなら幸せなんだけどね(笑
ここ数年のバイオインフォ関係の予算と人事に影響を与え続けてるからね。
なんだかんだ言って、人事では流派が効いている
>>231の内容をyahooで聞くっていうのは馬鹿か?自分でNCBIの
web siteを調べないさいよ学部生。>>232は優しいね。

235 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/09 12:03:52
漏れは昔話がうざいとは思わないけど、政治っぽい話をしたがる奴はうざいね。どんな分野にでもいるけどね。
大物の噂話をすることで、自分が大物になったような気がする奴。
あるいは、予算とか人事とかの話をすればその分野に通じているように見えると思ってる奴。

236 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/09 12:56:09
仲間に入れて欲しいか?

237 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/09 14:51:10
業界ゴロの仲間には入りたくないなあ。

238 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/09 16:53:32
ごもっとも

239 :232:05/01/09 17:30:31
>>234
ここは、「バイオインフォマティクスを教えて下さい」だからね。

240 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/09 19:51:20
バイオインフォで伸びそうな企業、ベンチャーは?

大きな利益は得られそう?


241 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/09 21:39:51
トランスジェニック、そーせい、タカラバイオ、プレシジョンシステムサイエンスがおすすめかな。
トランスジェニックは\230で全力買いしたら、今は\140だってよ。さっすが、バイオベンチャー。
そーせいは、新規上場直後に社長が売り浴びせて急落したって掲示板が騒がしかったな
タカラバイオ、ようしらんが宝酒造はホクホク。昨年末までずっとイタイ相場だったのになんとか持ったな
PSSは機械作っているだけの会社でとてもバイオ系とはいえんな。そろそろ退場してもらおうか。
いずれにしろ、IPOで資金調達したらベンチャーキャピタル共の利確の応酬で、個人はババ引くだけ。
引き時は早くだな。
何がいいたいというと、バイオインフォでも、バイオでも、糞でも、公募で当てて
初値で売り逃げろってんだ。
今年は、資金は全額トランスジェニックに持ってかれてるから、
貴様、俺様の分まで稼げ。分かったな。

242 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/09 21:43:39
>>236
まあ、よかったら仲間に入れてやる
ttp://messages.yahoo.co.jp/bbs?.mm=FN&action=m&board=1007707&tid=7707&sid=1007707&mid=7544

243 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/12 00:08:47
なんかベンチャーとか話が大きすぎてピンとこないな。
もうちょっと身近な話が聞きたい。
たとえば会社の研究部門の人数が減少しているとか、
博士号とったけど仕事が見つからないとか。
いや、そんなことは無い、という明るい話もあればいいけど。


244 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/12 18:13:36
>>217
関係者様、ご苦労様です。
ビジネスを前提に産学連携で採用された方なら、
きちんとそれで結果を出して下さいね。
自己満足な研究レベルじゃ駄目ですよw

245 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/12 18:17:08
ビジネスインキュベーションで採用されながら、単なる研究で
終わっている所は再考する必要があるな。
うだつがあがらない情報屋さんが人集めして一攫千金を狙って
いるようなアホレベルなグループは避けよ。

246 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/13 00:27:13
ビジネスインキュベーションで採用されながら、単なる研究(補助)で
終わっているところは逝ってよし。
思い上がった分子生物学屋さんが人集めしてなあなあで済まして
いるようなアホグループは氏んでよし

247 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/13 00:34:04
当方、駅弁生物系学科修士了。c/s,DBプログラマ暦5年。
インフォマティクス転職できますか?
求人全然ありませんな。

248 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/13 00:46:52

同じようなこと考えてる、同類項は全国に80万人くらいいます。
で、国研では何もキャリアのないボクチャンをその手の職に採用してます。


249 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/13 00:51:22
国研にいくには、適当なルートが必要だから、ルート
確保が最初だろうな。

250 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/13 01:09:17
理研以外はかわりつつあるけどね。

251 : :05/01/13 21:04:19
>>247
安くてもいいなら、幾らでも。
>>247-249
同類項がそんなにいるなら見てみたい・・・。
だいたい、C/S, DB暦5年ならBioでもInfoでもいくらでも仕事があるような。

252 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/13 21:43:45
>>246
>ビジネスインキュベーションで採用されながら、単なる研究(補助)で
>終わっているところは逝ってよし。

文献検索もその類か?

253 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/13 23:30:39
>>251

247じゃないけど。
どんな仕事?詳細きぼんぬ


254 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/14 01:29:45
>>253
アファーマティブで入ってきたパートのおばちゃんのために
perlやらシェルスクリプトを書いてLinux上の処理を自動化
してあげる。または、何の知識も持たない野生動物の操作する
端末なかりがぶらさがってるネットワーク管理。で、論文を書いたり
名前がのるなんてことは一生ない。あ、これ理研の話ね。

255 :言魂 ◆hMoVLqdMOo :05/01/14 01:32:19
...

256 :言魂 ◆2Kf.iDbyi6 :05/01/14 01:32:57
.....

257 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/14 08:04:19
「理研」「女」などのキーワードの入っているレスがあれば、それはいつもの私怨くん登場のしるし。
しかしきみもよく飽きないね。

258 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/14 13:49:44
求人はやっぱりネットで探すのが一番ですかね。
皆さんどこの転職サイト利用してますか?

259 :251:05/01/14 22:58:08
>>253
仕事・・・、漏れが聞いた範囲とか実際にやった事を挙げてみるなら、
・pathwayのxml化、DTD作成
・配列解析結果のWeb+DB化、DB移行
・配列解析、発現解析、ネットワーク解析
位かね。今居てるところでは、論文に名前が乗らんと決まってるわけではない。
ネットワーク管理って仕事もあったが、あれは別にバイオインフォの求人じゃなかった。
狸研でも部屋によるんでないかい?
>>258
漏れなぜか、向こうから連絡してくる事が多い・・・ショボイヤシナノニ。
バンクネットはうっとおしいが、向こうから連絡暮れるのである意味楽。

260 :253:05/01/15 00:06:03
派遣はできれば避けたい…
研究職として論文書くために雇ってくれるとこってないんかな。
ITは結局雑用しかないのだろうか?


261 :259:05/01/15 10:58:02
>>260
DB移行の仕事は派遣じゃあないよ。STS。Bioに関係するSIerってとこか。
メディビックあたりは些細な仕事から大掛かりな仕事まであるって話だし。
あなたにとって大きいのは修士?それともプログラマ?
まあInfo転職って書いてるからそっち系なんだろうけど、論文になるような
アルゴリズム作れるならCBRCなりSys-Bio-NPOなりセレスターなり
行ってみりゃあいいし、
そこまで行かないにしてもSIerとしての仕事はある。
##なんせ、SIerがクリスタルグループに外注する位だ。
林崎研の内状は知っているが、あそこなんかだと「頼まれてやる事」には
雑用が多いんだが、突っ込んでいくネタは多分ごろごろ転がってから、Info系
としてもSIerより面白いんじゃないかと思うぞ。
研究職っていうなら言われた事だけやってる様じゃあダメだろうし、修士
持ってるなら、ただのプログラマより絶対面白く損な事はないと思うんだが。

262 :253:05/01/15 12:51:31
スコアマトリックス
スコア行列
置換テーブル
置換行列
の違いについて教えてください
アラインメントとアライメントの違いも謎です。

263 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/15 13:11:44
H崎研の内状は知っている?
それで薦めるの??

264 :247:05/01/15 14:47:20
>261
260じゃないですが、詳しい話をありがとうございます。


265 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/15 15:25:26
>>262
そういうのの導入当時からバイオインフォマティクスやっている
けどさ。こういう思想的な問題、主義主張の問題は政治的なもの
もあるので、むやみに疑問を口にするものではないよ。
だれもが、ふかーい理由をもって、それぞれの言葉を使っているのだ。
これが、人間社会というものだ。

266 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/15 15:27:53
これが朝日新聞の報道

日経新聞 
>在日韓国人が両替した現金のうち、420枚の1万円札が偽札
 http://www.nikkei.co.jp/news/main/20050114STXKF061214012005.html
読売新聞
>カジノで在日韓国人の男性が1540万円を両替しようと
 http://www.yomiuri.co.jp/world/news/20050114it12.htm
毎日新聞
>偽1万円札420枚を使おうとした不動産業の在日韓国人の男
 http://www.mainichi-msn.co.jp/shakai/jiken/news/20050115k0000m040064000c.html
産経新聞
>カジノで在日韓国人が両替した
 http://www.sankei.co.jp/news/050114/kok071.htm

朝日新聞
>偽札はすべて、日本から来た男性観光客1人が
 http://www.asahi.com/national/update/0114/027.html

NHK慰安婦番組 強制連行、事実扱い 「結論ありき」の模擬裁判
http://www.sankei.co.jp/news/morning/15iti001.htm
NHK「朝日の報道 事実歪曲」謝罪と訂正要求
http://www.sankei.co.jp/news/morning/15iti002.htm
NHK慰安婦番組 推測と伝聞「政治介入」
http://www.sankei.co.jp/news/morning/15pol001.htm
反日一色 賛同者だけ傍聴許可
http://www.sankei.co.jp/news/morning/15pol002.htm
裁判の形なさぬ“お笑い番組” 秦郁彦氏(現代史家)
http://www.sankei.co.jp/news/morning/15pol003.htm

今朝の産経はがんばってるな


267 :261:05/01/15 20:25:21
>>263
確かに薦めた様に見えるな・・・書き方が悪かったか。>>247氏に生物の
バックグラウンドがあるから、wetラボのInfoな仕事を
−自分のとこじゃ難だし−書いてみたのさ。

268 :253:05/01/15 20:47:16
>>265
産イ木
腹一杯納得シマスタ


269 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/15 21:37:14
東京女

都市部にカス女は集中してる
これには理由があって、都市には働き盛りの若い男が集まってくるよな学生とか
当然、都市部には男ばっかりになる。
都市は慢性的な女不足なんだ
そこに住んでる男は女がいなくて大変。女はウハウハ
そういうところですごした女はタカビー女・カス女となる
でも、男で東京に住んでるからって悲観することはない
東京に住んでるってことは毎日ゲス女に鍛えられてるってことだからだ
俺自身生涯で一番もてたのは東京を離れてすぐの頃だった
東京ゲス女に鍛えられてたからな。 地方の女は女神に見えた
だから東京カス女に関わるなと、ちょっと地方に行けばいくらでもいい女はいる
東京で鍛えられてる男なら、モテモテだよと
「都会風吹かせて気取らないこと」
それさえ、気をつければ女なんていくらでも寄ってくる

この考えに賛同する人はこのスレを色んなとこに貼り付けてくれ
そんで、これ以上女日照りの東京に無謀な男が行くことを防ごうじゃないか!!
もしかしたら、コレを見て上京してくる女の子が増えるかもしれないぞ
協力頼むぜ!


270 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/17 02:38:24
確かにいえとるはな

271 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/18 02:06:01
blastはメモリ搭載量でかなり速度が変わりますが、
AMD64 VS Intel EM64T だとどんな感じでしょう?
どちらもSingleCPUだと手に届く値段で買えるようになってきてますしね。
速度比較した事のある香具師いましたら、いろいろ御教授願います。

272 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/18 23:40:20
毎年恒例のプログラミングコンテストまだー?

273 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/19 23:31:39
CUSPの話は大分前に終わったような。。。

274 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/21 03:46:42
What is CUSP? I think he means BIP.

275 :OH板前?:05/01/22 01:08:52
CUSPの話はOH板前に終わったような。。。

276 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/23 20:43:43
http://contest.hgc.jp/

277 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/25 22:47:35
s/CUSP/CASP/g

278 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/25 22:50:22
>>272
おまち。
http://contest.hgc.jp/2005/index.html

279 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/25 23:10:09
ttp://www.jsbi.org/society/pharma_info.html

280 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/25 23:24:57
>>279
リマインダーさんくすこ

281 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/26 00:08:26
今回のCUSPはむづいな
http://www.muvluv.com/Muvluv/characters.htm
おまいらどうする?

282 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/26 23:36:34
最近放置が多いなあ・・・
誰も書かんので。
>>281
漏れはアルゴリズムごりごり実装する人ではないので・・・。


283 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/27 01:15:53
ばいおいんふぉまの最先端逝っている人、研究室ってどこ?進路考えてんだが。
個人的にはアイちゃんが気になる。名前的にラヴラヴ。ハァハァハァ。

284 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/27 02:36:18
CASP参加の講師陣によるセミナーは、盛況のうちに終了いたしました。
ご報告遅れました。
いずれ、講師陣によるセミナーでの資料も部分的には公開されますので、
ごらんください。次のCASP7は、また、安代間だろうけれど、その次
くらいは、日本に呼びたいね!みたいな話もあったりして。

285 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/27 23:26:22
>>284
GIWの時のやつみたいにがんがん公開してくれる事、キボンヌ。
// クレクレ廚?>漏

286 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/28 00:40:06
>>284
確かに、しかしそれではおもしろくないのでは?
http://www.muvluv.com/Muvluv/characters.htm
これならいいと思われる。

287 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/28 22:18:02
NMR後 ソフトウェアでどこまで分かるの?
素人でも立体構造つくれますか?

288 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/29 10:02:52
>>287
ムリ

そんなに簡単なら、ギュンターいらんでしょ?

289 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/29 16:18:45
BIPの問題見たけどむずっ!でもがんばってみようかな。
これってプログラミング言語って何か規則あるの?
Cだけとか?Javaダメ?

290 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/29 18:01:49
>>289
質問のメールを送ってみたら?去年は問題の注意書きが大量に更新されてたので、たぶん答えてくれると思うよ。
コンパイラが有料じゃない限りLinuxで動けば対応してくれるんじゃない?

291 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/30 19:03:59
有料コンパイラでもソースとバイナリ送ればいいだけじゃない?

292 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/31 00:14:00
>>287
>>288
ていうかギュンタートさんのソフト(CYANA)
最強っす。
だからCYANAのライセンスさえあれば
素人でも立体構造作れまつよ。
でも、うちの大学院の実習は古典的にCNSでつ

293 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/31 09:09:32
FA大御所のBaker研のソフトで、
Rosetta系でNMRデータを一部つかいながら
モデリング?する方法なかったでしたか?

294 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/31 15:17:57
誘導されて参りました。
どなたかお力添えお願い致します。

ぐぐってもよく分からなくて困っております。
ゲノムライブラリーとcDNAライブラリーから得られる配列情報の大きな違い、とはなんでしょうか。
根拠も含めて教えていただきたいのです。
よろしくお願いします。

295 :294 :05/01/31 17:22:44
すみません、解決致しました。
お騒がせしてすみませんでした。

296 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/31 21:45:12
ばいおいんふぉまの最先端逝っている人、研究室ってどこ?進路考えてんだが。
個人的にはアイちゃんが気になる。名前的にラヴラヴ。ハァハァハァ。


297 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/31 21:49:06
>>296
一言いいか。

しね。

298 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/31 23:08:27
>>297
本人が降臨。ハァハァハァ。

っていうか、アフォは放置が基本だろ。

299 :名無しゲノムのクローンさん:05/01/31 23:57:36
>>293
そういえば、Ying Xu と Dong Xu だかもそんなことやっていたな。
Baker なら間違いなくやっているだろ。

300 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/01 01:08:35
Bakerすげえな

301 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/01 01:30:31
http://www.cbrc.jp/cbrc/recruit/postdoc.html

研究内容:バイオインフォマティクスに関する研究
応募資格:博士号を既に取得された方で、採用時において博士号取得後7年以内であること
生命情報科学(バイオインフォマティクス)研究の経験があり、将来当分野の研究リーダーと
なるために必要な素養を身に付けることを目的としながら、当研究センターで研究を行う方
または、生命情報科学(バイオインフォマティクス)研究の経験は問いませんが、他の分野で
優れた研究経験がある方で、分野を転向して生命情報科学の研究に従事する熱意のある方
募集人員:15名程度

302 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/01 01:51:46
チーム新設とかするのかな?

303 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/01 09:51:59
一から勉強するにはどの本がお勧めですか?


304 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/01 14:06:31
>>303
0からじゃないなら、バックグランドを書いてくれ。

305 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/01 22:16:14
>304
0からに近いです。Blastを使うくらいですかね・・・

306 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/01 23:45:29
学士でもいいですか?

307 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/02 00:01:26
★東大生が娼婦を殺人未遂

東京都新宿区の特殊飲食店(表向き飲食店の風俗店)で
東京大学教養学部理科一類2年生が売春婦の首を絞めて殺そうとして逮捕され、
サービスの悪さに怒り殺害しようとしたと自供した。

少年犯罪データベース
kangaeru.s59.xrea.com/19.htm


308 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/02 00:06:08
●東大法女子トイレで盗撮騒動
http://www.jca.apc.org/toudai-shokuren/dekigoto/001020sa.html


●東大生、今度はのぞき ハレンチ事件続発
http://www.jca.apc.org/toudai-shokuren/dekigoto/001023yf.html


●東大卒、元東大助手が女子トイレで盗撮、逮捕
http://saigospel.chu.jp/gospel1.htm


309 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/02 00:57:55
>>305
ホントにそれだけなら、webサイトだけで良いかも。

310 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/02 13:23:59
>309
今はその程度しか使用しませんが、できればプログラミングを
用いての解析を行いたいのです。独学可能な本などありますでしょうか。


311 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/02 22:36:06
>>310
解析ありきじゃあないって事は、生物系か・・・。
それでももうちょっと書いてくれた方がやりやすいな。
1冊で可能な本はないですな・・・漏れの私見だけど。以下、独断と偏見。

1a.wet系にとっての全体像の把握、って事で「できる本」、「線虫本」、「実習本」。
1b.解析を必要とするような実験等をイメージできるようにオーミックスの本とか・・・新しいので挙げてみる「ゲノムネットワーク」
2a.コマンドラインのマトモな使い方って事で「SuperText(上)」
2b.コード書く練習って事で、あえてJavaで麻奈タソ萌え萌え。
2c.Graph位は分かっててほしいので「情報工学本」
2d.ちょこっと書くのに便利なPerl「すぐわかる」、「国へようこそ」
3a.シスアド的な事とか基本情処的な事は、知らないと損する。技評がお勧め。
3b.RDBはしっかりやった方が良い。「12のレッスン」。ついでに「赤マンモス(PDF無料)」でweb+dbまで行ってしまおう。
4.あって損しないのは数学・・・統計とグラフ理論。漏れも弱いので本は数学スレででも聞いてきてくれ。
各セクションから1冊づつぐらいか。読んでない本も挙げてるので、評判は別に調べてくれ。

Mount本と言えども、これだけ全部網羅してるわけではない筈。
生物系と言う事で、「セル」「ゲノム」的な内容の学習は前提で、情報系の高度な話は省いてある。
ここまで書けば、どこから手を着けるか自分で分かるようになってるだろうと思うけど、どうよ?

長文失礼。

312 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/03 00:52:22
http://life7.2ch.net/test/read.cgi/body/1102254267/
>科学的な根拠を疑問視されている方もいらっしゃるようですが、
>ゲルマニウムは摂氏32度以上のものに触れると
>微弱な負電荷を放出しはじめるのです。
>このために体内にたまった正電荷が動きだし、
>血流やリンパの流れが良くなるのです。
>この力は、高純度なものほど高いのです。
>99.999%と99.9999%では、天と地ほども違います。
>オカルトだったら瞬時に良くなるでしょうが、
>99.9999のゲルマニウムは細胞の1つ1つから少しづつ効いていきます。

↑これって本当でしょうか?
ゲルマニウムから電子が出るのは本当だと思うのですが、それと血流がよくなることの
因果関係がよく分かりません。


313 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/03 05:10:51
>311
詳しいアドバイスありがとうございます。
現在実験屋なのですが、バイオインフォ系の大学院に進みたく、
その前に自分なりに勉強しようと思っています。
いろいろ調べてみます。本当にありがとうございました。


314 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/03 09:48:54
>>313
零細はやめとけよ

315 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/03 23:55:50
でもバイオインフォやったあとのことも考えた方がエエYO
製薬狙いなら、大規模解析系・タンパク相互作用系。
アカデミックなら、10年先を考えた分野をねらえ。
中途半端にメジャーどころ狙うと、あっという間に賞味期限切れやで

316 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 01:33:17
>10年先を考えた分野

たとえば?システムバイオロジー?とかw


317 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 08:00:26
それこそあっというまに賞味期限切れのような気がする。
非破壊生体計測じゃないかな?

318 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 15:57:56
バイオインフォをやるつもりで入った研究室・・
単なるデータ分析作業をやるところだった・・
もうダメポ

319 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 15:59:03
>>318
自分でがんばってバイオインフォにすれ

320 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 16:10:43
>>318みたいなところよくあるよ。
研究内容で大袈裟な事が書いているのだけれど、
ふたを開ければ・・・
というところ。

321 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 16:11:31
>>318
何のデータ分析してんの?

322 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 16:27:48
>>321
誘導尋問?w

323 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 17:42:07
分析作業も研究のうちだと思うが
>>318は頭が悪いので作業しかやらせてもらえないんだろう

324 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 19:39:35
>>323
バイオインフォ系のグループのボスでありながら、データの
分析をやったことがないところもあるぞ。
「先生自身はデータを使って分析したことあるんですか?」
と尋ねたら
「ないが、いま関連した統計分野を勉強し始めたところだ」
とか言っている香具師もいた。
学生や所属の研究者に指導することも出来ず、逆に助手や
ポスドクに質問しているという・・・
「バイオなら一発当たる可能性があるんだ」
と評論家の如く言われたときには興ざめだったが・・・

325 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 20:04:35
産学連携で外部から色んな人を大学に入れているケースが多いみたいだ。

採用した方にも思惑があって、研究費欲しさとか研究者の派遣とかが仕事
で殆ど研究らしいことはやっていないとか。

だから怪しい人物がいても違和感がないとかw

326 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 21:08:16
アルゴリズムにしろ統計にしろ半端者ができるほど甘い分野でもないっしょ

327 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 21:30:43
半端でも引き出しがものすごく広い人ならオーケー。

328 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 21:36:36
引き出しがものすごく広い人
そんな香具師がどこにいるんだ?(藁)
是非紹介をしてもらいたいな

329 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 21:37:54
陰でコソコソとアレコレやって、自分で満足しているような
香具師も引き出しが多いのか?

330 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 22:07:28
いやだから半端なやつじゃ務まらないってことだろ

331 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 22:40:05
前にも登場しましたが、バイオインフォマティクスという言葉が
なかった15年前から関わっているものです。ゲノム情報などと
呼ばれていた時期からです。
さて、生物学者ってのは、実験系であれ、野外観測系であれ、
あるいは、理論系であれ、基本的には、博物学者であって、ようするに
現象を記述するのが命である人たちです。
で、そこに情報系のデータベース屋とかが入り込んできて、さらに
当時冬の時代で食いっぱぐれた人工知能屋が、「おれたちの学習理論
なら、あんたがたの集めたデータをすべて説明する理論をつくって
やろう」みたいなことをいったわけじゃないけれど、逆にいえば、
当時のK久先生などもそういうことを期待して、情報屋さんにおちか
づきになったと。


332 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/04 22:40:37
331の続きだけど、
ところが、人工知能屋でも、マトモな人はそれなりの技術があったら
なにも、生物系に流れてくる必要はなかったわけだし、もちろん、
データベース屋もそうだった。ビジネスシーンもたくさんあったわけ
で、結局は食いっぱぐれ系が多かったわけね。初回、二回目のISMBだ
って、ふつうの情報屋からみても、「不良の集団」みたいなところが
あって。とくにアメリカの場合かな。
15年もやっているから、当時、バイオのバの字もしらなかった30
代くらいの若手研究者が、いまじゃあ、アメリカを代表する、とか
ドイツを代表する、みたいな大先生になっている例もよくしっている。
ってなわけで、基本的にバイオインフォマティクスってなに?って
いうと、よくわからないわけで、そのための大学院なんてできても、
教えられる人ってばほとんど居ないのだね。
本来は、生物学も、情報科学も両方しっかりしらないといけないのだ
が、この二つはかなり性質が違う。そこで、登場するのが、計算化学
とか、生物物理の人たちで、結局、こういう人たちがちゃんと入り
込んだ分野は、マトモな研究がされているが、そうでないところは、
かなりあやしげなものがそのまま横行している現象はあると思う。
本来、半端なやつじゃつとまらない。両方しっていないといけないし、
その両方を、合理的につなぐための、化学、物理をしらないと、結局
たんに、人の考えたアルゴリズムをちょこっと改良してお仕事しま
した、で終わるのがほとんど。

333 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 00:30:46
どこを縦読みするの?

334 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 00:43:47
縦読みじゃない。裏読みだ。

335 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 03:52:59
お得意の語りだよ。一言で済むことでもたくさんの言葉を使ってしまう。
研究費の申請や分厚い報告書を作る時には役に立つのかもしれない。

336 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 13:46:51
結局、「半端だけど引き出しが広い人」or「凄いけど引き出しの少ない人」共、
使いこなしでどっちもOK、って認識でよかですかいのう。


337 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 16:59:20
そもそも分子生物学という分野が中途半端な境界領域だからねえ。
「まともな」研究をしているのは有機化学や物理の土台がしっかりしたところだろ。

338 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 17:00:20
残りの人は他人がやった研究を掘り下げたりするだけで一生を終える。

339 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 19:28:33
バイオインフォを看板にしているところは糞が多いということだな

340 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 19:37:42
皆さん自虐がお好きで

341 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 19:38:33
331-332
この板に神が降臨した。
バイオインフォ歴15年のつわものぞ。

342 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 20:29:27
そもそもバイオインフォは数学の領域だからねぇ。
実験やってみないと分かりませんからという想像力皆無の人には不向きなんですよ。
数学センスの無い人は朝から晩まで実験室でしこしこデータこしらえていて下さいな。
我々はそのデータで遊びますから。

343 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 20:36:42
日本に、「自分はバイオインフォ屋です」と言っている人はいるのだろうか。

344 :331-332:05/02/05 20:40:51
>>342
数学のセンスっていうか、結局、物理的現象と数学とをむすびつける
技術だろ。なんか、情報処理的な部分で明るい人でも、バイオにはいって
きたときに、DNAやタンパク質を配列としてしか見られないでいると、それ
以上にはなれないしね。逆に、構造にこだわる物理屋、化学屋ってのは、
第一原理でなんでもいきそう、みたいなことで、そればっかりやって、
そこにうまいこと情報的な手法での学習を組み込んで面白い方向へ、
とかいうのにならない。
生物は、進化論が関係しているので、たいがいの場合母集団となる
サンプルが、異常なまでにバイアスかかっている。そこでも物理屋は
そこで、バイアスのない母集団を仮定した理論を作る。一方情報屋は
今度は、バイアスのベースとなる物理や化学や進化論がよーわからん。
生物屋はなにもしらないで、実験だけする、みたいで、互いの意志疎通
が難しいね。生物、情報科学、化学、物理、数学、そういうのが全部
わかった上で、臨機応変な態度がとれるかどうか、ってところだろう
ね。なかなか難しいのよ。
ただ、論文稼ぐとかはやろうと思えば簡単だから、多数の論文とか
出している先生のところで、しこしこやれば、実績だけは稼げると
おもうぞ。私はそういうのいやだから、たった一人で戦っているが、
結論からいえば、成果でない。まあ、ここんところ、一つ発見があった
ので、ゴキゲンなんだが。

345 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 20:53:34
>>344
> 結局、物理的現象と数学とをむすびつける技術
現状では統計学的手法に偏っているがそれ以外でも表現可能かもしれない(誰もやっていない)

> DNAやタンパク質を配列としてしか見られない
THECELLぐらいはデフォで知っているだろう。その上で膨大なデータを弄んでいる。

> 生物は、進化論が関係している
それも既知である。特に遺伝学の分野のデータに関してはね。

> たった一人で戦っているが、結論からいえば、成果でない。
因果関係が逆だろ?妄想に耐え兼ねて孤立したと察っする。

346 :331-332:05/02/05 21:40:04
>>345
進化論的な部分が絡む話として、まず、生態分子の状態を考えると、
それぞれの分子が、たとえば、タンパク質でもDNAでも、RNAでもいい
が、どういう状態が平均的な状態か、とかいうと、実際には、タンパク質
ごとに、置かれている状況がまるで違うわけね。
たとえば、タンパク質の構造と配列とを見比べると、どうみても、わざ
わざ不安定なアミノ酸を選んでいるような状況があって、平均的に
みればもっとマシなアミノ酸を選んだ配列のほうが、安定で機能も
高そうだ、と思うが、そうしていないのは、そのタンパク質がおかれ
いる状況が絡んでいるはず。たとえば、そのアミノ酸をもっと安定な
ものにしてしまうと、他の周囲のタンパク質と結合しちゃって
問題があるとか、いろいろな複雑な理由。ようするに、生物ってのは、
そういう進化的な形で、必ずしも物理的安定とか定常とかをもとめて
いるのではなくて、臨機応変に、「うまくいったやつが生き残るさ」
でうまいことなっているわけだ。だから、ある意味、面倒なことを
考えない統計がかなりうまくあたったりして、第一原理計算なんかで
は太刀打ちできない問題が多数ある。かといって、統計からのずれが
顕著な現象を理解するには、第一原理的なところが必要で、そこは、
物理化学の話になる。だから理解するには、両者が必要ってことだが
一般に、どっちかに偏っている人が多い。そこが問題。

話変わって成果が出てないのは事実だが、どうも自分的には、5年に
一回、「これぞ!」という成果がでるかなーってところだね。まあ、
気長にやるしかない、と思う。
人に指導されたくないし、人を指導するのも簡単ではない。先端を
追いかけるよりは、地道にしっかりやろうとすると、結構ものごと、
理解されていないことが多いものだ、ってことに気がつくから、
そこを攻めているけれど。

347 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 22:16:31
>>346
> 平均的にみればもっとマシなアミノ酸を選んだ配列のほうが
> いろいろな複雑な理由。
なぜ君は意図的に共役反応の概念を無視するのかね?

348 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/05 22:46:43
>>346
表現型のレベルで、全然徳にならないから、って理由もなかったっけ?
進化って言うならその手の話も欲しいが。

349 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/06 01:17:46
>>346
第一原理計算がうまく行かない理由はそれではない。「物理的に安定」は、生体内でも成立しているよ。
わかってて書いてるとは思うが、よく誤解を招く話なのでね。
純粋物理や純粋化学の論調で生物が語れない場合があるのは、生物が特殊な系だから、と主張する人とか。

本当は物理も化学も成立する(と思われる)けど、あまりにも要素が多すぎて人間の手に負えないだけ。
もちろんそれこそが生物の面白いところなのだが、だからといって
物理法則が成立しないかのような表現はフェアではないんじゃないかと。

生物も物理も化学も情報も必要なのに、みんな他人の話を聞かない、って
のには反論はない。このスレがどれだけ荒らされたかを考えるとね。

350 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/06 04:38:39
だから既存の全てのPATHWAYを概括するような新しいドグマが欲しいんだよ。


351 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/06 06:38:05
>>348
荒れてるならまだ救いがある。

リアルワールドは救いようがない状態。

352 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/06 10:36:05
>>349, 351
>生物も物理も化学も情報も必要なのに、みんな他人の話を聞かない、ってのには反論はない。
反論はないが、聞いて理解して、相手の立場で自分がどういう問題設定するか、というとこ
まで自分を持って行くのは大変。漏れはショボイ香具師だなんて問題じゃあない。
高等教育で総合性そのものが足りないんじゃあないかと言う気がする。
君なら後輩(学生かもしれん)をどう育てる?そこをなんとかせんと、リアルワールドは良く
ならない。科学全般は救い様がないかもしれんが、bioinfoはまだこれからだし、必要に迫
られてるからね。


353 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/06 18:24:55
> 逆にPC+?と考えた時に、本業が遠いほど価値があるんでしょう。
> PC+物理とか、PC+電気、とか考えると確かにありきたりな気がするが、
> PC+土木作業とか、PC+ボランティア、と考えると貴重な気がする。
> もちろん、生物は後者・・・・悲しい話だが・・・

こういう思考停止の脳死状態の人間がリアルワールドに研究者
としてわんさか存在してる事実からなんとかしないとまずい。
全ての話はそれからだと思う。順序が非常に大事。


354 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/06 18:58:04
>生物も物理も化学も情報も必要なのに
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4022574097/249-0464625-1900323
こんなのとかですか?

355 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/06 21:23:23
>>354
いや、もっと卑近なレベルの話。
つまり、「未知の統一理論!」みたいなもんじゃなく、既存の生物や物理や化学や情報でさえ扱い切れてない、ってこと。
たとえば、「水素結合って何?」みたいなレベル。

356 :299:05/02/06 22:03:18
>>355
そのとおりです!
っていうか、実際に、化学、物理の分野でも、液体論なんて完成されて
いないわけで、そこに、さらにどろどろのものがつまっていて、さらに
それが、場所ごとにいろいろコントロールされているらしい細胞質の
中の物質のあーだこーだとかを理論的に扱うっていうのに、無理とは
いわんが、純粋物理屋の第一原理ではうまいこといかないし、かといって
それがわからんと情報的に扱うのも簡単じゃない。どっちもしった上で
バランスとって、化学もしってて、って状況じゃないと、マトモに研究
できる状態にならない場合が多いのが、すくなくとも構造生物学関連
の研究だろうね。そこまで至る人ってそうはいないです。

357 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/06 22:21:57
>>356
しかしそう書くと、「じゃあ構造生物学以外ならそんな分野知らなくてもいいんだ」とか
言い出す奴が出てきそうだな。そのくらいこの手の問題はやばいわけだが。

358 :299:05/02/06 22:34:21
>>357
っつうか、およそ、バイオインフォマティクスが関わっているような
バイオの領域で、完璧に構造生物学の内容を無視して、すすめてうまく
いくようなのって、なにがあるか、と逆に思ってしまうわけだが。
まあ、バイオ向け論文検索ツール作成とか、そういうのはあるのかな。
たんなる実験屋のデータ解析にしたって、扱っているのは生体分子
だったり、生体反応だったりするわけだろうから、そこにはかならず、
微視的には、あるいはマクロ的にも構造生物学がからんでいて、そう
いうことにかんする知見がたっぷりないと、マトモなデータ解析なんぞ
できんぞ、とおふ。たとえ、PCRつかったシーケンサで出てきた配列
の信頼性がどうのとかいうときだって、TM値がどうだから、実験条件
がこうで、だから、この結果はこんくらいのミスがありそうだとか
そういうことがわかるわけで、ちがうか?

359 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/07 09:23:11
>317
非破壊生体計測って今後製薬がらみで流行しそうですか?




360 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/07 23:15:13
317ではないが・・・
良い計測法は、製薬絡みでなくても流行るだろうと重割

361 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/07 23:38:21
バイオインフォマティックスじゃないけど、VectorNTIのことについて質問するにはどこが適切ですか?
知りたいのは買うときはどういうライセンスで買うことが多いのか、ということと、単品はどうやってIDをプロテクトしているのか、ということなんですが・・・


362 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/09 22:16:41
ttp://www.google.co.jp/search?q=VectorNTI&hl=ja&as_qdr=all&lr=lang_ja&sa=X&oi=lrtip8


363 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/09 22:37:26
>>358
文献検索について、この前の方でも該当者が主張していたが、
この分野に未来はあるの?

364 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/09 22:59:25
>>363
やっている人は、その意義を主張しているが・・
しかし文献から情報抽出というのは十把一絡げ的な扱いかな。

365 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/10 00:17:18
どんな分野も未来はつねに薄曇だろうから、比較しても意味はないだろ。

逆にどんな分野であっても一流・超一流は必ず生き残ることができる。

366 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/10 00:41:28
試しに新聞記事検索させればおそらく落胆されるでしょうな。
文献からでは牽制や妄想は判断し難い。

367 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/10 01:12:07
>>364
文献検索の研究者っていうのは、情報屋のなかにもかなりいると
思うのだが、ようするに、文章やら文脈やらの理解もしたうえで、
っていうのが、目標になっているわけだけど、ところが、最近は、
キーワード検索が基本になってくると、逆にそれに合わせて文章
を書く側も考えるっていうのがあるから、案外、そんなに難しい
ことをしなくても、意外と簡単な方法で面白い結果が出てくる
のかもしれない。
どうってことないこと、たとえば、論文に出てくる試薬の名前の
共起確率みたいなので、どうってことないことがわかるかもしれ
ないし、タンパク質とリガンドの名前も同じ論文にでてくるなら、
なんか相互作用しているかもしれないし、そんなことでも、大量の
論文に対してやったら、面白いかもしれない、っていう程度のこと
が、案外重要ではないかな。意味をとって、どうこうなんていう
のは、まだまだ先の話、っていうか永久にないかも。

368 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/10 01:36:44
これだけ世の中に捏造論文があふれてしまっていると、
文献検索のはじきだした結果なんていうのは、補助金
をとりやすいように考えに考えぬかれた科学屋さんの
妄想の結晶になってしまって、そんなものが何の役に
立つの?って感じでは。申請書のテンプレくらい?

369 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/10 07:59:15
上手にマイニングすれば、どれが捏造だか分かったりして

370 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/10 08:13:36
最終的には人力判断するためのエクストラクティングと
ウェブエージェントみたいなことができればいいんじ
ゃないの?別ファイルになっているElectric supplement
の内容も本論に併せて、でも情報には重み付けして
ランク付けしてくれるとうれしいな。

ところで14-3-3とかBand3.2とかIkappaBとか
俺的には鬼門なんですけど。

371 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/10 10:32:18
重み付け≡捏造

372 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/10 12:38:44
重み付けと捏造が同義?
意味わかんねー

373 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/10 13:37:52
例の基地外だから放っとけ

374 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/11 23:18:42
おー、資格スレより下がってるよ

375 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/12 03:30:13
Biophytonって基地概になって翻訳してる香具師がいるが、そんなに便利なのかね。
Bioperlで我慢しれ。
本人は時代の最先端逝ってると思ってるんだろうな。
配列解析、賞味期限切れだってば。
国民の税金で研究しているんだったら、もっとマシなことに時間費やせ。

翻訳して悦に入るな。ボケ共が。
ってカキコするテスト。

376 :佐藤光祥@九州男児:05/02/12 03:32:31




DQ〜N






377 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/12 21:47:32
基地外がストレス発散するスレですか?

378 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/13 10:27:53
>>377
しばしばそうなる・・・。
♪良スレも久しからず、ただ春の夜の夢のごとし。
これ2chの理なり・・・。♪


379 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/13 23:50:36
ともかく、みんなバイオインフォマティクス事典が出たら買うのだ。
個人モチが原則だ。

380 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/14 01:22:27
ついに出る。のか?BI辞典。

381 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/14 01:27:56
とりあえず・・・2月末が原稿最終締め切りだそうだ

382 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/14 07:18:35
誰が参加しているの?

383 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/14 10:06:42
純粋数学も計算機科学もよう分かっとらん奴に何ができるんだ?


384 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/14 15:11:30
「2月末が原稿最終締め切り」...なんだそりゃ?

385 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/14 23:28:06
ばいおいんふぉまの最先端逝っている人、研究室ってどこ?進路考えてんだが。
個人的にはアイちゃんが気になる。名前的にラヴラヴ。ハァハァハァ。

386 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/14 23:36:05
「先端」を強調している所は塩っぱいのが多い。
ボスが元?情報屋というのが殆どだね。

387 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/14 23:39:40
パフォーマンスばっかだったり・・・

388 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/15 00:04:51
アイちゃんって誰?

389 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/15 00:06:55
AIだろ。

390 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/15 00:12:11
人工知能やってるとこって具体的にどこだ?
既に死語じゃないか?

391 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/15 00:33:02
>>389
愛っつたら・・・愛

biorubyっていうのもでてきたけど、
先生方、そんなことに時間費やさないで、もっとましなことに時間使えよ。
ほっとに税金の無駄遣い。
NHKとか道路公団とか社会保険庁とか見習え!!ボケ

392 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/15 00:40:31
あーアイねー

そういうお前はなにやってんだ??

393 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/16 20:45:03
アルゴリズムやら文献検索やら半端者が図々しく
バイオインフォの看板を出しやがって・・・
お小遣いを貰って陰でコソコソ人集めしても顕著
な結果も出せず、所詮パシリの研究者もどき達が
オナニーをしている印象しかない。

394 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/16 23:42:23
その通りですがなにか?

395 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 00:11:48
「アルゴリズムやら」はあまりにも範囲が広すぎるぞw
文献検索に突っかかるのは私怨?

396 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 00:54:21
つーか文献検索も一言で言うには範囲が広すぎるしなあ
まったく情報科学を分かっていないやつだと思われ

397 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 01:18:02
ラブたんやらオープンバイオを称する連中は単にLinuxやオープンソースの
まねごとをしたいんでしょう。ラブたんは違うが、この人たちの周辺は
MLやったりと政治的なことが本当に好きだね。K久研の伝統か?

398 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 01:31:39
バイオインフォとは名ばかりで
バイオ特有のアルゴリズム等が生まれることはなく
情報系のそれを生物分野の方にそのまま流用しているだけ。
只の肉体労働だなw

399 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 01:49:08
>バイオ特有のアルゴリズム等

ワロタ

400 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 01:53:11
>バイオ特有のアルゴリズム等

なんかすごそうだなw

401 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 01:57:41
>>398
うーん、そうかもね。バイオインフォマティクスがマジで有効だったのは、
BLASTと、Shotgun 法のアセンブリアルゴリズムぐらいだと思うわけだが、
両者ともに、まあ、情報論的に出てきたものではあるわな。
バイオ特有の、ってことになると、難しいね。
うーん、そういう意味では、たとえば、物理学は初期段階では数学を
大きく進展させるようなすごい理論と方法論を打ち出したといえるし、
化学はどうかな。
まあ、バイオってば、もともと博物学だから、そういう意味では、
データベース関係(最近では、ダイタバイスというのがはやりか)で
なんか、って思うけど、これももとからある技術の流用か。

402 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 03:29:35
いまバイオインフォマティクスやってる人って
情報出身者と生物出身者のどっちが主流なの?

403 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 03:45:51
>>401
ゲノムアノテーションでデータマイニングの全く新しい手法の導入が
不可欠なのに今のところ誰もその重要性を理解していないし
またそれを実現するために必要な予備知識を有していない。
漏れが常々言っていることの一つには
この分野に純粋数学者や理論暗号学者との提携なしには駄目だろうという構想がある。

404 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 08:00:43
研究テーマをバイオインフォマティックスとしている所は胡散臭いのが多いね

405 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 08:15:07
>>402 >>404
>情報出身者と生物出身者

上のどちらでもない香具師がボスになっているグループもある。
一攫千金を狙っているのかもしれないが、確かに何か裏がありそうで
胡散臭いのもチラホラといるな。

406 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 08:19:41
>一攫千金を狙っているのかもしれないが
一攫千金どころか、研究費もまともに取れないところがあるとか?w

407 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 20:00:11
自分は純粋数学出身だが、何が出来るのかな。
雇ってくれ。

理論暗号学者ってことば、聞いたことないけど、
きっと暗号理論が何かスゴイことをしてくれると
思ってるのかな。1冊でも入門的な本を読んで
みるべし。

つーか、>>403>>401も、その前の人たちも
そうなんだが、バイオインフォマティクスの分野には
分かってない人間が多いっていいながら、
書いてる本人が全然分かってないことが多いな。
突っ込みどころが大杉。

もちろん自分も分かってないんだが、そんな議論
しても意味ないよな。でも2chだから別にいいか。

408 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 20:10:04
お前のカキコがもっとも突っ込みどころが多いよ

409 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 20:44:43
>>408
どこが?

410 :NIH:05/02/17 20:56:07
なにがBio informaticsだよ。人のプログラム使ってるだけじゃねーかよ。猿真似馬鹿。

411 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/17 21:04:51
まあ「バイオインフォマティックス」を独立した研究グループで成立させて
研究費もきっちりと取って、さらにゲノム関連のグループと連携して研究を
しているところは片手で数えられるくらいだろう。

殆どがゲノム関連の研究グループの一部分のような扱いで、幾らかの研究費
を配分してもらって細々と下請け作業をこなすのが関の山みたいだ。
それでボスがバイオ出身でなくて単なるお調子者だと、そのグループの将来
は見えているし・・・
バイオインフォに将来性があっても、研究グループとして死に体のところへ
配属されたらちょっと痛いかも?と思っているのだが・・・

412 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/18 08:19:23
>>411
それは「バイオインフォマティクス」をその上位概念である「分子生物学」と置き換えて、
「ゲノム関連のグループ」を「他分野の研究グループ」と置き換えても成立しそうな気がするな。

413 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/18 09:01:17
>研究グループとして死に体のところへ

使いパシリみたいな教授もいる。
その目的で採用しているのだろうが・・
研究しないで金と人を調達するのが仕事なんだが、
それで表向き研究グループを受け持っているように
なってたりとかね。

414 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/18 09:14:59
常に生物現象を解明しているという意識がない奴はラボのボスになる失格はない。

415 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/18 09:27:55
>>414
意識はしているだろうが・・
やはり門外漢には限界があるからな。

416 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/18 09:51:49
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20050217-00000516-yom-pol

417 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/22 01:13:57
バイオインフォ業界は今後大きくなるのでしょうか?
製薬はまだ伸びると思うのですか。。


418 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/22 01:32:21
さあ

419 :sage:05/02/22 01:55:28
>417
日経・・では横ばいだったような

420 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/22 01:57:36
見られてる気がするんだが

421 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/24 00:37:22
>>420
んん?
そうだとして何がまずいの?

422 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/24 00:56:07
何の話??

423 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/24 10:45:28
あってもなくてもいいような研究グループは常に監視されています。
違った意味で注目の的だったり。

424 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/24 17:41:53
人を連れてくるだけが仕事の使いパシリ教授も監視してください。
陰で何をやっているかわからないので・・・

425 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/27 10:39:20
落ち過ぎage

426 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/27 11:44:50
>>424
んで、おまえは同じこと出来るの?委員会の立ち上げや委員就任は
多くの人がやりたがらないので、人間関係が広くまともな人間じゃ
なきゃ出来ないことだぞ。
そして、ある程度の年齢になった人間がマネージャ業務やるのは普通だが。

427 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/27 15:02:31
むしろ、自分がボスになってるのに、自分の仕事が研究で手を動かすことだと
思ってる奴のほうが怖いがな。

428 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/27 19:01:22
>>427
過去に自分で手を動かした業績があればそれでもいいだろうが・・・
バイオインフォって俄か研究者が多いからな

429 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/27 19:13:42
まあ新規参入で研究室としての実績がないから研究者が集まらないので、
末端階層の研究者を集めているのでは?BIとかだったらありそうだな。
>>426が述べているような次元の話しではなかったりして。

院時代の友人がPDで自称バイオの研究者(バイオなんてほとんどやって
いない)を主張するボスの所へ雇われていたんだけど、研究基盤がない
もんだから研究者の求人を出しても応募者がいなくて、挙句のはてに
「君の院時代の知り合いの研究者を紹介してくれ」と言われたり、研究
の指導もしてもらってないないのに「論文を書いたときには僕の名前も
入れておいてね」と言われているとかで困っていたよ。
雇用条件がバイトみたいなもんだから、他に誰も興味を示さなかったし。

430 :429:05/02/27 19:25:56
崖っぷち状態だったのかもね。
「紹介してくれ作戦」は、ちょっとした鼠講か?とおもた(藁

431 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/27 23:28:47
> 「君の院時代の知り合いの研究者を紹介してくれ」と言われたり、研究
> の指導もしてもらってないないのに「論文を書いたときには僕の名前も
> 入れておいてね」と言われているとかで困っていたよ。

他は同意だが、この部分に関してだけはPDなら仕方のないことだ。
文句があれば、早く自分がPIになるしかない。

432 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/27 23:29:17
とするとやはり京大化研の人材養成ユニットちゅうところは
かなりまともというか、すごく質が高いな。
私大系バイオインフォのナンチャって度の高さと好対照だあなあ

433 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/27 23:52:52
まあ、ネット上で名指しで叩かれるようなところは逆にレベルが高いものだ。
本当にシャレにならない研究室を名指しで叩ける奴はいないし、そもそも話題にも上がらない。

434 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/27 23:58:01
もちろんオライリーのバイオインフォの本は持っているよね?

435 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/28 00:02:53
>>432
....ちなみにどの仕事に関してそう思うのかね?いや、煽り
じゃなくて興味あるんだが...

436 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/28 00:07:28
>>435
いや、おれは単純にTOH先生のファンなだけなのだが。あの人は偉い。

437 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/28 02:13:12
>>436
どう偉い?まさか、本人じゃないよね?

438 :名無しゲノムのクローンさん:05/02/28 02:54:07
>>436
そうか、分かった。鏡台生かい?残念だったな。

439 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/01 05:15:51
残念って、何が?

440 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/01 17:40:42
>>430
余程の零細か、ボスがお調子者かだな
まさに紹介してクレクレ詐欺だw

441 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/02 02:02:13
強大のバイオインフォのなかで一番輝いているとおもうぞ

442 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/02 05:39:35
つか、兄弟と東大医科研くらいしか思いつかん
他にやってるところあんの?

443 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/02 10:37:01
つか、日本のバイオインフォの問題の一つに、「あのヒト
のファンだ」、「あの人はすごい」てな話はでてくるのに、
じゃ、その人の"どの仕事がすごいの?"と聞くと沈黙して
しまうというのが有ると思うのさ。

444 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/02 10:41:31
つか、世界的にみて評価されてるバイオインフォマティクスの
仕事って最近ある?おれはFASTAやBLASTの辺りで停まっちゃってると思う

445 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/02 11:05:01
日本のバイオインフォは東大医科研と京大化学研と慶大先端研ぐらいじゃない?

446 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/02 12:22:21
以下権 M 化学研 K 先端研 T

447 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/02 13:12:34
東大医科研:ヒトゲノム系
京大化学研:パスウェイ系
慶大先端研:E-CELL系

448 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/02 19:17:35
遺伝研も入れてやれよ

449 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/02 19:18:33
遺伝研:DB系

450 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/02 19:40:37
evo-dev系ってないのかな?いま個人的に趣味でやっているんだけど。
端的にいうと脳シミュレータをゲノムデータでエビデンス付けていくような手法なんだけど。
まぁモデル構築できたらそのうち無償で公開するかも。

451 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/03 02:02:32
>>443けだし名言。成果も出てないのに、評価前倒ししすぎ。

452 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/03 02:12:41
神戸・北里・産総研 モデリング系三羽烏
444が言ってるのは全スレでさんざんいわれてきた
「狭義の」バイオインフォマティクスの話だろ?

453 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/03 02:32:39
バイオインフォマテシャン目指してる大学院生です。
最近ようやくbiorubyの使い方マスターしますた!
次はどんなソフト極めたらいいですか??

454 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/03 07:40:48
頭の使い方を極めろよ。テクニシャン志望か?w

455 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/03 08:05:20
>>443
その著名人の所以外で「これは面白い」と思うような仕事をしている所はあるの?

456 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/03 08:17:03
何か中途半端な教えて君が頻出するようになったな。
やはりスレタイの「教えて下さい」は良くなかったか。

457 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/03 08:19:22
>>454
頭の使い方ですかあ。。よし、極めてみます!
ところで、テクニシャンって何ですか?バイオインフォマテシャンの仲間ですか!?


458 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/03 13:57:10
頑張って盛り上げろw

459 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/03 23:30:52
教えてスレということで。
「基礎と実習 バイオインフォマティクス」を買った香具師いますか。
感想キボンヌ。

460 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/04 00:06:17
ホモログとか見つけんのアホらしいなw
正規表現で速攻お終いw
曖昧検索というかSNP考慮するのは正規表現の匙加減ひとつでお終いw
バイオインフォの人間ってアホでしょ?w

461 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/04 02:35:12
さらしあげじゃ

462 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/04 08:27:14
>>460
ボケてるんだとは思うが、突っ込むヒマがない。すまんな。

463 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/04 21:48:46
$seq =~ /ホモログ/g;

464 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/07 00:29:52
「正規表現でひっかかってきた配列はみんなホモログ」
とか言ってるボケがおるから、生物系の奴からは
「情報系って使えねえ〜」って思われてるんじゃないか。
いや、ほんと情報系の連中って使えね〜。
生物的なホモログじゃなきゃ、探しても意味ねえってこと
これだけ叩かれててもわからんわけね。昔よくいたSFC厨再来か?

465 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/07 01:36:17
「生物的ホモログ」...またまたさらしあげー

466 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/07 11:39:49
>>464ってネタと思いきやマジっぽいな

467 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/11 01:25:52
落ちまくってるのはレベルの低さにあきれたから、で桶?

468 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/11 01:44:57
>>467
人は分かり合えない...という証明

469 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/11 09:18:43
意味のない野次馬が多い分野

470 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/11 11:40:03
生物的ホモログって何?表現型のことか?

471 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/12 20:12:35
「生物的○○」ってどーゆー意味だ?
定義のはっきりしない言葉を使う馬鹿が生物学者を名乗るから
生物学者一般のイメージが悪くなるんだ

472 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/12 21:41:55
>>471
そもそも生物の話自体に定義のはっきりしない言葉が
多いように思うぞ。この言葉はこのコンテキストで使えば
こういう意味となるみたいなものが多くない?
今でこそ、そういうのに慣れたけど。

473 :あいちゃんハァハァ:05/03/13 02:30:34
ぼくらのあいちゃんがまたやってくれました、ハァハァ
KNOB・・・なにそれ

さすが僕らのあいちゃん、意・味・不・明

ていうか、論文まとめなきゃ就職危うい

474 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/13 03:42:22
>>472
「遺伝子」なんてえらい意味が・・・。
漏れはイヤだし慣れたくないが、まだまだ分からない事が多い以上仕方ないと納得もしている。
>>473
RHEL3、もうヤダ!!ってことで、漏れがx86-64版があれば試してみたいと思ってるのは内緒だ。
/* ゼッテーにテスター/ドキュメント書きするハメになるからな。 */
/* しかし藻前の勘違い/妄想、すざましい・・・。正直ソンケー。 */
// それともopen-bioにDQNが混ざってるって事か?それはそれで鬱。

475 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/13 08:38:00
>>472
たとえば何?

476 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/14 01:01:20
ちがうよ
生物の話のなかではちゃんと定義もあるし、はっきりも
しているよ。生化学辞典と生物学辞典とThe Cellをみれば
ちゃんとわかるはずだよ。
ただみんなめんどくさがって、部外者にわかりやすい
定義書やマニュアルを書かないんだよ。
でもさあ、自分が不勉強だからって
「あいまいだ」「意味不明」って逆切れするのカコワルイよ

477 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/14 06:53:42
じゃあ生物的ホモログの意味を教えてもらおうかw

478 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/14 06:54:43
意味ではなく定義なww

479 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/15 13:17:09
坊農秀雅さんってブログ書いてた気がするけど最近見かけない。
URL何でしたっけ?

480 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/15 13:35:44
>>479
このスレ見てる人を集めるためのトラップですか?

481 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/15 14:25:52
>>480
すいません検索して見つけました。忘れてください。

482 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/15 22:49:02
>>476
476は言葉に対して、あんまりセンシティブでないだろ。

上にも書いてあったけど「遺伝子」なんて、それを
使っている人によって、全然違うだろ。
そりゃ、前後から何を指しているのかは、なんとなく分かるよ。
でも、皆が皆、Cellの定義の上で話してないだろ。

時代時代で意味の取り方が変わってきたからなんだと思うけどな。
ただ門外漢の人たちは、毎回戸惑うのよ。自分が覚えた
遺伝子と違うような気がするって。
学問ごとに、それなりのカルチャーがあるから、どうこう
いうつもりはないけど、ちょっとは意識して欲しいってなもんだ!

483 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/15 23:37:22
>>482
で、生物的ホモログの定義は?

484 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/15 23:48:18
>>483
それを>>482に聞くのは違うだろ

485 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/16 01:18:45
>>477
で、生物的ホモログの意味わかった?
誰かまわりの人に教えてもらえないの?

486 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/16 01:22:05
>>485
お前知ってるのかよ。エリートだな

487 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/16 01:38:35
>>486
話が違うかもしれないけれどもホモログのことを
あえて遺伝的ホモログとか相同ホモログとかいう
けど、遺伝的には関係ないホモログや相同でない
ホモログもあるからそういう風に用語を限定する
のかな?遺伝的には関係ないホモログって誰が
決めるのか知ってる?

488 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/16 02:11:40
相同でないホモログなどない。ホモログ・ホモロジーはどこまで
いっても仮定の域はでない。誰かが決定するものではない。でも、
XX%ホモロジーだの、一次配列だの、誤用がまかり通るのがこ
の業界...

489 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/16 08:31:00
>>488
"functional homologue"でPubMed検索してください。
または"機能ホモログ"でググってください。
「この用語は誤用だから自分には意味がわからない」
おっしゃる通りかもしれません。
でも
「ことばに厳密でなければサイエンスできない」

というわけではないとおもいますよ。むしろ
誤用でも既成事実化してしまっていたら、自分が適合する
戦略をとらなければこの業界で生存できないのではないかと。

なお私の前の指導教官は「それくらい直感でわからない
ようなら科学者なんてやめちまえ」が口癖でした。

490 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/16 11:52:41
>>489
> なお私の前の指導教官は「それくらい直感でわからない
> ようなら科学者なんてやめちまえ」が口癖でした。
科学者ではない教官から言われても説得力ありませんね。

491 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/16 12:40:43
バイオの仕事を始めて余り期間が経ってないですが、
会誌「情報処理」 Vol.46 No.2 目次
http://fw8.bookpark.ne.jp/cm/ipsj/mokuji.asp?category1=Magazine&vol=46&no=2
読んで、たんぱく質に大量の表記・同義語・方言があると知り
雑然とした世界だなと・・・まあ、色々仕事にはなりそうだけど。

492 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/17 15:05:31
自然言語処理関連の仕事は生物と直接的に関わるものではないので
(DNAなど自体の解析ではない)、避けたい仕事だな。

493 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/17 17:41:57
情報系の大学生でこの分野に興味があるんですが、生物の知識からきしでも
やっていけますかね?

494 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/17 21:45:34
http://www.cb.k.u-tokyo.ac.jp/cb/nyushi/
http://www.genome.jp/Japanese/lect/course.html
この辺の過去問が解けて入学できれば十分やっていけると思われる。

495 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/17 22:06:34
英語の試験だけとか推薦書だけで入れるところはどうでつか?

496 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/17 22:52:57
そんなのあるの?
http://www.iab.keio.ac.jp/ja/courses.html
これ?リンク切れてるけど。

497 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/17 23:33:57
>>493
生物の知識がいっさいなくても、生物の知識を本気でこれから勉強
することをいとわない、っていうなら、可能性はあるな。
生物勉強する気なくて、なんとなく面白そうな情報処理の方法とか、
プログラムとかアルゴリズムとかそういうのを生物でもちょちょいと
使えば、なんかおもしろげな研究のできるおいしい分野かな、って
いう時代は終わったしな。12、3年前はそうだったけれど。

498 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/17 23:40:31
今はデータベースを自在に操れる人が有望。
既にアルゴリズム一本でやってけるフェーズは終わったよ。

499 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/17 23:48:46
データベースのスキルでいいの?
データベースといっても、オブジェクトデータベースとか?
機械学習とかの理論を自分で学んで応用できるとか言う方が重要ではないの?

500 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/17 23:56:54
AL系はバッチファイル書けば一次凌ぎ的にはできる。
要はゲノムデータ管理がしっかりできるかどうかが重要。
データ量が膨大すぎて把握できないという嘆きは今後は通用しない。

501 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 00:07:51
フム・・・どっちにしろ、bioperl使えますレベルではどうしようも無い訳だな

502 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 00:24:32
そもそもBioPerlが使えない件について

503 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 08:27:09
「春の学校」はどうですか?

504 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 09:18:31
>>498
いや・・・データマイニングとかはとてもとても
有望とは思えないな。ウェットやってる人たちの
『便利屋』じゃ予算もポストも確保できないよ。
しょぼくても独自のアルゴリズムにこだわらないと
生き残れないような気がする。

505 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 09:54:46
社会人だが大学院博士課程受けてみようかと思わないでもない。
ただ働きすることになりかねないし、転職したくなりそうだが。

506 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 16:55:07
データマイニング関連は将来性は?だね。
この前の方で文献検索が吊るされていたけど、あれも正直なところ
自己満足な領域から脱しない程度なんだろうね。
分析方法で勝負するなら、既存の方法以外で何らかの新しいものを
導かないと、この先闇に埋もれて行くだけだし・・

507 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 16:58:58
実際マイニング関連の研究グループは、使いパシリで生き延びている
ところが殆どなんだよな。
自分達の研究開発で勝負できるところは希少だよ。

508 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 17:03:12
それで予算も取れない、研究者も集まらないとなれば
救いようがないし・・・

509 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 17:27:50
バイオインフォマティクスは、数大学・研究機関で殆ど尽きているので、
研究テーマ的にも市場的にも狭いなと思う。
通常のバイオ研究者に広げていくことを考えないといけないんだろうな。
いろんな意味で。
もしくはバイオインフォで得た技術を一般的なデータマイニングソフトに
適用していくとか。

510 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 17:29:31
ほ=

511 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 17:40:28
マイクロアレイとか、遺伝子ネットワーク等と言うのは、
バイオ研究者や製薬企業では当たり前のものになってるのでしょうか?

512 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 18:15:40
民間から大学研究機関へ産学連携とか研究事業化プロジェクトなどで
マイニング関連の研究者を採用している場合がよくあるが、あれは裏
がありそうだよな。
情報系で仕事に行き詰まった人を採用してあげたりとか・・
もともと将来的な業績なんか期待してなかったりして。

513 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 19:50:15
>>511
マイクロアレイはあたりまえ。
ネットワーク解析はまだまだ。

ネットワーク解析がまだという理由は、
バイオインフォの問題というよりは、
ウェットの手法がまだ確立していないことによる。
Y2Hを超える手法がこれからたくさん出てくるぞ。



514 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 20:43:05
ちょっと聞きたいんだけどさ、
ネットワーク解析のネットワーク(転写)ってそもそも概念として
正しいのかな?最近、ごく個人的に思ってるんだけどさ、
転写ネットワークってホントに存在してるの?
そんな考え方でアプローチして、ものがわかるのかなって
悩んでんのよ。当方Wetの転写ネットワーク実験屋なんだけどさ、
情報系の人の意見聞きたいです。

515 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 21:33:52
>>513
そうでしたか、次の辺り(マイクロアレイからの遺伝子ネットワークの推定)
がツール化されれば役立ちそうですね(難しそうですが)。
ttp://bonsai.ims.u-tokyo.ac.jp/~imoto/imoto_biometrics2003.pdf

516 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 22:13:14
ゲノムデータを云々するとは言ったがマイニングとは言っていないのだが・・・
マイニングするには全然データが足りない。*全ての*データが必要。この意味分かる人居ないだろうな・・

517 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 22:18:21
>>514
化学屋としては、転写のネットワークはおろか、たとえばシグナル伝達「経路」なども
似たような危うさを含んでいることは指摘しておきたい(もちろん危うさの度合いは全然違う)。
とはいえ、生体内で起こっていること全部を追跡できるわけはないので、「ネットワーク」や
「経路」として把握するのはそれなりの意味がある。
「ものがわかるのかな」という質問には、「ものがわかるレベルの描像を君自身が作るのだ」
というしかない。「正しい・正しくない」という世界じゃないからね。

518 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 22:20:32
パスウェイに疑いを持つ人は初歩的な酵素反応実験をしましょうね♪

519 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 22:36:23
>>518>>517に対するツッコミだとすると、>>517の意図が伝わっていない気がするな。
同時にいろんなことが起こっている(というよりも、それを全部まとめて「一つの系」として
扱う必要がある)状態を、たとえば二体間や三体間や四体間や…の関係として説明する
ことが「描像」だと言いたいのだが。
極端な話、「1分子」という考え方からして近似なわけで。

520 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 22:57:09
というか、言語化して記述して描像すること自体がサイエンスでしょう。
パスウェイ云々について言えば、それがある現象をうまく説明できれば、
その文脈においては、その「経路」は正しいんです。
同じ現象について違う見方をした時に、違う概念を持ってこないといけない
かどうかは、それとは別問題。

521 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 23:04:07
>>520
「風が吹けば桶屋が儲かる」もサイエンスなのか?
「部屋の北側(鬼門)に金色の猫の置物をおけば、
運勢が好転しますよ」ってか?
素反応の因果関係、対応関係がはっきりしてなくっても
ネットワークとしてひとまとめにしちまって、統計的に
有意だったら何でもありなんか?言語化して記述して描像するのは、サイエンスの基本だが
万人の・・・すくなくとも大多数のクリティシズムに耐え
なければ疑似科学と区別できんよ

522 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 23:07:32
一般的にバイオインフォやる人たちって情報上がりなの?
それとも生物上がり?
最初からバイオインフォ一本っていうのもあるのかな?

523 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 23:10:16
>>521
はあ?
客観性を有して批判に耐える事と、描写する事とは全く違うお話だろうが。
Aを批判するのにBを持ち出すような論理性のない人間がサイエンスなんて
語れるのか?

524 :514:05/03/18 23:38:46
>>517
>ものがわかるレベルの描像を君自身が作るのだ
って言うところが問題だと思うんですよ。
結局、具体的に俺は何を知りたいんだということに帰着するんです。
例えば遺伝子Aが遺伝子Bによって正に制御されていて、BはCによって
正に制御されているとする。するとC→B→Aなんだけど、
Cの変異が実はAに影響ないなんてことは結構ある話だし、
ある条件下ではD→E→Aだったりした上に、それぞれの矢印が
どの程度信頼できるかにも依存したり、他にいくらでも、
それこそ風が吹けば形式で考えちゃったらホントにきりがないし、
これは俺の知りたいことなのか?アプローチが間違って
いるんじゃないか?って思うんです。
サイエンスが何なのかとかはあんまり興味ないんだけど
どうしたら俺が幸せになるのかが知りたい。

525 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 23:48:07
>>524
転写ネットワークと一言にいってもいろいろモデルが
存在するわけじゃん。納得できない部分あったら自分で
その領域に踏み込んでみては?

526 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 23:50:08
パスウェイには定量的な情報は無いですね。

527 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/18 23:52:53
>>520-523で急にヒートアップしてるけど、517=519としては別にそんなアツイ話を
しているわけではない(漏れはその議論には加わる気はない)。
各種のアプローチにはそれぞれ限界があるので、気をつけましょう、ってだけ。
実際、524を見ると別にそんなアツイ議論がしたいわけでもないみたいだし。

というか、興味のある現象があるのなら、それに適したアプローチを探ってみては?
524に出てきた、「制御されていて」「影響ない」という用語も、突き詰める気になれば
どこまでも突き詰めなきゃいけない可能性がある。そういう状況に直面してしまったら
「ネットワーク」的なアプローチでは限界があるだろうね。

528 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 00:06:33
>>523
描写「だけ」じゃだめだってことがわかってるんならそれでいいけどさ。

>>527
> どこまでも突き詰めなきゃいけない可能性がある。そういう状況に直面してしまったら
>「ネットワーク」的なアプローチでは限界があるだろうね。
限界がある、という以前の問題だろ?科学と疑似科学の瀬戸際にいると
思うぞ。

529 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 00:13:08
ネットワークは任意に定義された相互作用の関係を
・影響あり
・影響なし
・方向
・強さ
の文法を用いて「可視化」のための一つの方法であって
それ自体に科学も疑似科学もないだろ。

530 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 00:24:30
まあ、「疑似科学」という言葉を使いたいだけちゃうんかと。

531 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 00:39:01
>>522
大学とか産総研辺りは、情報系出身者が多いようですね。
企業でやってる人は、理学部出身者が開発職から転向した感じ。
全体に学位有りはストレートに来てて無しは色々な経歴。
今後はバイオインフォ出身者が増えてくるでしょう。

532 :514:05/03/19 01:08:15
>>525、527
ありがとう、こんな抽象的でくそみたいな質問に答えてくれて。
でも、そのとおりなんだけど、既存の網羅的な解析とかって
ウェットな人から見れば単なるスクリーニングじゃん。
俺も実際そう思ってるんだけど、いい加減巨視的に見て
少なくとも一つ一つの事象を丁寧に見ただけじゃわからない
ゲノミックな仕事がしたいのよ。
そうするとネットワークを書いてみて、
今まで知らなかったリレーションとか
個別研究に落としたらそこそこのジャーナルに
のりそうなこととかも当然あるわけだけど、
そこに突っ込んでっても今までと一緒じゃん。
でもそれをしても俺は幸せじゃないのは前の仕事でわかったのよ。
やっぱりイースト2とかマイクロアレイとかって全然信用できないし、
最終的にはきちっとした実験系組んでものを言わなきゃいけないんだけど、
縦割り的なテーマじゃなくて横でつながるようなそういうテーマを
見つけたいと思ってるんですよ。
こういうこと考えてる人いない?どんな感じでテーマ設定してるか
意見を聞きたいです。

533 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 01:16:54
こんなもん見せられても、何がなんだか分かりませんから!残念!!

534 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 01:17:43
全体が見れてかつ精度もよくやりたいとなったら、そりゃ新しい解析法を開発するしかないのでは。

535 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 01:30:13
>>532
無理・・・と言うか量子重力理論を作るような構想だな。

536 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 01:49:42
パスウェイって詳しくは分からんけど、あれの気持ちって
疑似科学でもなんでもいいから、とにかく、全体像が
おおまかでいいから知りたいってことなんじゃないの?
風が吹けば、、でもいいんだよ、とにかく一つ一つを
調べてたらきりがないし、だから複雑な現象を、大局的な
レベルでみたいって話じゃないのかな。
あれで出てきた結果は、パスウェイをやってる人でさえ
懐疑的でしょ。でもさ、ある実験をするときに、どの遺伝子を
つぶしたら、効率よく実験できるとかさ、逆に遺伝子をつぶした
結果、おもしろいことがわかったとき、それがどういう仕組みで
おこってるとかを理解するための助けにはなるよね。
その程度なんじゃないのかな。

537 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 02:18:12
>>522
ウエットから・・・ってのは少ないんじゃない?
バイオインフォってコンピュータだけだし


538 :514:05/03/19 02:48:25
>>533
まさにそのとおりなんですよ。
自分でやっててむなしくなりました。
>>534
それもそうなんですけど、俺が言いたいのは>>536
言うようなことの発展版みたいなことなのよ。
つまりね、例えば、普遍性がある転写のメカニズムで実は
結構重要なんだけどまだその存在自体知られていないことが
あるとします。それを知るのにはやっぱり従来のように
一つ一つの事象から説明のつかない部分を突き詰めて
わかるんじゃなくて、大まかなことからわかるような
仕事がしたいんですよ。究極的に言えば、大まかなことから
見ないとわからないようなことです。
その時の考える手立てとして転写ネットワークなるものを
書いてるんですが、まさに>>533みたいなことになるんよ。
>>535のように無理ってゆーんじゃなく、何とかしたいんですよ。
なんか俺の幸せってその辺にあるような気がするんです。
単なるスクリーニング系だけじゃ今後のゲノム研究(?)は
駄目になると思うんですよ。
するとね、>>529の可視化を工夫すれば見えてくるのかとかそもそも
ネットワーク書いてから考えること自体が間違いで、
別のこと見なきゃいけないのか、
>>534>>535のように既存の実験系じゃ無理なのかとか
考えちゃうのよ。

539 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 12:33:47
>>526
あるよ。ターゲット物質の濃度やホットスポット分子の構造変化等々・・

>>529
まぁ単純に有向グラフで記述できるが個々の相互関係のエビデンスは「今まで
明らかになった実験結果」だけですからそれが常に真であるかどうかの保証が
あるとは言えないところにネットワーク系を懐疑する人は指摘したいのでしょ
うね。

>>532
基本的には還元論的手法ですから。それらの事実を統合して全体図を構築して
もいつまでも不完全なままですので誰もやらないという訳ですわ。

>>536
そもそもパスウェイというのはモデリングにすぎませんからね。で、そもモデ
リングが飛躍的展開に見えるのは実は論文上に無いデータも用いているからと
いうのが実情です。通常は論文に載せるデータの少なくとも3倍のデータ量を
持っていますのでその事実を知らない人にはそう感じるのかもしれませんね。

>>538
ちょっと分かりかねますがその大まかなことは何に基づいて構築するのでしょ
うか?今後のおもしろそうな事実の発見をその全体図の観察から見出したいと
主張しているようですが、まずその全体図自体の信頼性がどの程度保証できる
のかの手法を確立してください。ちなみに従来の実験系を多少非難されている
ようですが全く新しいテクノロジー開発には時間を要すると言っておきましょう

540 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 15:05:20
>>536
どうも君は疑似科学っていうのが好きみたいだけど、パスウェイ云々
っていうのも論文があって誰でも読める場所で発表してあって議論の対象であって
批判したけりゃすればいい代物なんだから、疑似科学とは根本的に
異なるでしょう。もしかしたらそのパスウェイって言うのは間違ってるかも
しれないけどさ。

疑似科学って言うのはそういうものじゃない。マイナスイオンとかEM菌とか
神々の指紋とか、ああいうものを語るべき言葉だよ・・・。

541 :名無しゲノムのクローンさん:05/03/19 19:28:09
>>540
536です。確かに言葉の使い方が間違ってました。
仰るとおりです。

>>539
論文上にないデータを使ってるのですか。。。
それは実験で確かめられた事実で、既存のパスウェイ上に
ないものという意味?それともパスウェイ上の矢印の
大きさとかの情報?

542 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/21(月) 22:45:24
>>541
論文上に一応はあるデータについても
「あのデータは○○の部分は嘘だ」とか
「あのデータ、○○の部分はノイズだ」とか
のアンダーグラウンド追試情報もあったりするからな。

543 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/25(金) 00:23:06
あえてage保守

544 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/25(金) 03:08:29
単にいままでと違った見方を提供するだけ、という考え方でいいんじゃねえの?
データが莫大になったおかげで、誰にも正しい見方がわからなくなったんだから。

545 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/26(土) 19:10:39
バイオインフォでncRNA予測ってあるがあれはどうなの?
miRNAみたいな短いのもあれば、mRNAみたいにより長いのもあると思うんだけど

546 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/26(土) 23:56:27
こんなとこでゴチャゴチャ言ってないで、ジャーナルでも漁れば?

547 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/27(日) 22:28:43
バイオインフォってお金になるの?
研究としては面白いのかもしれんが・・・


548 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/28(月) 23:01:23
何を含めるかによると思いますが、インフォマティクス的部分に絞れば、
数理的研究やシステムやツール開発に絞れば数十億円程の規模じゃないですかね。
人数で言えば、たったの数百人ほど。BLASTとかは大勢使うだろうし、
どんどんバイオ一般との境界が消えていくかもしれないですけど。

549 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/29(火) 14:17:31
>>548
アドバイスどうもです。
ウエット系の学生ですが、バイオインフォマティクス業界に行こうかと・・・
でもお金にはなかなかならないみたいですねえ・・・


550 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/29(火) 17:31:20
>>549
業界入りはやめとけ。
ウェット系だとたぶん後悔することになる。
どうしてもやりたきゃアカにしといたほうがいい。

551 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/29(火) 18:18:52
>550
アカはあまりにも分野が異なりすぎて受け入れてくれる講座があるかどうか。
業界入りはダメですかねえ?
たとえば仕事の内容がサービス系のバイオインフォで
研究とは異なるからですか?
それとも扱うのはパソのみで結局情報系に負けるからですか?



552 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/29(火) 18:20:10
例えば、ナトリウムチャンネルの構造をぶっ込んで
阻害物質候補としてTTXを導き出すほど利口であれば、
良いんだが・・・
創薬inシリコって怪しすぎー。

553 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/29(火) 18:29:51
バイオインフォは独学し易いから、普段はウェットの研究をして
独学してチャンスを伺うとか言うのもいいかも知れませんね。
日本での企業の給料は、多分
バイオ系>情報系
だと思うし。海外では逆らしい。

554 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/29(火) 20:01:27 ID:
だからアカでも怪しい香具師がいるのか・・

555 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/29(火) 20:13:14 ID:
>>553
だけど、職を得るチャンスは
情報系>>バイオ系 だと思うよ

556 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/29(火) 21:59:37
バイオインフォって独学できんだろ?
プログラミングくらいまでじゃない?
それと日本の企業でバイオインフォで採用しますって
ところ多くないような気が。



557 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/29(火) 22:14:19
漏れは自鯖たててやっている。
データベースは非公開。
というか漏洩が恐いからネットに繋いでいない。
ネットはそれとはまた別の鯖で。

558 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/30(水) 16:31:01
過去スレでは話題になってたと思いますが、読んでないので質問。

インフォコムやインテックW&GやNEC・日立・富士通辺りは
オリジナル製品と言うものはどの程度開発しているでしょうか?

他に、バイオインフォの日本企業はどういうのがありますか?

559 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/30(水) 17:56:00
アカで行っていい研究室は?
特に駄目な研究室は?

560 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/30(水) 20:31:30
>>558
それぞれの会社のホームページをみればいいんじゃないのか?
ここで聞かないでも。

バイオインフォに限れば、純粋なオリジナルってのはないんじゃない
のかね。実験や評価システムの構築とか、配列解析やチップ解析を
パッケージ化したものが多いと思う(ソフトやアルゴリズムは巷の
ものを組み合わせて)。

世間では無料のものが出回ってるし、Wetな研究者は有名なソフト
しか使いたがらない。だから、新しいアルゴリズムを作って、
それがいくら性能が良くても、売れないからやらないの。
企業はお客さんに数十万〜数百万の買い物をしてくれないと、
元が取れないんだよ。

561 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/31(木) 09:34:52
>>556
分子生物・細胞生物・微生物学などで採用するってところは
もっと致命的に少ない。ラボの数や出身者の数から考えれば
バイオインフォ圧倒的有利。
しかもバイオインフォは資格がとれる。ウェットの生物屋は
資格がとれないので、修士就職のばあいは8割が営業・開発
・知財などの「事実上の文系就職」になる。

562 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/31(木) 09:36:23
>ウェットの生物屋は修士就職は8割が「事実上の文系就職」
ちなみに残り2割のほとんどは派遣会社登録→実験補助(テク)

563 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/31(木) 10:23:31
ひょえ〜知らなかったよ

564 :名無しゲノムのクローンさん:2005/03/31(木) 12:28:50
>561
バイオインフォの資格って他のスレにあるアレくらいでは?
それとも情報系の資格取れるから有利ってこと?


565 :名無しゲノムのクローンさん:皇紀2665/04/01(金) 16:02:25
>>556
パスウェイデータベースを個人で作ったりするのは無理だと思いますが、
BioXXXとかDPのプログラミングで十分な気がしますし、
数理的手法の勉強と応用を考えるとか言うのはできると思います。

566 :名無しゲノムのクローンさん:皇紀2665/04/01(金) 19:20:24
>>562
たまたま見つけた
http://www.assort.co.jp/kenkyu/
うむむ・・・

567 :名無しゲノムのクローンさん:皇紀2665/04/01(金) 20:50:16
今年も、仲良し同士でヤバイとか言ってるな・・・。
つまんないし、笑えない。

「きゃっとしたデータをそうとうユニークなバイオにする」

いたすぎる。

568 :567:皇紀2665/04/01(金) 20:58:28
ごめん、つい感情的になって書いてしまった。
当事者の人(たち)、すまん。

ただ内輪で盛り上がるのなら、内輪同士でやってほしい。


569 :名無しゲノムのクローンさん:皇紀2665/04/01(金) 21:20:05
笑えないのは事実ですが、個人的には気になりません。
別の話だが、関係ない話題を無理やり科学のテーマに関係させようとする
mixiとかの連中はうっとうしいなと思わないではない。
私は時間を無駄にしたくないので、mixiとは関わらないようにしている。
また、今回の話とは無関係ですが、
情報関連の人間は基礎科学の人より全体に能力が低いような気がするので、
カリキュラムを組みなおして、何年か後に総シャッフルしたらいいと思う。
技術を新しく作る能力が無くて、技術を無理やり社会科学に応用するとか
それ以上できそうに無い人たちが明らかに多いなと。

570 :アイちゃんハァハァハァ:皇紀2665/04/02(土) 02:43:22
>>555
>だけど、職を得るチャンスは
>情報系>>バイオ系 だと思うよ
ハァ?求人情報をサーチしてしゃべくってんのかテメーは
おまいも
「きゃっとしたデータをそうとうユニークなバイオにする」
の仲間か
こんなとこくんな、ボケ


571 :アイちゃんハァハァハァ:皇紀2665/04/02(土) 02:45:05
    ||
 ノ⌒||^ヽ
彡/‖ ̄ ヽ     >>555
 | |`====′
 | |__|
 凵 ##ヽ
 ∪###ゝ
  ^T TT´
   | ||
   「 「 |
   し'し'

572 :アイちゃんハァハァハァ:皇紀2665/04/02(土) 02:45:44
                 ‖
           ___  ‖
       /    `ヽ‖
      ,:'      、ゑ
     ,'    ;  i  八、
     |,! 、 ,! |  ,' ,〃ヽ!;、
      |!| l川 l リへ'==二二ト、
     リ川 !| i′  ゙、    ', ',    >>555
     lルl ||,レ′   ヽ   ,ノ ,〉
       |川'、  ,,.,.r'"    ,,ン゙
        `T"  ! ,/ '.ノ,/|
         /   ,!´ !゙ヾ{ |
          /   ,'   i ゙ ! ,l゙
      ,r‐'ヽ-、!   ',  l|
      {    `ヽ   !  「゙フ
      ,>┬―/   ;  i,`{
     / /リ川'        ', ゙、
    / ,/            ゙、 ゙、
   ノ  /           ', `、
   \_/   ;          ゙、ヽ、
    l__   !        ___〕 ,、l
       ̄`‐┬―r┬‐r'´ `'‐'′
           |  .! |  |
           |  | .|  |
          | j |  !
           |  Y  ,)
           !   〈   /
           |   ! /
          '、 /ー'
            `''"

573 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/02(土) 03:41:09
ウェットの生物屋は修士就職は8割が「事実上の文系就職」
ちなみに残り2割のほとんどは派遣会社登録→実験補助(テク)
 ↓
関連スレ
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1019404285/l50

それでもバイオインフォが将来暗いと思うんだったら
ウェットに転向して博士課程までGOGO!!
いまからでも遅くない。


でも自己責任でね。

574 ::2005/04/02(土) 08:03:49
皆さん、はじめまして。私は>>573お兄ちゃんの妹です。
お兄ちゃん・・・どうして、こんなに他の人たちに迷惑を掛けるの?
なんで、そんなに変わっちゃったの?
昔のお兄ちゃんは、もっと・・・うん、今よりずっと優しかったよ?
誰よりも一杯他人を気遣っていたし、誰よりも先に困っている人たちを助けてあげた。
確かに、目立つような事はしていなかったかもしれない。だけど、私はそんな直向き
で、小さな親切心を決して忘れなかったお兄ちゃんが大好きだった。
昔ね、お兄ちゃんはこんなこと言ったの。覚えてる?
「人は、常に変わっていくものなんだよ。でも、それを怖がっちゃいけないんだ。む
しろ人はその変化を受け入れて、自らの喜びとすべきなんだよ」
でも、今のお兄ちゃんの変化は全然喜べないの。・・・喜べないよ・・・
もし、人が今のお兄ちゃんみたいに変わってしまうものなら、それって凄く寂しいこ
とだと思う。そんなの、喜んで受け入れることなんて出来ないよ・・・。
お願いです、お兄ちゃん。どうか、今一度考えを改めてください。昔のお兄ちゃんが、
そう、私が大好きだった頃のお兄ちゃんが戻ってきてくれることを祈っています。

575 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/02(土) 12:50:27
>>570-572の必死さのほうが不可解だが。
学術板でAAやコピペまで持ち出して暴れるような内容ではあるまい。
生物系の就職が厳しいのは事実なんだし。情報系がどうかは知らんが。

576 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/02(土) 21:52:54
とにかく、バイオインフォは有望な訳ね
そうなると、大学院の枠が少ないのが問題だな

577 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/02(土) 22:45:47
定員割れで大変なんですけど。

578 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/02(土) 22:58:56
数学と生物学の両方の素養のある奴が不足している。
一般的に生物専攻の奴は数学ができない。
一般的に数学専攻の奴は実験ができない。

579 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/02(土) 23:29:30
>>578
転向を促して、現役に頑張ってもらうしかないか。

バイオインフォの講義ノートとかプレゼンテーション資料を見ると、
公式を並べただけみたいのが多いけど、DP辺りはそれなりに分かるけど
概要は伝えるから詳細は独学してくださいってことなんでしょうね。
それだと、生物出身の人がマスターするのは難しいと思います。
(ギャップがありすぎて理解を諦めると思います。)
本当に一通り理解するには、2年はみっちり勉強が必要だろうと思います。

580 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/02(土) 23:44:59
生物出身の人に数学を理解させることは工学部の連中にルベーグ積分を教え込ませることよりも難しい。
数学出身の人に実験を強要せせることはラボの教授にピペットマンを持たせることよりも難しい。

581 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/03(日) 00:15:04
>>569
同意。ネタにしてはつまらん、というのはあるが、別に関係「しなきゃいけない」訳でもないしな。
>>580
両方やろうとしたら、どっちもいまいちな中途半端な奴の出来上がり(漏れ orz)
とかくこの世は生きがたし。
現実的には、学部時代に情報系は2部ででも専門教育受けてもらう、という辺りか。
#生物系の2部って、情報系の2部より少ないという印象がある。

582 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/04(月) 00:29:19
573 >>576
なにをいうか。
「大学院の枠が少ない」(人材供給源が少ない)から
就職が売り手市場なのではないか。

>>581
一部の奴が普通に終夜営業で実験したりするからな。
二部で生物系しても、結局昼間も実験しなきゃ格差がう
まらん。(そこまでして就職ないんだから、ウェットなんて)

583 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/04(月) 01:24:15
両方の知識が云々って言ってもそんなに大した話じゃない。今のところはシステム構築のときにSEとして業務知識が要求されるっていうだけ。他の分野と何も変わらない。

584 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/04(月) 02:11:54
ようするに「二足の鞋」なわけだろ?
文系にはそんなやついっぱいいるぞ
会計士と宅建もってる香具師とか
簿記と司法書士持ってる香具師とか

585 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/04(月) 11:58:43
生物と情報科学の能力に下限を決めるのに資格は良いかも知れないですね。
上限はそもそもないですけど。
現時点では、
生物の能力は生物学者とほぼ同等、情報科学の能力はSEとほぼ同等
と言う人が多いようですね。
それで十分と言う意見と、情報科学者並の能力が必要と言う意見があると。
たまに、生物の知識が全く無い人も居ますが。

586 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/04(月) 17:18:50
生物学の最低知識をTHECELL全章理解として
情報学の最低知識を何とするか?

587 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/04(月) 20:40:03
カリキュラムと無関係な人が、2chに書いてもしょうがないか…

> 生物学の最低知識をTHECELL全章理解
見聞きした感じ、必ずしも"マスター"はしてないようです。
もちろん研究領域の論文は一杯読まれて研究されていますが。

既出ですが、
バイオインフォマティクス教育カリキュラム
http://www.jsbi.org/society/curriculum.pdf
基礎部分の書籍
http://www.bi.s.u-tokyo.ac.jp/japanese/schedule/16/files/Hagiya_2004_4_28b.pdf
これを見ると殆ど情報のことしか書かれていませんね。
生物の学部卒を前提にしているみたいですね。

最低知識としては上記書籍同等のマスターで妥当な気がします。
MPIは不要だと思いますが。

588 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/04(月) 21:01:06
>>585

下限もないし、設定する必要もないけどね。

要はjust in timeに色んな分野の知識を扱えればいいだけ。



589 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/04(月) 22:05:41
>>588
同感。

あと、何かあったときに、そういえばこんな話があったなぁとか、
あの人に聞けば分かりそうだとか、あの本に載ってそうだとか、
そういうリンク先だけ知ってればいいと思う。

セルとか、マスターする必要はないだろ。
生物って積み上げ型の学問じゃないんだから。


590 :アイたん ハァハァハァ:2005/04/04(月) 23:08:32
>>1-589
要するに、
バイオインフォは
クズの掃き溜め
分かった?

591 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 01:22:44
ちょっと疑問なんだが
The Cell 全理解とかいってるけど、
The Cellってしょせん「分子生物学」の教科書だろ?
そりゃ大学院入試には出るけどさ、別に神聖視するほどの
本でもないだろ?ダーウィンとラマルクとドーキンスと木村とか 読んだほうがいいんじゃ
ないか?あとジャック・モノーと。

592 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 01:27:51
>>584
二足のワラジにも、いろいろあるだろ。
いわゆる生物学者の中でも、物理をベースにした生物物理や
化学をベースにした分子化学系からの分子生物学の人間はさて
おいて、本来の生物学ってば、理系ってよりは、小さい頃から
ペットをかったり虫めでる姫君だったりした人たちがなるもの
であって、一方の計算機屋系ってのは、ちっさいころから、
ラジオだのマイコンだのっていってた人間で、まるっきし
違うわけよ。文系の複数の資格もってどうのこうのとは違う。
やっぱし、生物プロパーな人ってば、虫めでる姫君系な人が
多いんじゃないの?
そういう人に、微分方程式もからめて、バックプロパゲーションの
どうのこうのとか、って無理な話っていう気がするね。
逆に計算機屋が実験やるっていうのもかなり無謀なときが多いのだろう
けれどさ。だから、両方やるのは、大変よ。おれは、っつうと、実験
器具にはいっさいふれないっていうのを鉄則にしているね。壊したら
悪いしさ。

593 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 01:31:42
>>592
いや、592が言ってるのはステレオタイプの極論だと思う。
もっと柔軟にしなやかにやっていける人間だけが
二足のわらじを履けるんだとおもう。
もちろん難しいだろうけど、生き残るためには必要なのでは?
極論に固執してても生産的な議論はできんだろ。

594 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 01:37:07
まあ、単にコード書けるってだけででかい面するのは今時みっともないからやめとけ。

595 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 01:39:31
へ ノ  y /ソ /
ヽ v|ト レ/_/ヘ_ヘ
ヽiiヾi;ii//ヾ゙
 |;i:;.|:;|
 |:;i;.|i;|
 |::.;.|.;|   ∧ ∧    / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 |;;i;:|::|   ( ゚Д゚)  < 逝ってよし そう言うお前が 逝ってよし
 |::,.i|;i|   |σ[] ∬  \________________
 |;:;.:|.:|   ι⊃⊃旦
""" '"""""'""""""'""""''""""'"""

596 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 01:42:00
   ∧_∧  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ( ´∀`)< オマエモナー
  (    )  \_____
  | | |
  (__)_)


597 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 01:46:32
極論に固執して「新たな潮流」を頑なに否定するのは、自分の能力の限界が見えてて保身に走った人の行動様式。



598 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 01:50:04
Cellに未確定のことは沢山書かれているよ。

599 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 01:51:23
同意。
痛加、境界領域なんだから、新しいことやらなきゃ損だとおもうんだけど。
エスタブリッシュした領域とはちがって、新しくなければすぐ淘汰されるんだと

600 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 01:52:48
自分は、目の前の仕事と、年単位の計画立てて毎日少しずつ勉強をしてる。

601 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 01:54:19
| 私たちって生物屋なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | SEくずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


602 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 13:01:22
>>591
セルは生物学の基本事項ポータルですのでこの程度のことを
理解できないようでは話にならないのですよ。
> ダーウィンとラマルクとドーキンスと木村とか 読んだほうがいいんじゃないか?あとジャック・モノーと。
そのような教養書は暇な時間に読めばよろしい

603 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/05(火) 22:51:20
| 私たちって情報屋なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 研究者くずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


604 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/06(水) 00:37:30
>>602
ヒマを_作って_読んだ方がいい、と思うと言ってみる。

605 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/06(水) 01:10:32
| じゃあ、私たちって一体何なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 人間のクズよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


606 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/06(水) 01:11:50
バイオインフォマティしゃん
哀れ


607 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/06(水) 03:05:48
>>602
> そのような教養書は暇な時間に読めばよろしい

「決まったぜ、俺」とか思ってるんだろうなあ。

でもって自分の口臭に気付かない歯槽膿漏患者とおなじように
自分のDQN臭には永久に気付かないんだろうなあ。

608 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/07(木) 09:44:53
>>591
今更の古典だし、読んでて楽しい人が読んだら良いんだと思うけど。
教養なんて今どきの人に求めてもしょうがないでしょうよ。

個人的には読んでて楽しいから、その辺は読んでるけどね。
シュレーディンガー、メンデルから、グールド、カウフマン、アトキンスなど、
まぁ、興味あるなら本屋さんに行けばいくらでも見つかるよね。

実際に研究するならセルくらいは読んどけって意見は納得だし、
そんなにむきになるような問題かな?

609 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/08(金) 01:50:06
| 私たちって生物屋なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
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   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | SEくずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====

610 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/08(金) 01:50:37
| 私たちって情報屋なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 研究者くずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


611 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/08(金) 01:51:59
| じゃあ、私たちって一体何なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 人間のクズよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


612 :249神:2005/04/08(金) 01:52:39
名スレの悪寒

613 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/08(金) 02:33:49
>612 オマエ誰?

614 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/08(金) 08:16:57
ただの誤爆では。

615 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/08(金) 09:03:49
なっちゃんの時みたいな?

616 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/09(土) 00:55:07
| ねえ、ここって粘着おおくない?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | どこの板も一緒よ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


6


617 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/10(日) 14:53:59
荒しも粘着も多いよ。7までずっと。

618 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/10(日) 19:10:54
仕事に恵まれてないんだろうね

619 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/10(日) 22:02:45
放置しとけばいいんじゃない

620 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/10(日) 23:19:33
他人のやってることにいちいち文句いいたくなってきたら、メンヘルのはじまりだよな

621 :アイチャンハァハァハァ:2005/04/11(月) 22:35:39
>>620
なにぉーボクチンは客観的に見てオスだし、自分もそう思っているぞぉ!

622 :ボクチンハァハァ:2005/04/12(火) 01:45:48
>>620
>なにぉーボクチンは客観的に見てオスだけど、廻りはメスモドキだと思っているぞぉ!


623 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/12(火) 15:35:59
アイチャンって何ですか?業界の有名人ですか?
だれか教えて

624 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/12(火) 23:16:18
愛ちゃんの写真
itoshi.tv/d/images/20050218_1.jpg

625 :アイチャン萌昇格:2005/04/12(火) 23:43:05
>>624
(・∀・)イイ
アイチャン ショタ系 ハァハァハァ
サッソク カベガミニシマスタ

626 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/13(水) 00:25:58
実物見てがっかりしないで下さいね。

627 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/15(金) 00:51:14
ほしゅ

628 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/15(金) 13:56:17
一般的な話ですが、論文や学歴が無い状態で、
独学で得た自分の技能を示すのに良い方法は何でしょうか?
例えば、自然言語処理一般やHMMやベイジアンネットワークを極めているとか。

629 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/15(金) 15:55:38
>>628
たしかバイオインフォの資格があったはずだが?

630 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/15(金) 16:46:23
そう言えばそうですね。一般的な知識の証明にもなりますし。
一級ができればありがたいです。

631 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/15(金) 20:28:07
>>628
知識を駆使したオープンソースソフトウェアの開発

632 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/15(金) 22:22:41
分子生物学を知っている方、時間のある方教えて下さい。

VNTRやマイクロサテライトは未知遺伝子のゲノム上での
位置を推定するために利用されてきましたが、これらのマーカー
(SNPsも)自体はどのようにゲノム上にマッピングされたの
でしょうか?制限酵素による制限地図は異なる酵素による
断片の重複部位からゲノム上にマッピングできることは分かり
ますが、それ以降の詳細な地図に用いられたマーカーについて
教えて下さい。




633 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/15(金) 23:35:22
単にsequencingの結果からじゃない?
それが多型性があるかどうかは別だけど。

634 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 00:16:44
Genomic DNAをBamHIで切って流してみればわかるってさw

635 :アイチャン萌昇格:2005/04/16(土) 00:49:35
おいおい、ホントにバイオインフォ板か。
ホントに低脳共が集う板だな。
632はネタかもシレンが633と634中途半端なレス返すな。
低脳ッぷりをアピールするだけ。

アイチャンに代わってお仕置きしますた。

636 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 01:19:20
また口だけ野郎か・・・

637 :アイチャン萌昇格:2005/04/16(土) 01:34:32
>>636
すみませんでした
でも、脳なし野郎に言われたくないね
およそ、貴様のような低脳が嬉々としてカキコするんでこの板終わってるよ。

こっちの板に逝ってくれ
http://www.globetown.net/~hataboubou/tvtop.htm

638 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 11:18:13
>>633
レスありがとうございます。
私も単にシーケンスしたのかと思っていました。
ただ、これらのマーカー(特に初期のVNTRなど)はゲノム配列
の詳細が不明の生物、あるいは現在は配列決定されたが当時は
不明であった生物にも用いられてきたように思います。
ですから、既知のタンパク質から塩基を推定し、その塩基を
プローブとしてゲノム中の遺伝子位置を調べ、その前後領域の
マーカー情報を長年蓄積してきた、ということでしょうか?

分子生物学よりの質問で申し訳ないのですが、
インフォマティクスにとっても本質的な事項だと思います。
遺伝子探査に関わってきた方、あるいは参考になるサイトを
示してくれる方、助言お願いします。

639 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 11:39:50
ゲノムをBamHIで切ると4kb付近に比較的濃いバンドが出るつうことだよね〜
これが「中程度反復配列」なんだっけかw ほかにもあるけどな

640 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 11:41:05
自然言語処理による文献検索なんて現状としてどうよ?

641 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 11:48:54
>640
面白そうだね。
どこがやってるの?

642 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 12:33:24
>>641
どこに面白さを感じているの?

643 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 12:43:19
情報処理学会の会誌に特集があったね。
新領域のTさんとKさんに業績が載っていた。
あの人達が主流なのでは?
他はカスなのか?

644 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 13:33:10
そんな事より1よ、ちょいと聞いてくれよ。スレとあんま関係ないけどさ。
このあいだ、火星行ったんです。Mars。
そしたらなんか人がめちゃくちゃいっぱいで住めないんです。
で、よく見たらなんか旗たってて、アパート分譲中、とか書いてあるんです。
もうね、アホかと。馬鹿かと。
お前らな、分譲如きで普段来てない火星に来てんじゃねーよ、ボケが。
分譲だよ、分譲。
なんか親子連れとかもいるし。一家4人で火星移住か。おめでてーな。
よーしパパ マンション買っちゃうぞー、とか言ってるの。もう見てらんない。
お前らな、マンションやるからその土地 空けろと。
火星ってのはな、もっと殺伐としてるべきなんだよ。
隣に住む奴といつ布団たたき合戦が始まってもおかしくない、
刺すか刺されるか、そんな雰囲気がいいんじゃねーか。女子供は、すっこんでろ。
で、やっと住めたかと思ったら、隣の奴が、やっぱり地球がいい、とか言ってるんです。
そこでまたぶち切れですよ。
あのな、地球なんてきょうび流行んねーんだよ。ボケが。
得意げな顔して何が、地球、だ。
お前は本当にあそこが良いのかと問いたい。問い詰めたい。小1時間問い詰めたい。
お前、地球温暖化がなつかしいだけちゃうんかと。
まぁ、太陽系通の俺から言わせてもらえば今、太陽系通の間での最新流行はやっぱり、
月、これだね。
月でニート生活。これが通の住み方。
月ってのは地球に近い。そん代わりあんまり帰れない。これ。
で、それに地球と戦争(ガンダム)。これ最強。
しかしここに住むと一生地球に帰れないという危険も伴う、諸刃の剣。
素人にはお薦め出来ない。
まあお前、1は、タイタンでも観光してなさいってこった。

645 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 14:14:37
何かというとLISP、LISPとうるさい言語オタの助手がいるのですがどう思われますか。
どの言語を使ったって書けるものは書けるんだし、自己満足以上の意味はないと思う
反面、レベルの低い言語しか使えない奴には分からないとか言われると、そうかも
しれないという気もするし。

646 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 18:46:25
なんでもいいんでないの。
ただ、今時アセンブラみたいな低レベル言語ははやらんわな。


647 :645:2005/04/16(土) 20:39:11
僕もそう思うんですけど。極端なこと言えば、あらゆる言語はチューリング等価なはずですもんね。
だからライブラリが充実してる言語、つまりメジャーな言語の方が強力なはずだと言ったんですけど、
低レベルの言語しか使えない奴にはこの境地は分からないだろな、とか言われちゃって。

648 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 21:05:51
どんな言語で書いたかではなく、どんなコードを書いたかを誇りなさい

649 :科研費審査官:2005/04/16(土) 21:26:08
ドライ系出身の人間がコードを書きつらねて満足している、
独りよがりのバイオインフォに憂いている。
そういう道具を、
研究者に使ってもらえるものこそ
評価される。
研究費をもらっている以上、
国民の利益になるような研究をしてほしい。

650 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 21:33:12
独りよがりの研究者に使ってもらえれば、それで良いのでしょうか?

651 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 21:33:36
>>649
>国民の利益になるような研究をしてほしい。

別にバイオインフォのみに当てはまる話じゃないんだが。

652 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 21:47:21
>>649
お前は自分の研究がいかに無価値か自覚がないんだろうな
エラい人はそんな発言しない

653 :649:2005/04/16(土) 21:55:04
>>652
煽ってみただけ。
実際、研究の片手間(勤務時間内)に、口だけで「バイオインフォ」「バイオインフォ」と
騒いでいる奴を見るにつけ、本業の仕事を進めろよって思う。
>自分の研究
スマソ、自分は研究者のようで、研究者ではない。テクニシャンではないけど微妙な立場。

654 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 21:56:44
>>653
うんうん。微妙な立場じゃないとそんな偉そうな発言できん罠。

655 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 22:09:03
バイオインフォマティクスは、メタボローム解析にも使う。
例えば、生物から抽出したサンプルをGC/MSで分析すると
何千、何万という化合物が検出される。
そのようなサンプルが何百個もあったとすれば、見るべき化合物の
延べ数は途方も無い数になってしまう。
実際、
病気の人から取った血液100人分と、正常な人から取った血液100人分
を質量分析にかけて、5000種類の化合物についてそれらの量を統計学的に
解析し、どのような化合物種について違いが見られるかを 知ろうとする時に
有用。それにより、さまざまな病気について、病気と化合物の検出パターンを
関連付けておけば、病気の診断が格段に短縮できる。
検査結果がでるのに1週間かかる所が1時間で終わるとか。

これなら文句はないでしょうか

656 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 22:31:51
目論見書に虚偽の記載

657 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 23:08:42
>>656
おれは655を信じる。

>>655
その事業構想に投資したい。

658 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/16(土) 23:36:34
>>655
アメリカでその手の嘘研究があったな

659 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/17(日) 00:09:47
>>658
統計的に有意な結果が出せなかっただけなのでは。
金かけりゃ、それなりにデータは出ると思うよ。
ただ、その金額が問題だが。
自分の全財産(\4マソ)で賄えるかどうか。

ところで、自称「ウェット系だけどバイオインフォマティクスできる研究者」は、
MacOSXの使い手が多いのだけど、これはユーザの年齢のせいでしょうか。
Macintosh = 高齢研究者が好んで使うパソコン
値段からして、合理性に欠けるのですが。
彼らはわざわざ高額なパソコンを購入することで、
年度末の予算を消化しているのでしょうか。
国民に是非周知徹底したいものですな。

660 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/17(日) 00:35:50
>>659
つか、金かけりゃデータは増えるが、意味のないものは
いくら集めても意味ないよ。測定機器そのものに問題アリ
だからこっちを先ずどうにかしないと。

>Macintosh = 高齢研究者が好んで使うパソコン

パソコンに関してはそうだな。
でも、アップルはサーバーにも力入れてるし、
こっちはそこそこリーズナブルなプライスだけど。
PCクラスタの代わりに検討する価値はあるよ。

661 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/17(日) 01:17:11
>>659
自分が前に聞いた話では、昔はMacはウェットで主流だったのだと。
だから、いくらWinやLinuxがどうであれ、使い馴れた分、乗り換える
気にならないのだと。新入生も、そういう研究室に入ったら、Macを
使わなければ仕事にならないから、結局はMac使いになると。

で、そもそも、その昔Macが人気があった理由は、
・ドロー系のソフトがMacが断然よかった
・(以前は)Mac向けDNA解析ソフトがいろいろあった
ということらしい。


662 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/17(日) 02:27:51
MacOSXは、Officeが使えて、UNIXのツールも使えますからね。
Windows上で複数OSを使うのも(速度より利便性重視の)開発者的には良い。

663 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/17(日) 12:56:54
WindowsでMATLABやJavaやら使って、MS分析結果をこねくり回してますが
今の所、別に困ってない。
この分野やってて一番困るのが、データ多過ぎて ノートパソコンのHDに
入りきらないことかなぁ。

664 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/17(日) 13:04:31
>>663
・2.5inchHDDってそんなに容量すくなかったっけ?
・MS結果ってテキストだけなら、コンパクトだと思われ
・どこのメーカのMS? MSからのデータを吸い上げるだけなら、MS付属のソフトがあるはずだが。(MATLAB知らない人より)
・今どき、USB外付けのHDD安いよ。教授も渋るような値段でないし。お勧めだが。


665 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/17(日) 21:40:27
>>660
アップルのサーバーについて詳しくおしえてください。
クラスタ組んでもミリネットとの相性がイマイチだという
うわさきいたのですけど

666 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/18(月) 01:56:01
>>659
> 値段からして、合理性に欠けるのですが。
状況によるかと。
個人用WSに、メモリがたっぷり欲しいから64bit/dualマシンでGoGo、なんて話なら、PC/ATマシンも安くないし難しい。
ウチのラボでは、MacG5はなんとか仕事できてるけど、Dellのx86-64の人(ってか、漏れ)はRHELに苦しんでる。
オプテロン+suseならすんなり行くという話をよく聞くが、あれはそう安くない。
Winな人でも、実験系の人の「感染シマスタ」は後を断たん(いや、よその話・・・のハズ)

ケースバイケースでいいんじゃないの?

667 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/23(土) 01:57:38
いくら何でも落ち過ぎage

668 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/24(日) 00:28:51
助手公募だってさ
http://dna.c.u-tokyo.ac.jp/

669 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/24(日) 05:56:44
> 個人用WSに、メモリがたっぷり欲しいから64bit/dualマシンでGoGo、なんて話なら、PC/ATマシンも安くないし難しい。

G5とIA64に要求してるものの中身が違いすぎるのに単純比較しても仕方ないと思うが?
G5と比較するならPen4-3G程度がいいとこでしょう。Opteronだってそう。
Macのいいとこは静かなところとデザイン。
PC-OSの操作性・利便性とUn*xの両方が使えるという人もいるが、
そういう人ってUn*xの方は学習用にしか使ってないから。

670 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/25(月) 01:06:38
G5ってIA64なみに速いわけじゃないの?
IA64だってクラスター組んだらうるさいしなかなかに不安定だし

671 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/25(月) 18:56:49
G5がIA64なみに早いと思ってるってことは、林檎社の宣伝にのせられてるってことですな。
ま、今一番はやいのはAMD64です。

672 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/25(月) 20:31:26
2004.10.26
AMD から Athlon64 FX-55 (2.6GHz) のスコアが公開される。
SPECint2000 が 1,854 となり、 Petnium4 w/HT EE 3.4GHzを越えて全アーキテクチャー最速に踊りです。



673 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/26(火) 00:50:31
板ニウムのほうがはやいでしょ・・・・AMD64だめぽ

674 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/26(火) 02:17:26
板ニウムは将来性ないでしょ。SPECintはAMD64にかなわないし。

675 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/27(水) 01:40:33
SPECintで、しかもデータサイズが小さいときにだけ、ハイスペックがでるのがAMDだって
いうのがもっぱらの評判だね。
データ数が多いbioinformaticsにおいては、Xeonが圧勝ってかんじです。
ところで、そこで、G5っていう選択肢はあるのかしら?

676 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/27(水) 02:37:54
AMDも独自の高速コンパイラ発表すればいいのに
ifc / ifortはやっぱり速いよ!

677 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/27(水) 23:54:11
先々月辺りの日経LinuxでMacMiniにLinuxをインストールしたら、
確か、2割位DBの速度が向上したって記事があったよ

678 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/29(金) 00:54:57
何に対してどう二割なのかビミョウなかきかただなあ・・・
林檎社の宣伝っていつもそうだよね。直接対決をさけてるみたいな。
AMDみたくSPECInt一点豪華主義、見たいなほうがまだわかりやすい


ところでペンチアム4EEどうよ?
キャッシュでかっ! FSBはやっ! でも値段ありえねー

679 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/29(金) 23:33:00
デュアルコアまでは、AMDでメニーコアコアからIntel推しの予定。
10年後には、100倍パソコン早くなる予定だから、
システムバイオロジ系(の技術)が重要になる予感。
少なくてもプログラミング言語を作れる技術は付けて置かないとって思ってる。

680 :名無しゲノムのクローンさん:2005/04/30(土) 09:48:50
ウエットからバイオインフォに移った方いますか?(企業含)
プログラミングなどを一から自力で勉強するのって可能でしょうか?



681 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/02(月) 01:41:07
>>680 完全独学はやめておいたほうがいい。
夜間に受けられる専門学校か通信教育さがしたら?

682 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/02(月) 04:56:27
>>675
> いうのがもっぱらの評判だね。
>データ数が多いbioinformaticsにおいては、Xeonが圧勝ってかんじです。
 >>677


>>680


683 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/02(月) 05:01:00
既出だけどbioperlに未来はないよ。
クラスタリングにも未来はない。シミュレータにも未来はない。
では一体なにが来るのか。
それは教えない。

684 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/02(月) 16:04:26
ヒントをくれたまえ

685 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/03(火) 00:08:48
ヒント:
文系就職

686 :680:2005/05/03(火) 10:02:01
<681
専門学校や通信教育ってあるのですか?
今年はバイオインフォをされている企業は軒並み赤字のような・・・
果たしてバイオインフォに未来はあるのか??


687 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/03(火) 11:09:47
プログラミングは十分独学できるよ。
コンピュータサイエンスは難しいが必要度は低い。
(企業では、バイオ+プログラミングが中心と思う。)
と言っても、毎日2時間程勉強に時間を取るのも難しいだろうけど。
実際のところは、就職してからやれば十分。

688 :680:2005/05/03(火) 14:44:04
<687
どうもです。
うーん、プログラム学び始めて二ヶ月ですが
中々できるようになりません・・ 
独学でまなんだ方、企業でバイオインフォやってる
ウエット出身の方いましたらアドバイスお願いします。


689 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/03(火) 21:58:14
就活してバイオインフォやってる企業はいったら?
バイオインフォやってる部署に配属されるかは知らんがww


690 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 01:54:42
> 既出だけどbioperlに未来はないよ。
biorubyはもっとないよな〜

>クラスタリングにも未来はない。シミュレータにも未来はない。
へー

>それは教えない。
(知らないのに教えないってなに?ヒソ)

691 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 01:58:18
>>688
何をどうやりたいのか、簡単なアウトラインだけでもかいてみれば?
プログラム学び始めて・・・なかなかできるようになりませんといわれても
個人の目的や向上心、習熟度はまったくちがうのだから、なんとも言いようがないよ。

私の場合はプログラム学び始めてひと月で一応簡単なのは出来るようになったよ。
時には朝8時から夜12時までやってたけど、苦になるどころか時の経つのが速いことに驚いたもの。

692 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 01:59:34
>>687
> (企業では、バイオ+プログラミングが中心と思う。)
いまやバイオインフォ専業のラボが巷にあふれているので、
企業もそんなに甘くないのでは?

693 :ウエット出身:2005/05/04(水) 09:14:46
もしくはワシのようにプログラミングやってくれる奥さんと
ケコンすればOK.もっとも良い奥さんもらうためにはチ○コ鍛えておく必要があるが。

694 :680:2005/05/04(水) 10:10:23
プログラムに関してはまだまだ修行がたりません。
もっと精進します。
参考にしている本などありましたらお願いします。
プログラムやバイオインフォなどなんでも。





695 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 10:22:43
貴方自身は、どんなことならできて、何が出来ずにいるの? 言語はなに使ってる?
せめてその辺をかかないと。

私が参考にしたのは man perltutとかman perlfuncとかperldoc IPCとか

本気でプログラミングをするなら、基本アルゴリズムは全て勉強する必要がある。
基本アルゴリズムは・・・まあいっか。どの教科書にも書いてあるよ。

696 :680:2005/05/04(水) 11:39:59
今現在JAVAの勉強をしています。
今後一番用いられそうな気がするので。

<何が出来ずにいるの?
すいません、一から勉強しているだけです。
将来的にはシミュレーションしたいです。
企業では難しそうですが・・



697 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 12:08:32
>>694
とりあえずオライリー(英語)のやつ全部とCSHLからリリースされてるやつを嫁

698 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 12:11:06
>>695
> 本気でプログラミングをするなら、基本アルゴリズムは全て勉強する必要がある。
否。データ構造への深い理解の方が必要。

>>696
Javaは仕様的に演算系処理が腐ってるので捨てが賢明。

699 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 12:53:15
Javaのこの本は結構良かった。
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4777510069
Javaはアルゴリズム的なのより、Webシステムに使われたりはしてる。
シミュレーションは何か良い本があるかね?

700 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 13:01:55
どう考えてもwebシステムはPHPだろ。

701 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 14:30:11
システムバイオロジーの本なら日本語で2冊あった。英語はもう少しある。
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4431709169
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4879622400
後は、著者のWebとかシミュレーションとかゲーム開発の本とか・・・
俺も面白そうなので少しずつ勉強してみる。言語は何でもいいな。

702 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 15:01:39
シミュレーション系ってe-cellとパスウェイアプリだけだろ?w

703 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 15:23:11
後は、DNAコンピュータ辺りですかね。追加
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4431708154
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4563015490
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4627850212
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4521610315
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/0306479931
まあ、趣味で読もうかと・・・

704 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 16:36:58
>>698
詳しく。

705 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 20:03:04
シミュレーションといえばfoldingとdockingとMDとFMOじゃないわけ?
一応広義のbioinformaticsなわけですが。
docking simulationに関しては、今後の製薬企業において一番需要があると思うのですが。

706 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/04(水) 21:31:06
>>692
> > (企業では、バイオ+プログラミングが中心と思う。)
>いまやバイオインフォ専業のラボが巷にあふれているので、

 値段が高いしなかなか融通が利きませんよ。データ処理とかなら
何をやりたいか延々と説明して疲れ果てるよりも、自分で少しずつ
組んでしまった方が全然楽だと思います。


707 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/05(木) 00:23:41
シミュレーションもいろいろだなあ。
いずれにせよ、演算速度系だからJAVAという選択肢はないだろうな。

上の方でアルゴリズムよりデータ構造とのたまったヌケサクがいるが、
受け売りでシッタカはよくない。

708 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/05(木) 00:53:02
というか、アルゴリズムとデータ構造はセットで考えるべき。
お前らウンコプログラムしか組んだこと無いだろ。

709 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/05(木) 07:41:25
>>707
君はOOPを知らないのかね。御愁傷様。

>>708
もちろん一蓮托生だが主従関係でいえばデータ構造が主になる訳ね。

710 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/05(木) 20:46:41
で、将来お金になるのかね?w


711 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/05(木) 22:01:59
所詮ポストゲノムなんて単なるコジツケだよなぁ〜w

712 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/05(木) 22:11:03
バイオインフォマティシャンとかとってつけたような名前止めて欲しい。


713 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/06(金) 00:17:03
名前がついてるだけまし、だろ

714 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/06(金) 01:22:24
職業:バイオインフォマティシャン

m9(^∀^)プギャ――ッwwwwwwwwwwwww

715 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/06(金) 03:00:01
バイオインフォマテクニシャン

716 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/06(金) 03:04:45
バイオインポ

717 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/06(金) 03:59:57
幹細胞でティムポ補強

m9(^∀^)プギャ――ッwwwwwwwwwwwww

718 :バイオインフォマティスト:2005/05/06(金) 19:54:25
| 私たちって生物屋なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
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   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | SEくずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


719 :バイオインフォマティスト:2005/05/06(金) 19:55:14
| 私たちって情報屋なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 研究者くずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


720 :バイオインフォマティスト:2005/05/06(金) 19:57:00
| じゃあ、私たちって一体何なのかしら?
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   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
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   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 人間のクズよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


721 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 00:27:40
たしかにバイオインフォマティックスグループのボスって素性
が怪しい人が多いな。
そのグループの教授なのに過去にバイオに関連するデータ分析
の業績が全くないとか・・
単純に人を集めれば結果が出ると思っている道楽オヤジとか・・・

722 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 02:33:18
>>721
多いって何人?

723 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 02:56:28
つーか、バイオインフォマティクスって1990年代半ばに
確立して、まだ10年たったかどうかってところ、当時若手
で、研究やっていた人って、いま、40代半ばぐらい。
それよりも、年齢いった、50代とかの教授だと、自分の弟子
としての、助手や助教授に仕事やらせていた程度で、プロパーが、
バイオインフォマティクスってことはあり得ない。

724 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 03:17:16
そもそもバイオインフォの業績というものがないよ。
アーキテクキャのインフラ(含むクラスタリング)と
既存アルゴリズムの流用と博物学的なデータベース管理ぐらいだね。
あぁシステムバイオロジーなんてAIやALのパクりなんだよね。
これらは業績にならない。遊び場の構築・提供にすぎない。
「インフォ」の名に恥じない何かを生み出せよな

725 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 09:50:57
「バイオ」の名に恥じない何かを生み出せよな。

726 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 11:08:07
クラスタリングネタばかりとかね。
「SVMしかネタがないのか?」みたいなグループとか・・

727 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 14:36:38
文句言ってるヒトに聞きたいんだけど、どういうことをしたら業績になるのかな?
分子生物学の研究って、枚挙的・後追い的なものが圧倒的に多いと思うのだけど、
そちらは良くてバイオインフォだとダメな理由もつけてもらえると問題点がクリアで
建設的なのじゃないかな。

728 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 14:51:35
>>727
だからCNS以外は業績にならないと何度いえば分かるんだ?
これまでの重要な業績は例外なくCNSに掲載された論文だけだろ。
バイオインフォでCNSはあるのかな?w

729 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 15:17:16
>>728
ひどい釣りだなぁ。
絶対数は少ないけど、そこそこあると思うけど。
君が無知なだけでしょw

730 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 15:41:20
>>727
>そちらは良くて
誰もそちらが良いとは言っていない。
どちらも目糞鼻糞。

731 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 15:44:12
>>どういうことをしたら業績になるのかな?

あなた冴えないバイオインフォ屋さん?
ネタくらい自分らで考えなよ。

732 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 15:46:42
>>726
たしかに毎年データだけ変えてSVMでクラスタリングという香具師を見かける

733 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 15:48:43
バイオインフォといえばコレだ!という代表的な論文をPMIDで3つ上げなさい。

734 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 15:55:17
>>732
SVM使ってクラスタリングなんて初耳です。

735 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 15:56:26
>>734
勉強不足

736 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 15:56:58
>>735
え、釣りw?

737 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 16:20:20
From a medical or biological point of view, Bioinformatics can be regarded as a tool, which can make researches more interesting. Such an idea, however, should not be interpreted as an insult to Bioinformatics.
Technology forms the framework of our life. So does Bioinformatics.

738 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 16:28:25
SVMはsupervised learningの方法であって、unsupervised
learningに属するクラスタリングとは別概念だから、引っかかる人は
そこが気になるんだと思う。もっとも、SVMを使って
クラスタリングをする方法もなくはないようだが。
>>732がいってるのはたんぱく質の分類の話かな?

>>737
どっかからの引用だと思うけど、至極まっとうな意見ですね。

739 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 16:49:38
ところでE-cellってどんな成果あがってんの?
やたら金と人をつぎ込んでるらしいことは知ってるが。

740 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 17:21:48
>>726
結局何の研究基盤もない香具師らが集まって"Bioinformatics"を
やっているふりをするからだよ。
「これが流行っている」となれば、何とかの一つ憶えのように
そればかり使ったりとか・・
実際にそんな深く考えていないんだよな。


741 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 18:02:05
このスレって4人くらいしかいないでしょ。

742 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 18:07:24
>>741
    ,一-、
     / ̄ l   / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
    ■■-っ < そんなわきゃあない!
    ´∀`/    \______________
   __/|Y/\.  
 Ё|__ | /  |
     | У.. |

743 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 18:13:12
>>740
方法について言及しないで分類できたことだけを喜んでいるとか?

744 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 18:15:39
ググりさえすれば容易に得られる知識群をそのまま研究成果にしていたりとか?

745 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/07(土) 18:18:47
アノテーションのエビデンスのためのデータがアノテーションのオブジェクトデータとかねw
純粋数学の証明で証明内では証明すべき命題を使うことは禁則という事実を知らないアホマティシャンがいないとかねw

746 :誇り高きバイオインフォマティシャー:2005/05/08(日) 01:27:43
| 私たちって生物屋なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
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   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | SEくずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


747 :誇り高きバイオインフォマティシャー:2005/05/08(日) 01:31:06
| 私たちって情報屋なのかしら?
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   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
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   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 研究者くずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
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748 :誇り高きバイオインフォマティシャー:2005/05/08(日) 01:55:16
| じゃあ、私たちって一体何なのかしら?
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   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
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   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 人間のクズよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
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 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


749 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 04:17:40
別に自虐的になる必要は無かろうて

750 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 10:53:21
いつもの粘着君だろ。
そんなにバイオインフォが嫌いなら来なければいいのに。

751 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 15:55:44
databaseくらいだね

752 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 16:37:13
ageてる奴が同一人物にしか見えない件について

753 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 16:51:20
>>750
しかしながら痛いところをつかれている

754 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 18:50:39
>>753
残念ながら君の指摘は的はずれだけどね。
外野からのヤジには説得力がないよ。

755 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 20:11:43
>>754
必死だなw
関係者か?

756 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 20:26:05
>>754
君はどんな業績を出しているの?

757 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 20:53:25
あのさあ、煽りたいだけだったら余所でやってくれないかな。。

758 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 21:08:13
>>757
質問に答えろ!莫迦
シーケンス解析、DB運営、蛋白立体構造解析
それって、サイエンス(科学)?
コンピュータ厨はお家へ帰れ!



759 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 21:14:27
>>757
所詮、おまいらはウェットの人間の使いっ走り。わかった?
是非、Nature, Scienceに載るような・・・特にいきがっている君の研究をお聞かせ願いたい揉ダ


760 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 21:26:47
なんか荒んでますねえ。。

761 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 21:36:00
なんか面白いネタを提供してくださいよ。
バイオインフォの世界で今ほっとな研究って何なんですかねー。
いや、ほんとに知りたい。理解できないかもしれないけど。

762 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 22:34:44
一次配列からの機能予測の精度をいかにあげるか、これに尽きるんじゃないかな?
ホットもクソもないっしょ

763 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 23:07:27
手法にコンピュータを使うからバイオインフォマティクスをやっている、って
人と、何か知りたいことがあるからバイオインフォマティクスをやっているって人
と、両方のタイプがあってもいいと思うんです。

764 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/08(日) 23:43:21
こんな煽りがpart 7で初出だと本気で思っているのだろうか。
「素人は来るな」とは思わないが(むしろ素人さんも呼び込んでこそ
専門スレだとは思うが)、今さらこんな煽りをして「こんなこと語ったのは
俺が最初だろ!どうだ!」みたいな顔されてもなあ。

765 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/09(月) 00:05:26
げ、顔を見られた。

766 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/09(月) 00:31:37
>>764
古参発見。ジジィは、はよしね(byホリエ)

767 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/09(月) 08:22:43
765はちょっと面白い。

768 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/09(月) 10:07:41
>>761
また冴えないバイオインフォ屋かよ・・
自分で業績を残せよ<ぶ

769 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/09(月) 12:37:38
>>764
というか煽ってるやつはpart 1の頃から粘着していると思われ。
ところで,最近は某MLも盛り上がってませんなあ。
独特の面白い日本語書く奴のファンなんだけど。

770 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/10(火) 13:05:10
しっかし煽りが無いと全然スレすすまねえなあ。ネタ切れだな。

771 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/10(火) 14:56:23
今度北野先生のとこの人の結果がNatureに出るみたいよ

ちょっと見せてもらったけど、結構面白い
あとは実証だな

772 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/10(火) 17:51:38
あぁあのソニーのキモい奴か。
進化論に抵触してないデータなんて全然インパクト無しだ。

773 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/10(火) 22:40:06
陰で北野、冨田と呼捨てをする香具師ほど胡散臭い。

774 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/12(木) 08:17:59
北野さんってなんかセクシー


775 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/12(木) 09:15:42
>>773
呼捨てをして優越感を味わっているのか?w
知名度と業績が及ばない自称バイオインフォ研究者とか・・・

776 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/12(木) 14:06:17

任意のDNA配列から、二本鎖DNAの立体構造を3Dで描いてくれるソフトありませんか?



777 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/12(木) 18:41:39
ttp://www.insilicobiology.co.jp/IMC_Main.htm
↑なんかうちのボスが今日これ持ってきてすばらしい最高だとか絶賛するわけですよ
とりあえず、おまいらどう思うよこれ。


778 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/12(木) 21:50:58
>>777
世界の最先端を行く大学が作っているんだぜ!
なにーーーーーーーーーーーーーーーーーーー!
なんと
×○△円!
安かバイ!
プレステ売ってかおっと!
愛車のマークII売ってかおっと!
ここでかなわきゃ、男がすたるぜ
ここでかなわきゃ、女がすたるぜ(フェミスト対策)

779 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/12(木) 21:55:21
>>777
その教授は視野狭窄。

780 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/12(木) 23:15:08
>>779
関西のほうてっか?
それなら、市屋京作先生のラボでしょ。


781 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/13(金) 10:45:06
EMBLE って何だよ。

782 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/13(金) 21:31:08
>>781
ねぇねぇ、お前ってアホですか?カスですか?教養全くないね。
お前の存在意義って何?価値ないでしょ?まあ、あえていうなら堆肥製造マシーンかねぇ。

webで用語調べてみたら?
ttp://home.hiroshima-u.ac.jp/chubo/phylo/3search.html
ttp://www.hitachi-hitec.com/jyouhou/lifescience/

まあ、貴様の釣りだとは思うが、クマァー

783 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/14(土) 00:24:39
>>771
北野さん、どんなネタでnature出すのでしょうか?酵母?


ちなみに北野さんとか理研神戸の上ださんとこは、個人的には
狭義にはバイオインフォ系ではないと思ってます。アルゴリズム
作りとか仕事にしてないし。

ちなみにシステムバイオで思ったが、生物板を見てる人でMCAとか
FBAと聞いて分かる人ってどれくらいいるんだろう。
日本のバイオインフォってひたすらDBとかアルゴリズム、Perl
で話が回ってるけど、物取り実験の結果と結びつけたって話を
ほとんど聞かない。この前のnatureバイテクに出てたような
新領域情報生命のKさんの論文なんかは、日本ではどう評価
されてるんだろ?

784 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/14(土) 10:33:22
>>783
某メルマガの八尾さんの記事より

2.Nature誌がシステムバイオロジーについてまた動いています。
 1)Molecular Systems Biology が先月から発刊されました。
   分子ネットワークレベルからのシステムバイオロジーの興隆を示すもの
   でしょう。今後の論文発表が楽しみです。
 2)Nature Review で、Systems Biology特集が出されました(2005.5.3付)。
   これはシステムバイオロジーについての論文・展望などのコレクションで
   H.Kitano、D.Sabatini、A.Balabasi、B.Palsson、M.Vidalなど著名な研究
   者によるゲノムワイドな遺伝子機能解析・シグナル伝達システム・ネット
   ワーク解析による細胞機能解明・ガンのロバスト性など最先端研究が紹介
   されています。大変参考になります。
 3)2006年10月に日本で開催されることになった第7回システムバイオロジー
   国際シンポジウム(パシフィコ横浜 2006.10.8-12)を、Nature誌が出版支
   援することが決まりました。これから1年半あります。日本勢の活躍を期
   待します。

785 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/14(土) 11:59:30
>>782
まじめに言っているのだろうか?
http://www.embl.org/

786 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/14(土) 14:58:42
たまのミスタイプぐらい、笑って許そうよ・・・>>781
と、思わずにやりとした漏れ。
>>782
笑わせていただきました。イイリンク先だYo!!
Linux Magazineだっけ、「アタック」を「アッタク」とミスタイプしてるのを
googleでいっぱい見つけたとかいうネタを思い出した。
>>785
と言うわけで、>>782は真面目にふざけてるトミタ。

787 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/17(火) 18:31:15
>>721
実際、この人は生物学者というより情報科学者だなって人は大抵、
学部レベルの生物知識もありません。この辺は正直失望しました。

788 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/17(火) 19:46:38
製薬企業所属の研究者には医学知識が全く無いのと同じことかな?

789 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/17(火) 20:21:22
学部程度の物理・化学の知識もない分子生物学者と同じだね。

790 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/18(水) 00:36:39
情報工学 >>>>>>>>>>>>> 分子生物学
は間違いない。だって、言葉覚えるだけの文系科目。
今後のバイオで生き残っていけるのは、数学が強い分子生物学屋のみ。
旧来の分子生物学に囚われているようでは、
分子生物学の発展によって、昔ながらの生物学が廃れたように、
アンタらもまた置いてきぼりをくらうだろう。
こういう意味で、まだ情報工学or物理出身の人間の方が救いがあるなぁぁぁぁぁ。

多分、ワシは生物学、分子生物学分野の人間が大っきらいなんだな。

791 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/18(水) 00:55:55
>>790
確かに生物学自体は暗記科目だけどな。

でも、生き残っている研究者の人達は、
実験計画のスペシャリストだったり、
頭の中で様々な要因の因果関係を捉えることに長けているんで、
論理思考が強くて頭の回転が早い人が多いという印象がある。
数式はからっきしだめという人は結構いるが。。

792 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/18(水) 07:48:13
>>790
で、君は生物学に対して何をした?

793 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/18(水) 08:04:59
またいつもの流れになりそうな悪寒

794 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/18(水) 08:30:05
>>790
で、君は情報工学に対して何をした?

情報工学屋は猿真似屋と同義語ではないのか?

795 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/18(水) 14:50:53
結局そういうことなんだよね。
どっちも応用科学、応用工学に過ぎない。
仲良くやろうよ。

796 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/19(木) 19:51:04
若いアゲ

797 :いつもの流れ 中略:2005/05/20(金) 01:25:40
| じゃあ、私たちって一体何なのかしら?
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   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 人間のクズよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====

798 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/20(金) 12:35:44
学問としての生物学と教科としての生物学をごっちゃにしてるやつがいるような。

大体「科目」って何だよ(萎

799 :798:2005/05/21(土) 01:04:04
東証マザーズ上場で居酒屋「とりあえず吾平」を展開するゼクー〈2758〉は
20日、前渡金の一部について、取締役会の承認を経ないなどの不明朗な支出が
あったとして、内部調査を開始したと発表した。結果によっては、2005年3月期の
業績に大きな影響を及ぼす可能性があるため、24日に予定していた同3月期の
決算発表を31日に延期する

800 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/21(土) 12:37:33
出会いたい?
http://www.happymail.co.jp/?af1430082

801 :アイチャン萌最強:2005/05/21(土) 19:10:29
624
マダリンクツナガッテイタヨ
アイチャンノコンゴノカツヤクニキタイ

802 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/22(日) 02:44:30
業界を蛙には、力が必要。
「誰かなんとかしてくれないかな?自分が損をしない方向で、、」
なんてウジ虫はだれも相手にしない。


803 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/22(日) 03:17:37
777 :名無しゲノムのクローンさん :2005/05/12(木) 18:41:39
ttp://www.insilicobiology.co.jp/IMC_Main.htm
↑なんかうちのボスが今日これ持ってきてすばらしい最高だとか絶賛するわけですよ
とりあえず、おまいらどう思うよこれ。



778 :名無しゲノムのクローンさん :2005/05/12(木) 21:50:58
>>777
世界の最先端を行く大学が作っているんだぜ!
なにーーーーーーーーーーーーーーーーーーー!
なんと
×○△円!
安かバイ!
プレステ売ってかおっと!
愛車のマークII売ってかおっと!
ここでかなわきゃ、男がすたるぜ
ここでかなわきゃ、女がすたるぜ(フェミスト対策)

804 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/22(日) 14:14:41
科学者なら、科学者ならばこそ、そんな世俗にまみれた
意見を恥ずかし気もなく吐露する前に、より大局にたった
意見を展開すべきではないか?そもそも、科学者のコミュニティ
というものが形成されてからどの程度の時間がたってる?しかも
この国において、、、一般の国民が国の科学政策に目をむけるように
なってからどの位の時間が経ってる?見方によればまだ目をむけられて
ないとも言える、投入される金額や今後の国際的な影響を考慮すると、、、
 それを踏まえた上で話しを戻すと、論文偏重の評価が始まったのは
いつからなんだ?すくなくとも論文で補助金の配分が事実上決まるように
なったのなんてつい最近だろ?IFなんて一昔前は陰も形も無かった。
評価の基準なんて時代時代で変わっていくもの、はやり廃りといえばそれまでか。
ただ、国策に関わる問題である以上、その基準は単なる流行で決まるものでは
なく、誰にでも明白な形でわかるような実効性を伴うものである必要があるだろう。
ま、ここまで言えば結論は明らかだ罠。

805 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/22(日) 23:28:08
>>804
ようするにCASP6上位になった北里と産総研と神戸大にたくさん予算を配分すべきってことだね?
K都大とか三島とか烏賊研とかにはご遠慮ねがって。

806 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/23(月) 01:31:48
とりあえずそうしてみればいいじゃない、試しに。

807 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/23(月) 02:30:45
>>806
そーゆあーんた、K都大ね。

808 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/23(月) 04:03:19
CASP6のかかわった人員は何人?

809 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/23(月) 12:15:26
CASP6は構造生物学のある一分野のcontestに過ぎないのだから、
それを持って全部の力を推し量るべきものではない。
もちろん、この分野に限れば世界レベルであるのは確かだから、
それなりの評価はすべきだと思う。

810 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/23(月) 12:46:52
狭い世界ですね

811 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/23(月) 22:27:38
<1分子>生物学買ったよ♥

812 :ヴァカ:2005/05/23(月) 23:56:46
♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥
♥ はあと        ♥
♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥ ♥


813 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/24(火) 18:28:50
情報系の学部生はこの分野にすんなり入っていけるのですか?
それともやはり生物系の学部生でなければハードル高いんでしょうか?

814 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/24(火) 20:08:34
一年間、放送大学の生物の講義を全部見て、平行して、
セルとゲノムとバイオインフォマティクスを読む。
だいたい、一日三時間の勉強が必要。

815 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/24(火) 21:26:15
>>813
電話帳のような教科書を読み込む根性と、未知の事象を未知のものとして受け入れられる感性があれば大丈夫。
通常、情報系の学生は、この辺が気持ち悪くて逃げに回るが。

816 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/24(火) 21:48:26
CSHLのbioinformaticsはどうよ?

817 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/24(火) 22:06:33
>>815
> 未知の事象を未知のものとして受け入れられる感性があれば大丈夫。
これには激しく賛同.でも
> 電話帳のような教科書を読み込む根性
は必ずしも必要ないと思う.もっと上手く知識を吸収できるでしょ.

818 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/24(火) 22:21:43
いや。それは生物学を甘く見すぎ。
結局はいろいろ知らないと何も解けないのだよ。

819 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/24(火) 22:36:54
分厚いのを何冊も完璧に読みこなす必要は無いけど、
広く浅く知っといた方が何かと勘が働くと思う。

820 :813:2005/05/24(火) 23:26:32
そうですか。
何からはじめていいのかさっぱりでして、うちの大学バイオインフォマティクスやってる
研究室がひとつもなくて。
でも自分としてはこの分野に興味があるのですよ。
どうしたものか・・・

821 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 00:10:19
大学院で受験しなおせば良い
学生ウェルカムなラボを二つほどしってるぞ

822 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 00:12:13
ここはウェットの下働きになりたがるバカが多いな。


823 :813:2005/05/25(水) 00:20:21
>>820
学部で無関係なことやっててもウェルカムなんですか?
それってなにかあまりにも危険な香りがするんですが・・・
>>822
ウェット??

824 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 00:33:30
>>823
数学とプログラミングは今のうちに鍛えといたほうがいいよ。

825 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 00:50:24
>>822
荒らし目的の煽りは関心できん。

826 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 00:51:01
>>823
多分、修士だったら入試問題できて理系なら大丈夫だとおもうよ。
物理化学系と有機化学を勉強して入試点数とれるようになって、あとは事前に担当教授に
会いに行って、熱意を伝えればOK

おれも詳しくはわからないけど、
ウェット=実験系
ドライ=理論系
で大体いいと思うよ。
俺も物理からこれに近い業界に入りました、がんばって。

827 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 00:54:53
>>823
いや、そういう幅広いバックグラウンドから
人を募集するってのが趣旨の大学院らすいぃから。
修士だったら入試問題できて理系なら大丈夫だよ
それより熱意だよ。
研究室配属までの実習で、適性を見極める。

828 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 02:20:03
ウェットの下働き・・という気持ちはわからなくもない。
しかし、知識がないとデータの解釈が出来ず、ますます下働きにならざるを得ない。
自分が扱っているデータが意味することを理解するためにも生物学の知識は絶対に必要。
できれば、主要な実験方法やデータの見方も学んでおくといい。
物理とか数学とかいろいろなことを言う人がいるけれど、バイオインフォマティクスの
どの分野を選ぶかで必要な道具(分野)は変わってくる。
しかし、どの分野(数学、物理、情報科学、その他)を選んでも分子生物学の知識がいらなくなることはない。
分子生物の知識を詰め込むことを拒否した人は、大した活躍が出来ていない。
大御所の中にもそういう人は何人もいるのだが・・・

829 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 07:37:33
知識は絶対的に必要だ。生き物なんて、例外ばっかで動いてるんだ。
知識も無く、センスだけで何か出来ると思ってる人が何かし遂げたのを見た事は無い。

830 :813:2005/05/25(水) 17:02:46
ちなみに自分は情報工なので化学、生物は高校レベルで、現在学部三年
なのですが、>>827さんのおっしゃるその大学院はどのような入試をしている
んでしょうか?

831 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 17:03:52
>>827
奈良線なんて辞めとけ。あそこは博士崩れ予備校だ。
宇治に逝けよ。

832 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 18:32:14
賛成 ってかあたりまえ

833 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 19:43:45
>>831
奈良線ってバイオインフォやってるの?

834 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/25(水) 19:52:38
蛆なんt(ry

835 :813:2005/05/26(木) 00:12:11
???

836 :311:2005/05/26(木) 01:12:12
>>813
出身は関係なく、ハードルはそれなりの高さがあるんじゃないか?
だからこそ、学部時代からの教育の重要性が言われてる訳であって。
そしてあなたが何やりたいか/どうなりたいかにも依るよ、ハードルの高さ。

ここで出すと荒れかねないが…
KOのT田教授は元情報系。KOで研究室持ってから、「学部に入学」した。
彼自身にとってそのハードルを越す事が大事だったんだろ。

あなた自身にとってクリアすべきハードルが見当付かないなら…そだな…
例えば春の学校のテキスト何とかしてコピーさせてもらうとか、夏の学校
出てみるとか、参考図書片っ端から読んでみるとか、資格スレの関連ページ
辿ってみるとか。

奈良線が氏がどうこうってのは、ハードルの見当が付いてからでいいと思う。
ってか、813氏が楽しむために越しておきたいハードルと違うハードルの院
だと、どこ逝っても崩れるのは間違い無し。
某研究センターに奈良線の院生が数人、1人は昨年D取って今年ぐらい
アルゴリズムで特許降りるはず。蛆で担当教員と喧嘩したっぽい*人は、
今年某所で助教授就任。優秀なやつは優秀。

…漏れは違うが(T_T)

837 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/26(木) 02:17:43
>>831
宇治か。トーさんが京都に移ってしまったので魅力がなくなったな。
配列情報解析だったらやっぱりトーさんかN井さんじゃないかな?
それ以外だったら、俺はTK大がイチオシだね。才能があってしかも
若いボスっていうのは魅力的だな。

838 :813:2005/05/26(木) 18:14:37
>>836
どうもご丁寧にありがとうございます。
ネット上で少し調べてみたのですが、この分野自体あまり浸透していないのか
書籍も研究自体も他の分野に比べて少なく情報収集も当方田舎の公立大学ゆえ
なかなか難しく、皆様のおっしゃる奈良線や宇治の意味がわからないのですが
とりあえず、春の学校に来年いってみようと思います。できれば今年中に結論
を出したいのですが、夏の学校は初心者お断りみたいなので当面はネット上の
情報収集を続けていきたいと思います。

839 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/26(木) 19:58:36
宇治=京大化研、奈良線は奈良先端大でしょう、多分。

蛆で担当教員と喧嘩したっぽい人は広報はうまいが、実力はどうなんだろう
と疑問視する声がないわけじゃない。まあ分野が新しいのでいろいろ大変。
教員の偉さと実力がかみ合ってない世界、と思う。
疑問を言い出すと疑問だらけになってしまうので、体当たりでがんばれ。


840 : :2005/05/28(土) 11:56:42
>>838
>書籍も研究自体も他の分野に比べて少なく
もっと昔からあってもっと少ない分野もあるような。ここのところの
増え方は凄いしね。
あと、"しすてむばいお"/"ふくざつ"/"ぽすとげのむ"/"はいれつ"との
キーワードにかえてみたらもう少し幸せになれるかも。
>できれば今年中に結論を出したいのですが、
オープンキャンパスをやってるところに突撃してみるとか*1、入試説明会*2
でざっくりした内容聞いてくるとか。
好奇心の強いところとか、今の陰性に見せといてもイイかもYo!!
*1 今日、狸研がやってますな。奈良線6/11。
*2 TKは大阪で今日やるんだっけ。

841 :838:2005/05/28(土) 23:32:19
>>839
>>840
ありがとうございます。
なるべくなら国公立の大学がベストなのでそれで調べてみたら
東大がでてきました。
そんなとこはいれねーよ orz

842 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/29(日) 00:14:33
>>841
バイオインフォマティクスやるなら、大学行かなくてもイイじゃん
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Blast.cgi
ここにアクセスするだけで、
あなたは今日からバイオインフォマティシャンに昇格。
よかったね

843 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/29(日) 02:15:03
>>840
その文章・・・特徴的ですね。
あなたが誰かわかってしまったような。

>>841
研究分野で活躍している人のうち東大出身者の割合がどのくらいかを知れば
東大に入るのが実は一番の早道だということが簡単に分かるはずです。
かなりの知識量と思考力を問われる分野なので、
東大は無理と簡単にあきらめてしまうくらいだと、あとあと大変ですよ。


844 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/29(日) 17:10:51
大学に逝かなくてもバイオインフォの研究は可能な訳で・・・
ハイエンドPC20台ぐらいをクラスター組んで常時稼働させれば良いよ。
リソースも無料で公開されているし。あとはどういう風に加工するかでしょう。

845 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/29(日) 17:22:31
というわけで、俺はSEになりました。

846 :841:2005/05/29(日) 19:20:53
>>843
そうですね、まだ一年以上受験までに時間があるのでがんばってみます。
とりあえず、うちの大学の研究室で一番生命に近いことをやっている研究室に
入ってバイオインフォマティクスを独自に研究して、東大院のための受験勉強
してみます。

当面、アーサー・M. レスクさんのバイオインフォマティクス基礎講義でも読ん
でます。

847 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/29(日) 20:31:33
独学と言うとこのスレではすぐにクラスターが出てくるが、
(生物から入ってツールを使う観点からはそうかもしれないが)先ずは、
ttp://www.igaku.co.jp/Bioinformatics/BioInfo1.htm
あたりを読んだほうが良いのでは?
情報で言えば、自然言語処理とか情報検索とか人工知能とか・・・
東大が良いかどうかは良く分からんが、大学院はいくつでも受けれたと思うから
片っ端から受験すれば良いんじゃない?
でも博士進学はよっぽど就職に確信がある場合だけにしておいた方が良いよ。

848 :841:2005/05/29(日) 22:27:04
>>847
ありがとうございます。
でも、正直今の自分がまずやるべきは生物の知識を吸収することな
のではないかと思うのですよ。アルゴリズムやコンピュータ全般の
包括的な知識はうちの大学でだいぶやらされてるので。というかも
はや自分の趣味なのですが。>>847さんのお勧めしてくださった本は
コンピュータサイエンスの立場から見たバイオインフォマティクスと
言う位置付けっぽいので、勿論それも必須なのですが自分はまだそれ
以前の段階で、まずはもっと生物よりのほうから全体を眺めてみたい
と思っております。それでもどの本を読めばいいのか途方にくれてい
るのですけど。
博士は、まだ修士にもなっていない段階なのでまだ考慮の外ですね。

849 :アイチャン萌最強:2005/05/30(月) 00:54:19
バイオインフォマティクス?
そんな無駄なことに人生投資するのですか?
今、バイオインフォマティクスで需要があるのは、薬学系。
サイエンスとしてのバイオインフォマティクスは不要。
必要なのはウェットバリバリでバイオインフォマティクスとやらができる人
路頭に迷いたい方はどうぞ。

850 :840:2005/05/30(月) 01:19:08
>>843
え、えええ!?漏れをオフラインで知ってるbioinfoな人は少ないと思うんだが。
/* いや、過去に同じ文体のカキコした事はあるが、漏れ自身は無名のはず。 */
それが分かる>>843って(一体)どちら様…?

>>841
>>311 に生物系向けの書籍リスト(つまりinfo系寄りのリスト)があるっぽい。
少し違うけど一見されたし。

851 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/30(月) 07:00:27
製薬会社でバイオインフォの研究やってるところはかなり限られてると言う話。
マジで、SEの方が機会は多いのでは。

852 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/30(月) 16:50:43
>>849
そんなハンドル名の奴にいわれてもなあ。

>>850
世界は案外狭いよw 自分が思ってる以上に有名かも知らんし、いろんな意味で。

853 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/30(月) 22:45:26
学歴ロンダするのに、バイオインフォっていいよなと、最近思う。

854 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/30(月) 23:13:25
>>852
…意趣返しっすか?(w
offlineな漏れを知ってる事といい、突っ込み方といい、マサカ!!
どんな意味で有名なのか非常に恐いものがあって(((( ;゚Д゚)))カクガクブルブル
よろしければメール入れて頂けると安心できるのですが。


855 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/31(火) 09:41:30
株式会社未来創薬研究所ってどうよ?

856 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/31(火) 21:13:37
タイムマシンに乗って、未来の創薬について研究しに行く会社

857 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/31(火) 22:33:55
イカガワしい名前だな。シラフで付けたんだろうか。

858 :名無しゲノムのクローンさん:2005/05/31(火) 23:53:30
http://www.yakuji.co.jp/contents/headlinenews/hln2005042002.html
東大も絡んでいるんだ。
これって将来性どうなの?

859 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/01(水) 00:25:38
>>853
アカデミックで生きたいのなら、結局ペーパー書けないと生きて
いけないからあまり大学名は関係ない。しっかり研究せいよ。

860 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/01(水) 00:29:37
バイオインフォって分野を作るような大ごとなの?

たんに塩基配列とかアミノ酸配列とかを検索したりするだけじゃないの?

タンパク質のMDとかは、もともと物理化学の理論に基づいているから
バイオインフォとわざわざ呼ぶ必要はないし。

861 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/01(水) 01:58:10
最近のPubmedみてると既存アルゴリズム組み合わせて数式こねくり回すだけのクソ研究ばっかりだな。。

862 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/01(水) 07:57:28
そもそもPubmedで情報系の論文を探すのが間違い。

863 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/01(水) 10:37:56
んじゃどこで探すん?
分子生物学屋だけど、最近興味が出てきたのでその辺の論文を読みたいんで
教えてくれるとありがたいです。

864 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/01(水) 13:14:59
IEEE

865 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/01(水) 20:43:00
テラワロス・・・・・コレガバイオインフォスレクオリティ てか?

866 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/01(水) 23:42:22
>>863
そもそも情報系では論文が、そんなに重要視されてない、なんて聞く。
ってことで、"May the source be with you"な世界なんだなと思うんだが。
>>865
>スレクオリティ
正解。

867 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/02(木) 00:01:25
>>863
論文の前に本で勉強した方がよくない?

868 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/02(木) 01:00:54
>>859
いや、アカデミックで逝きたいわけではなく、バイオが面白くて、研究者にはなる気がない人は、
いいんじゃないかなって思った。あんなそんなに難しくない入学試験で、研究もそこそこできれば、
履歴書に灯台って書けるんだよ。入学試験ってのは修士のね。

869 :863:2005/06/02(木) 10:16:03
>865 スレのレベルを下げてしまってすまん。

最近、Bioinfomaticsの学生と仕事をするようになった。梅を印フォマティ楠って??みたいな人間だったので、Bioinfomaticianの仕事に単純に感心してたんだ。
感心するだけじゃあなくて、ある程度自分でいじれるようになろうと思って、CとPerlを勉強して単純な解析遊びができるようにはなった。
んで、気がついたんだけれど、その学生がやっていることはすごい単純なこと(正規表現使うだけとか)であって、それだけかい!と思ってしまったんだよ。
多分他にはもっと面白いことをやっている連中がいるだろうと思ったんだが、探し方がわからんかったのよね。とりあえず>867の言う通りに本を読みますわ。ありがとう。

ちょいとお願い。本だけでは最新の情報を得られないので、どこぞの誰かさんが面白い解析手法をしているなんてのをスレで話してくれるととっても参考になります。

でも今のところそういう話題が無いところをみると、やはりBioinfomaticsとはその程度なのかね




と軽く煽ってみる。

870 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/02(木) 12:57:08
つ ttp://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
つ ttp://meme.biology.tohoku.ac.jp/SHINKA/USE.html
つ ttp://mcb.harvard.edu/BioLinks.html


871 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/02(木) 15:51:02
配列解析は、DPとかHMMとか色々有ると思いますよ。
後、パスウェイとかシステム生物学とか論文の検索とかw
http://www.natureasia.com/campaign/computationalbiology/index.php


872 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/02(木) 16:15:40
この子は人と付き合えないよ・・・

スーフリを彩った女たち 
     ●・・スーフリキャンペーンガール ○・・・幹部スタッフ ▲・・・ミスキャンパスパークに掲載
●塚 原 綾 香(学習院大学法学部三年) アナウンサーだったっけ?
●小 湟 祐 子(学習院大学法学部三年)芸名吉 岡 ゆ う こ 元デジドルネットに登録グラビア女。現在色物アイドルとして半裸商売。
●東 紗 千 子(慶応義塾大学四年)・・・SFC(湘南藤沢)総合政策?環境情報?(Cancam読者モデル) 本来なら今春卒業済のはず
●藤 村 伊 勢(慶應義塾大学四年)・・・文学部、RCC広島テレビ女子アナ内定(05年にブラウン管登場)
●亀 井 京 子(聖心女子大学四年)・・・文学部、TV東京女子アナ内定(05年にブラウン管登場) ▲
●浅 見 理 沙(フェリス女学院大学)・・・音楽部(千葉テレビに出演。タレントしてる模様) 元千葉テレビなりギャル
●蜂 矢 真 代(恵泉女子大学三年)・・・学部どこ?(芸名はちや真代 スパイス所属。湘南ミルキーズ一員。タレントしてる模様)
●稲 井 志保美(青山学院女子短期大学家政科)今春卒業 CanCam読者モデル ▲
●竹 村 優 香(立教大学文学部三年)・・・テレビ金沢内定
△荒 舘 順 子(東京女子大学 現代文化?)…03年3/18卒業 公判で実名が挙がった唯一の女性スタッフ なくとも4年間ギャルズ


873 :誇り高きバイオインフォマティシャー:2005/06/02(木) 21:06:04
| 私たちって生物屋なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | SEくずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


874 :誇り高きバイオインフォマティシャー:2005/06/02(木) 21:06:36
| 私たちって情報屋なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 研究者くずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


875 :誇り高きバイオインフォマティシャー:2005/06/02(木) 21:07:17
| じゃあ、私たちって一体何なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 人間のクズよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


876 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/03(金) 01:27:39
だが猫も杓子もSVMつうのもどうかと思うぞ。
やはり時代はベイズ統計だろ。
てかあんましかんけいないが、、、、

877 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/05(日) 17:23:25
age

878 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/05(日) 20:45:43
>時代はベイズ統計

・・・

ばか?

879 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/05(日) 20:46:44
覚えたてなんだろ。騙らせてやれよ。

880 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/06(月) 11:48:37
>>876
俺と思われたら恥ずかしいから止めれ

881 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/06(月) 11:51:30
今月号のBYTEの言葉を理解するコンピュータって記事は、
バイオインフォの人も少しだけ読む価値あるよ。

882 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/06(月) 13:47:14
ベイズ統計ってどういうことよ?

883 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/06(月) 20:08:48
>>882
使えないよ。生物進化は前の事象と無関係になるときが多々あるからね

884 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/06(月) 22:44:13
なんだそれ。米図統計をわかってるのか?
無関係なら無関係なりの答えがでるだけ。
というか、なんでベイズが進化の話限定なんだ?
他にもたくさん応用はあるだろう。

885 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/06(月) 23:29:18
たとえば?
>>884
これからはベイズの時代じゃゴルァってかんじの応用法を教えてください。
うちのラボのSVM信者をギャフンといわせてやりたい・・・・


886 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/07(火) 00:09:20
平仮名の文から漢字を推定するとかできるんでは?

887 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/07(火) 01:00:27
それは生命現象の解明にとっても役立ちそうだ。

888 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/07(火) 01:15:38
ベイズってSVMと並列で議論するもんでもないでしょ。
同じことが出来る別の手法というわけではないのだから。

889 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/07(火) 02:33:17
ひらがなから漢字を推定って、むしろSVMのほうが得意な気がシマツ


890 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/07(火) 08:18:04
確かに、ベイズ統計とSVMを比べるのは何かおかしいような気が。
そもそも、どっちも得意不得意があるかと思うので、どっちが優れているというもんでもないんじゃないかと思うぞ。

891 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/07(火) 20:10:14
覚えたてボクちゃんが知ったかぶりしたかっただけなのだから、
そんなに叩いたらかわいそう。

892 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/08(水) 06:16:00
ベイズ統計ったって万能じゃないからな…
実験もっとやったほうが簡単に結果出せる気がするけど
数字をいじりまわしたい日もある今日この頃

893 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/09(木) 01:56:26
情報処理学会の研究会らしい
http://www.ipsj.or.jp/09sig/kaikoku/2005/BIO1.html

894 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/09(木) 12:41:15
土日にやって欲しい

895 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/09(木) 18:11:29
企業の人はむしろ平日が良かったり

896 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/09(木) 18:28:16
>>894
なぜ?
・wetな人の場合
 ・土日だからって、出れるとは限らないでしょ?サンプルが死なない方が大事なんだし。
 ・その日に学校/職場に行かないとサンプルが死ぬなら、仕方ないね。
 ・どうしても外せないイベント(中間発表とか納品物の検品とか)なら、ひょっとして仕方ないかも。
  ただし、漏れならサボる。
 ・それ以外で興味があるなら行け。まわりに何言われようと、あなたの知的好奇心が優先度1だ。
  土日に、学校/職場に行けばモーマンタイ。指導教員?どうでもイイダロそんな香具師。
・dryの人の場合
 ・どうしても外せないミーティング等なら仕方ないね。ほんとにどうしてもなら。
 ・それ以外なら行け。
 ・どうしても行かしてくれないような職場/研究室?
  そんなところでいい仕事ができると思うか?辞めるが吉。

まあ平日開催の場合の参加は、基本的に自己責任で。

897 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/09(木) 19:40:27
>>896
自分は、バイオと一般的なソフト開発両方やってるので・・・
って理由にならないな。
今回のテーマは無理するほどの興味は無かったと言うところです。

898 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/09(木) 19:43:15
つーか、実際のところ平日開催なのは企業の人のためって聞いたぞ。>学会
休日だと休日出勤になるけど、それが申請できないor申請しにくい会社が多い
ということで文句が出る、と。


家庭持っちゃうと休日はちょっと・・・という人も増えるだろうし。

899 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/09(木) 21:01:34
http://itoshi.tv/d/?date=20050609#p03
ハァハァ

900 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/09(木) 22:21:47
>>898
家庭と科学は両立できない。
九州大学N山先生の「教授からのメッセージ」を嫁!!

901 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/09(木) 22:28:29
例えば、どんな人(テーマ)なら聞いてみたい?
次は10月初旬に京大のバイオインフォマティックスセンターで開催なので
7月〜8月くらいに演題募集かけるからこちらから発表依頼の営業かける
場合に考慮可能ですよ〜。
>>898 氏は両方やっているということなのでその意見は大事だと思う。
大学にしろ、独立行政法人にしろ、休日に利用するのはこれから先は
今までに比べるとなかなか大変です・・・たぶん。今回は、そういう
理由ではなかったとも思うけど。
最近は学会もカンファレンス場を借りることが多いよねー。

902 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/09(木) 22:35:45
実験にバイオインフォをうまく使っている人をたくさん呼んだらいいんじゃないか?
クライアントの存在は結構重いぞ・・・

903 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/09(木) 23:32:53
>>901
会社は東京ですから京都は・・・一応書くと、
仕事では、オントロジー・アニメーション・自然言語処理関係と言う非バイオ的なので、
趣味なら、DNAコンピュータとか、E-CELLみたいなの。

904 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/10(金) 00:35:20
>>902
そういう場を作るのはとても大事だと思うけど、学会の趣旨から
すると研究発表者にはお願い出来ないかなぁ・・・。
特別講演とか言いながら、そういう人を入れてみると面白いかも。
僕の中ではニュートリゲノミクスが最近のマイブームなんだけど
例えば東大農学部の阿部けーこ先生を呼んで話をして頂くとか
面白いかな、と思う。
>>903
12月のGIWの頃に再び東京か横浜でやるです。その時にお願いします。
オントロジーの話はバイオでもあるので出来るかも。
DNAコンピュータとかだと"はぎえもん"とか?!
システムズバイオロジーも面白いと思うので、いずれ研究会を
やるとその中に一つはあるようになるんじゃないかと思います。

905 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/10(金) 08:49:10
若手ポスター賞をもうけるってどうよ?

906 :アイチャン萌最強:2005/06/10(金) 22:08:34
>>899
誘導3X 早速オカズにしますた

>>900-905
久しぶりに楽しげな議論!!

907 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/11(土) 00:19:17
9月にオーストリアでProtein Domain Linguisticsという
国際ワークショップがあるんだけど、いくひといる?
バイオインフォマティクスもついに言語学者たちが本格参入?

908 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/11(土) 01:24:27
>>899, >>905
もまいら、呆れるを通り越しておもろすぎ。bioinfoスレでなく吉本逝ってこい(w
>>904
無駄知識を進呈しよう。
Systematic Biologyという、分類学の雑誌がある。
…北野センセ命名のセンスがイマイチかも。
>>907
行けるような立場ではないが、詳細キボン。
##ググってもヤフってもクラスタってもでてこない(w
どの系統の言語学者か興味ありあり。
そう言えば、昔間違って買った数理科学に、土井先生が
配列の文法、なんて書いてたのを思い出した。

909 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/11(土) 07:38:19
>>908
不正確な情報スマソ
ttp://www.negrisud.it/en/congres/Seefeld05/
Modular Protein Domains / From Functional Plasticity To Protein Linguistics
モジュラー?モジュール?ってM.Go先生系のハナシなのかな?

910 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/11(土) 09:13:18
>>909
海外でのモジュールの概念は日本の某派が言ってるのと全く違う。
>>907
囲いの中を読め

911 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/11(土) 14:54:00
Protein Linguistic, Protein Communicationとはおもろい考え方だね。

912 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/12(日) 01:41:30
Protein Domain Linguisticsってつけると、かっこいいから、そうしたんじゃないの?
単に言葉遊びだと思うのだけど。言語学者の研究領域と全然ちがうでしょ。

数理科学の記事は、かなり場違いだな。

913 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/12(日) 14:26:24
いや、そうなんだけど、Intercellular communicationとかCross talkとかいうでしょ?
つーことは、何らかの言語を使って”会話”してるわけで・・・
面白いとおもうよ?

914 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/12(日) 14:41:11
ちなみに、情報理論においてもcommunicationという考え方は非常に重要で、
そこで交わされる会話の内容は「データ制御(送信の開始や受信準備完了の合図など)」
送信データそのもの。送信されるデータはその正確性を何らかの形で保証されるべきだし
同じ内容なら送信に要する時間・データ量も短いほうがいい。
データの正確性さについての要求は、データ内容に依存するので、
必ずしも100%エラーがあってはいけないとは限らない。

これはそのまま生物に置き換えることができるのでは?
見た目はかなり違うように思えるだろうけど、
自分にはものすごくアナローガスなように感じられる。

細胞内には、自律的エラー訂正機構が組み込まれているが、
伝達の正確さについての要求水準は一定ではなく、
様々な信号経路が考えられるわけだし。

915 :908:2005/06/12(日) 16:21:29
>>909
ポインタTHX. GJだと思うよ。
>>912
場違いの可能性は否定しないが、彼らの仕事までまだ把握できてないので、知ってることがあるなら出してくれると嬉しい。
一般言語学なら無関係とは言い切れないとおもふ。記号化一般に関係する仕事も多いから、柴谷篤弘みたいなことを言う香具師もいる訳で。
漏れが思い出したのはソシュール/レヴィ=ストロース、チョムスキー位だったから、どの系統?って聞いたんだけど。
数理科学の記事も、配列の文法、ってなタイトルだったような気がするので、本当に無関係?
いや、その辺知ってて無関係と言い切るなら、ぜひとも教えてほしいのだけれど。

916 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/12(日) 16:32:27
柴谷はフカしてるだけだろ。本人は大真面目なのかもしれないが、
「それだけではない何かがあるはずだ」以上のことは言ってない。

917 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/12(日) 17:07:38
ウエットからの転向を考えている者です。プログラミングは何とか
自力で勉強しているのですが、統計がなかなか理解できません。
分かりやすい本などありましたらお願いします。


918 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/12(日) 17:52:59
統計の何がどう理解できないの?
レベルがわからないとどうにも答えようがない。

とりあえず、岩波のブルーバックス「先を読む統計学」お勧め。
ただし、誤字脱字誤植がめちゃくちゃ多い。

919 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/12(日) 18:10:24
>>914
通信分野にはパスウェイによくみられるカスケーディングが無いなぁ

>>917
とりあえず東大出版の三部作でも読んで基礎知識をつければ?

920 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/12(日) 20:08:10
>>919
現実の通信ではカスケーディングはたくさんあると思うけど?

921 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/12(日) 22:39:07
通信工学の生物学へのアナロジーがサイバネティクスだった。
そしてその現代版がシステム生物学の一部で行われてます。

922 :なるほど:2005/06/12(日) 22:48:01
ttp://www.isis.ne.jp/mnn/senya/senya0521.html

ベルタランフィは、システムの最も普遍的なモデルを生物体におき、その特徴を見きわめることから、
システムを通してさまざまな現象や実態を比較統一的に見る方法の開発に着手していった。
生物たちの「知」は人間にくらべると低劣のように見えるものの、
かれらはその「知」をそれぞれの生体システムとして完璧なまでに完成させているように見えるからだった。
 ここからが生物学者としての独壇場になっていく。
まず、生物がどのように自分という生命体を自立させ、外部の環境と相互作用をおこし、
それをとりこんで自律性を発揮していくのかを調べた。
そのうえで、ベルタランフィは生物を「開放システム」とみなし、
生命体の各部がつねに「自己」をとりまく環境とのあいだを動的に調整しながら
オーガニックな自己編成をしていると見た。
 そして、この自己編成力ともいうべきものの鍵を握っているのは
おそらく「情報」であろうと見当をつけた。
まだ、ウィナーのサイバネティクスもシャノンの情報通信理論も、
まして自己組織化理論も登場していなかった時期である。
こうしてシステム論の構築に先立って、理論生物学の構築が試みられたのである。
『理論生物学』第1巻は1932年の出版だった。

923 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/12(日) 22:54:21
システムバイオロジーって、呼称は新しいけれど
始まりは古いんだね。

924 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/12(日) 23:30:18
統計の話題ついでに
誰かベイズ統計のわかりやすい入門書と
そのバイオインフォへの応用の教科書をおしえてくらはい

925 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/13(月) 04:02:56
>>924
http://www.mtc.pref.kyoto.jp/tenbo/1996/3-1-2.htm

926 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/13(月) 06:50:32
<<918
ずばり高校レベルです・・
まずはBLASTの原理や隠れマルコフモデルを勉強しています。




927 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/13(月) 08:38:48
AmazonでBAYESIAN NETWORKを検索すれば幾つか洋書が見つかる。
洋書は大抵分かり易い。

928 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/13(月) 08:49:25
>>924
論文を読んで勉強しろよ。

929 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/13(月) 08:52:02
ベイズの考え方自体は難しいことではない。
うわ言のように「ベイズ、ベイズ」と言っているような香具師
がいる研究室のレベルは知れている。

930 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/13(月) 09:43:48
>>924
ベイズのバイオインフォ応用か。よくわからんな。

>>926
なら情報理論と自動羊を勉強スレ。



931 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/13(月) 10:46:21
締め切り迫る!みんな早く書き込もう!

http://www.nhk.or.jp/bsdebate/

932 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/13(月) 13:56:02
http://landesbioscience.com/iu/output.php?id=376&PHPSESSID=f604009e9d3fe0a6453896eb02bbcd12

933 :アイチャン萌最強 :2005/06/13(月) 22:42:11
>>918
これで勉強汁
http://www.takenet.or.jp/~hayakawa/u-tan02%20wsoft.htm

934 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/16(木) 20:42:19
>>930
まとん
めたふぁーしすぎ。気づくのに2日かかった。

935 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/16(木) 23:10:35
>>934
いまどきの人は自動羊とはいわないのか?

936 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/17(金) 00:01:55
アンドロイドが夢見てブレードランナーになっちゃうやつのことかと思ってたよ

937 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/17(金) 01:14:38
よっぽど
s/自動羊/自動羊肉/
って突っ込もうかと思った(W

938 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/17(金) 07:40:58
ちょっとすれ違いになってきましたよ?

>>936
意味がわかりませんが
なんか聞いたことのあるような単語が集まってるな。


939 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/17(金) 16:49:43
このスレに出てきた領域の理論的な基礎を一通り
一応レベルで習得してる人って何割くらい居るの?

940 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/17(金) 17:51:49
二分五厘だろうな

941 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/17(金) 22:48:27
>>938
これも、めたふぁーっすか?

942 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/18(土) 00:07:17
>>940
このスレの人口からして、このスレには0人か

943 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/18(土) 00:48:18
>>942
まあ、きにするな。
新しくできたカリキュラムで
バイオインフォマティクスを学んだ精鋭が
チミたちの屍を踏んづけて逝くから。
気付けブサイク
しょせん、お前らは勉強不足の中途半端者なんだよ。
と、煽ってみるテスト。
さて、
>>1
次のスレ勃てれ

944 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/18(土) 03:55:15
>>943
正直、周りにカリキュラム作りに関わった人間が何人かいるが、
生物も中途半端、上場にも中途半端で困ったもんだ・・・って
感じだ。情報出身の奴にしろ、生物出身の奴にしろ元の出身に
帰るところがある。バイオインフォなんて半端な、行き先も
なく、帰る場所もないカリキュラムで育てられる人間が
可哀相だ・・・と煽り返してみるテスト。

945 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/18(土) 11:46:58
辛辣なテストだな

946 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/18(土) 15:45:21
文献検索なんかどうよ?

947 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/18(土) 16:25:49

驚異!韓国の生命工学

http://blog.goo.ne.jp/pandiani/e/53c54350efd8f645507260fe2911f00b

948 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/18(土) 17:40:37
>>946
特に将来性があるわけでもなく
流行り物の仲間に入りたいから適当なテーマでやっている程度なのでは?

949 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/18(土) 18:28:41
>>944
>情報出身の奴にしろ、生物出身の奴にしろ元の出身に

帰るところがあるようやつなら、この分野にきてないと思う。
出身の分野でハンパじゃなかったやつは見た事が無い。

950 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/19(日) 00:53:50
バイオインフォマティックスの就職先なんて全然ないのに、なんで
カリキュラムなんて作っているのかね

951 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/19(日) 01:46:12
普通に情報系企業には入れるでしょ

952 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/19(日) 13:18:47
バイオインフォマティックスのカリキュラム"だけ"で育てられちゃうと
情報屋さんとして知っているべきことに欠けちゃうんだよね。
情報企業に入りたいなら情報科学・工学に行くべきだよ。
まぁ、多くの場合欲しいのは"東大・京大出身者"であって、
"情報科学出身者"ではないのでいいかも知れないけど。

953 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/19(日) 23:10:55
>>950
大学は就職訓練学校に非ず

954 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/20(月) 00:29:53
大学は就職できなかった人を受け入れる機関です

955 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/20(月) 11:21:57
>>949

> 帰るところがあるようやつなら、この分野にきてないと思う。
> 出身の分野でハンパじゃなかったやつは見た事が無い。

ご自分もでしょうか?と煽ってみるテスト。

956 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/20(月) 12:32:02
>>955
もちろんです。
あえて可能性のわからない新分野に行くには二つしか理由がない。

1.ある分野でトップになれる実力をもっていて、その分野で地位を確立したので、
  ほかのことに手を出してみる。
2.ある分野ではトップを取れないので、未知の可能性にかけてみる。

957 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/20(月) 12:36:26
私にとって、この分野で尊敬できる日本人のうち、ぱっと思いつくのは下記の3人くらいです。

N氏、S氏、U氏

本人とは無関係なんだが、具体名はカンベンしてください。
いずれも有名な人です。

958 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/20(月) 14:29:48
ソニーの北野さんは?
今度Natureに論文載るって聞いたが

959 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/20(月) 15:17:23
>>958
かれは総説をまとめるのは上手だが、
自分で何か仕事したの?

960 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/20(月) 22:50:51
>>959
あのへんの人が評価されるっていうのは、霞ヶ関がポンチで分かりやすい
ものを出す人にお金が出てしまうことの弊害ですね。

961 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 00:45:39
文科省もNEDOもJSTも、どーせ難しい専門的な申請書なんて書いたって
まったく評価してもらえないのだよ

962 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 01:48:58
正直、K乃サンについてはまったくそのとおりだと思うのだが、
一般的にもそうなのかな?
すべてにおいてそうだとは思いたくないけど
それを思わせるなにかがないわけでないこともたしか…

963 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 03:44:20
まぁ、喪まいら餅付け。↓はアメリカのバイオインフォ、
システムバイオ業界でブイブイ言わせてるUCSDの
おっさんのページだが、
ttp://gcrg.ucsd.edu/personnel/

ドクター候補やポスドクの人たちを見ると優秀な人が一杯で、
主席がゴロゴロ。引き替え、日本のインウホマティクスは
半端者があふれかえってるなぁと思う落ちこぼれの漏れ。
アメリカの院でM、D共にGPA4.0/4.0で修了とか見ると引くねorz

964 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 03:46:41
↑ちなみに論文も、うほっな位ちゃんと出してます。

965 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 07:58:43
>>963
じやなくて>>960をいってるのでは?
やはり日本のBI停滞は金を久しい先生が握り続けてるせいかねえ
学会もお手盛りだし…横浜では多少マシになったのかな?

966 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 08:42:05
発生とかガンとか構造決定とかをやっている
大御所のラボが、「今度一人、バイオインフォ専門の
ポスドクを雇おう」って思うような雰囲気にならな
い限り、バイオインフォ系の人のアカデミックへの就
職は暗いままなんだと思う。
それが潜在的に若手の停滞を招いていると思う。
最近の求人みても「人材養成なんちゃら」ばっかり。
このままだと供給過剰になっちゃうよ・・・
きっとそろそろ、高校でもバイオインフォマティクスを
教えようとかいう話が出て来るんだと思うけど。

967 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 09:45:24
バイオインフォマティックスにしろシステムズバイオロジーにしろ、
同じ有力教授が研究の実態はほとんど変わっていないのに作文力で
トレンドなタームを駆使して書き上げた申請書に予算付けが
繰り返し行われているからね・・・。本当は、チャンスを若い人にも
薄く広く与えても良いと思うのだけど。

968 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 18:26:43
>>967
だれのこと?

969 :http://hedo.at.infoseek.co.jp/:2005/06/21(火) 20:30:10
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1119353198/l50
New Thread

970 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 20:45:14
BioRuby/ChemRubyプロジェクトが IPA の未踏ソフトウェア創造事業に採択
http://www.ipa.go.jp/jinzai/esp/2005mito1/gaiyou/10-26.html
だってさ

971 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 22:42:13
>>970
おいおい・・シャレにならんぞ・・・
作文書くために1千万円を投入するとは狂気の沙汰としか思えん。あるいは着服か。

972 :アイチャン萌最強:2005/06/21(火) 23:51:37
>>966
「人材養成〜」は無意味に国が金ばらまいたがために、
各地でタケノコのように「養成所」ができたな。
その成果はさんざんたるものだが。




973 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/22(水) 02:35:41
>>969
乙!!
>>971
あなたがイイと思うネタは?

974 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/22(水) 02:54:12
>>971
まあこんなものだと思いますよ。
ところで、未踏に北野宏明PMってのもあることに気がついたけど、
採択テーマがバイオ的に面白くないって言うか無関係。
全体に未踏にしては流行を追ってる感じがするなあ。

975 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/22(水) 09:00:49
審査委員が頭にバイオのない人ばかりだから。

976 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/22(水) 20:05:23
biorubyのドキュメント整備が未踏だってさ・・・

既踏じゃん

977 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/23(木) 00:40:49
だからお手盛りだっていってんじゃん、

978 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/24(金) 01:35:08
埋め立てのお茶

979 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/24(金) 01:45:39
APIドキュメントだけではなく、内部のアルゴリズムも書いて欲しいね

980 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/24(金) 17:37:48
ソース嫁

981 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/24(金) 18:30:19
ファイルをダウンロードとかそういうのは、ソースで十分ですが、
数学を使ってるような部分はソースを読んでもなかなか分からないでしょ?

982 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/24(金) 21:18:25
ttp://www.nikkei-bookdirect.com/science/page/magazine/0508/find.html

983 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/25(土) 00:29:09
マシン語嫁

984 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/25(土) 01:42:55
行間を詠め。

985 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/25(土) 10:56:11
空気嫁

986 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/25(土) 19:21:51
シリコン嫁








>>985
高いけど、イイよ

987 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/25(土) 21:52:09
兄嫁

988 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/26(日) 00:17:12
>>974
北野氏はバイオの人ではない。
漏れの目には、あの人は基本的にIT、というよりAI入りまくった人に見える。
バイオをITに応用/ITをバイオに応用、というのを考えてると思われ。
彼はそこで、AIちっくな仕事をするー全体の流れがどうあろうと。
応用の結果、ITになろうがBioInfoになろうがBiologyになろうが博物学になろうが、
発展すればそれでよし、と思ってるように見える。
個人的には、そのスタンス自体は別に悪くないと思う。

989 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/26(日) 00:28:32
新しい事をやろうとして業績が上がらない香具師らが
いろいろと言っているのでは?

990 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/26(日) 02:08:54
>>988
ほんとに北野さんの仕事をみてる?
生命現象を研究対象にしてたらバイオの人でしょ。
生物学は基本的な理論に立脚してるような学問ではないんだし。
北野さんの先見性はすごいと思うよ。

991 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/26(日) 02:13:56
>>988
彼がなにをやるのも自由だと思う。生物学の予算を無駄に食いつぶすのでない限りは。


992 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/26(日) 02:14:49
>>990
詳しく。

993 :消化してから動きましょうか。:2005/06/26(日) 02:17:29
次ぎすれ
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1119719795/

994 :名無しゲノムのクローンさん:2005/06/26(日) 14:43:48
どうやら既に次スレたっているようです
ttp://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1119353198/l50

このすれはsage進行のままフェードアウトということで。

ところでテキストマイニングって自動でやるってどういう
ソフトつかえばいいの?

995 :消化してから動きましょうか。:2005/06/26(日) 14:57:08
>>994
ありゃ。うっかりしてました。重複すみません。

テキストマイニングは製品になってるものなんかもありますね。
どれがいいかは目的次第だと思うのですが、、、
たしか産総研あたりでフリーの奴も出してたんじゃなかったっけ。
試してないので詳しいことはわかりません。
試用&ご報告よろしくです。

996 :994:2005/06/26(日) 15:04:19
どうもっす。

>産総研あたりでフリーの奴も出してたんじゃなかったっけ

・・・くわしく・・・?


997 :誇り高きバイオインフォマティシャー:2005/06/26(日) 18:05:17
| 私たちって生物屋なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | SEくずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


998 :誇り高きバイオインフォマティシャー:2005/06/26(日) 18:05:50
| 私たちって情報屋なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
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   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 研究者くずれよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
 ̄ (( (_人´ノ  === (_人´ノ =====


999 :誇り高きバイオインフォマティシャー:2005/06/26(日) 18:06:23
| じゃあ、私たちって一体何なのかしら?
\_
   ∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ヾ |;;::iii|/          ヾ.|;;;i::ii|//"゙
   !;;::iii|            !;;;;::iii|/゙
   !::::∧_∧  /▼⌒⌒▼、;;;iii|〃/ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
   !/ ノハλ) ′ν/ハ)ヽ|;;ii|< や〜ね〜。
   !8 ノ ・∀・ノj |ノ ノ `∀´ハ;;;;;;;i| | 人間のクズよ〜。
   ()O~~∀~) ノ从O~~|:|~)つ;;;;;;i| \
   !::〔〕________ゝ   〔〕______ゝ w〃     ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
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1000 :そして伝説へ・・・:2005/06/26(日) 18:07:53
201X年 バイオインフォマティシャー 総ニート化
      ついに失業率50%の大台に

1001 :1001:Over 1000 Thread
このスレッドは1000を超えました。
もう書けないので、新しいスレッドを立ててくださいです。。。

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